ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/cmview/branches/CMView-jung/cmview/Start.java
(Generate patch)
# Line 1 | Line 1
1   package cmview;
2   import java.io.*;
3 + import java.sql.SQLException;
4   import java.util.Properties;
5   import java.util.TreeMap;
6   import java.util.concurrent.Executors;
# Line 11 | Line 12
12   import javax.swing.UIManager;
13   import javax.swing.UnsupportedLookAndFeelException;
14  
15 + import proteinstructure.PdbCodeNotFoundError;
16 +
17   import tools.MySQLConnection;
18  
19   import cmview.datasources.Model;
# Line 80 | Line 83
83          public static String                    DEFAULT_GRAPH_DB =                      "pdb_reps_graph";       // shown in load from graph db dialog
84          public static String                    DEFAULT_PDB_DB =                        "pdbase";                       // for loading from command line
85          public static String                    DEFAULT_MSDSD_DB =                      "msdsd_00_07_a";        // used when loading structures for cm file graphs
86 <        public static String                    DEFAULT_CONTACT_TYPE =          "ALL";                          // loading from command line and shown in LoadDialog
87 <        public static double                    DEFAULT_DISTANCE_CUTOFF =       4.2;                            // dito
86 >        public static String                    DEFAULT_CONTACT_TYPE =          "Ca";                           // loading from command line and shown in LoadDialog
87 >        public static double                    DEFAULT_DISTANCE_CUTOFF =       8.0;                            // dito
88          private static final int        DEFAULT_MIN_SEQSEP =            NO_SEQ_SEP_VAL;         // dito, but not user changeable at the moment
89          private static final int        DEFAULT_MAX_SEQSEP =            NO_SEQ_SEP_VAL;         // dito, but not user changeable at the moment
90          
# Line 360 | Line 363
363                                  chainCode = NULL_CHAIN_CODE;
364                          }
365                          try {
366 <                                mod = new PdbaseModel(pdbCode,chainCode, DEFAULT_CONTACT_TYPE, DEFAULT_DISTANCE_CUTOFF, DEFAULT_MIN_SEQSEP, DEFAULT_MAX_SEQSEP, DEFAULT_PDB_DB);
366 >                                mod = new PdbaseModel(pdbCode, DEFAULT_CONTACT_TYPE, DEFAULT_DISTANCE_CUTOFF, DEFAULT_MIN_SEQSEP, DEFAULT_MAX_SEQSEP, DEFAULT_PDB_DB);
367 >                                mod.load(chainCode, 1);
368                          } catch(ModelConstructionError e) {
369                                  System.err.println("Could not load structure for given command line parameters:");
370                                  System.err.println(e.getMessage());
371 +                        } catch (PdbCodeNotFoundError e) {
372 +                                System.err.println("Could not load structure for given command line parameters:");
373 +                                System.err.println(e.getMessage());
374 +                        } catch (SQLException e) {
375 +                                System.err.println("Could not load structure for given command line parameters:");
376 +                                System.err.println(e.getMessage());
377                          }                      
378                  } else {
379                          System.err.println("No database. Ignoring command line parameters.");

Diff Legend

Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines