ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/freemol/branches/sync4pymol12/src/mengine/src/pcmwin2.c
(Generate patch)
# Line 29 | Line 29
29          nhadd();
30          hcoord();
31          hdel(1);
32    } else if (field.type == AMBER)
33    {
34        nhadd();
35        hcoord();
36        hdel(1);
37    } else if (field.type == OPLSAA)
38    {
39        nhadd();
40        hcoord();
41        hdel(1);
32      } else if (field.type == MMFF94)
33      {
34          nhadd();
# Line 51 | Line 41
41          hcoord();
42      }
43      type();
54    generate_bonds();
55        
44   }
45 <
45 > // ========================
46   void nhadd()
47   {
48          int i, i1, ik, im, it, itads, j, jk, nhadds, newatom;
# Line 107 | Line 95
95                for( im = 1; im <= nhadds; im++ )
96                {
97                    newatom = make_atom(5,0.F,0.F,0.F,"H");
98 <                  set_atomdata(newatom,5,5,5,34,29);
98 >                  set_atomdata(newatom,5,5,5);
99                    if (newatom == -1)
100                    {
101                        message_alert("Error in nhadd newatom = -1","Error");
# Line 167 | Line 155
155                        for( i1 = 1; i1 <= nhadds; i1++ )
156                        {
157                           newatom = make_atom(20, 0.F,0.F,0.F,"");
158 <                         set_atomdata(newatom,20,0,0,0,0);
158 >                         set_atomdata(newatom,20,0,0);
159                           make_bond(i,newatom,1);
160                        }
161                     }
# Line 740 | Line 728
728           continue;
729     }
730       reseq();
743     generate_bonds();
731       return;
732   }
733   /* --------------------------  */
# Line 812 | Line 799
799              atom[i].type = atom[iplus].type;
800              atom[i].mmx_type = atom[iplus].mmx_type;
801              atom[i].mm3_type = atom[iplus].mm3_type;
815            atom[i].amber_type = atom[iplus].amber_type;
802              atom[i].mmff_type = atom[iplus].mmff_type;
803              atom[i].atomnum = atom[iplus].atomnum;
804              atom[i].formal_charge = atom[iplus].formal_charge;
# Line 837 | Line 823
823              atom[iplus].tclass = 0;
824              atom[iplus].mmx_type = 0;
825              atom[iplus].mm3_type = 0;
840            atom[iplus].amber_type = 0;
826              atom[iplus].mmff_type = 0;
827              atom[iplus].atomnum = 0;
828              atom[iplus].formal_charge = 0;

Diff Legend

Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines