ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/freemol/branches/sync4pymol12/src/mengine/src/type_mmx.c
(Generate patch)
# Line 4 | Line 4
4   #include "field.h"
5   #include "utility.h"
6  
7 < void set_atomtype(int,int,int,int,int,int);
7 > void set_atomtype(int,int,int,int);
8   void set_atomtypes(int);
9   int is_cyclo3(int, int *);
10   int is_cyclo4(int, int *);
# Line 17 | Line 17
17   int find_rsize(int,int);
18   void get_rsize(int,int,int, int *);
19   int icompare(int, int *, int *);
20 void type_amber(void);
20   void adjust_mmfftypes();
21   void bbchk(void);
22   void deletebond(int,int);
24 void pireset(void);
23  
24   EXTERN struct t_ringdata {
25          int nring3, nring4, nring5, nring6;
# Line 2839 | Line 2837
2837                   mmfftype = mmxtype;
2838            }
2839   L_10:
2840 <          set_atomtype(i,mmxtype,mm3type,mmfftype,0,0);
2840 >          set_atomtype(i,mmxtype,mm3type,mmfftype);
2841   L_20:
2842            continue;  // do nothing
2843        }
2844     }
2847   // finished normal now type amber
2845     search_rings(-1);
2849   if (have_pi == FALSE)
2850     pireset();
2846     set_atomtypes(field.type);
2847   }
2848   /* --------------------------------------------------------- */
# Line 3446 | Line 3441
3441                      iatt = atom[i].iat[j];
3442                      deletebond(i,iatt);
3443                      if (atom[iatt].atomnum == 8)
3444 <                       set_atomtype(iatt,42,0,92,0,0);
3444 >                       set_atomtype(iatt,42,0,92);
3445                  }
3446              }
3447          } else if (atom[i].mmff_type == 93 ) // Na+
# Line 3458 | Line 3453
3453                      iatt = atom[i].iat[j];
3454                      deletebond(i,iatt);
3455                      if (atom[iatt].atomnum == 8)
3456 <                       set_atomtype(iatt,42,0,93,0,0);
3456 >                       set_atomtype(iatt,42,0,93);
3457                  }
3458              }
3459          } else if (atom[i].mmff_type == 94 ) // K+
# Line 3470 | Line 3465
3465                      iatt = atom[i].iat[j];
3466                      deletebond(i,iatt);
3467                      if (atom[iatt].atomnum == 8)
3468 <                       set_atomtype(iatt,42,0,94,0,0);
3468 >                       set_atomtype(iatt,42,0,94);
3469                  }
3470              }
3471          } else if (atom[i].mmff_type == 95 ) // Zn+2
# Line 3482 | Line 3477
3477                      iatt = atom[i].iat[j];
3478                      deletebond(i,iatt);
3479                      if (atom[iatt].atomnum == 8)
3480 <                       set_atomtype(iatt,42,0,95,0,0);
3480 >                       set_atomtype(iatt,42,0,95);
3481                  }
3482              }
3483          } else if (atom[i].mmff_type == 96 ) // Ca+2
# Line 3494 | Line 3489
3489                      iatt = atom[i].iat[j];
3490                      deletebond(i,iatt);
3491                      if (atom[iatt].atomnum == 8)
3492 <                       set_atomtype(iatt,42,0,96,0,0);
3492 >                       set_atomtype(iatt,42,0,96);
3493                  }
3494              }
3495          }

Diff Legend

Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines