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root/freemol/trunk/src/mengine/src/gmmx_run.c
(Generate patch)
# Line 42 | Line 42
42   void zero_data(void);
43   void type_mmx(void);
44   void read_datafiles(char *);
45 < void xlogp(float *);
45 > float xlogp(int natom,int *atomnum,int **iat,int **bo,long int *flags,int *type);
46   void print_energy_totals(void);
47   char *get_structure_title(void);
48 + void vibrate(int natom,double *atomwt,double *x,double *y,double *z,double *charge);
49   // =====================================
50   void read_gmmxinp(char *paramfile,
51                    FILE *infile,
# Line 117 | Line 118
118          
119   #ifdef KEG_DEBUG
120               minim_values.iprint = TRUE;
121 <             for(i=1; i<= natom; i++)
122 <               printf("Atom: %d  %d %x\n",i,atom.type[i],atom.flags[i]);
121 >             //  for(i=1; i<= natom; i++)
122 >             //  printf("Atom: %d  %d %x\n",i,atom.type[i],atom.flags[i]);
123   #endif
124              nret = setup_calculation();
125  
# Line 135 | Line 136
136                  // compute xlogp
137                      if (flags & DO_XLOGP) {
138                        if (VERBOSE) fprintf(pcmlogfile, "  Evaluating XlogP\n");
139 <                      xlogp(&logp);
139 >                      logp = xlogp(natom,atom.atomnum,atom.iat,atom.bo,atom.flags,atom.type);
140                        logp_calc.logp = logp;
141                      }
142                      // compute dipole moment
# Line 146 | Line 147
147                      // compute vib
148                      if (flags & DO_VIBRATION) {
149                        if (VERBOSE) fprintf(pcmlogfile, "  Evaluating vibrational parameters\n");                      
150 <                      vibrate();
150 >                      vibrate(natom,atom.atomwt,atom.x,atom.y,atom.z,atom.charge);
151                      }
152                      write_sdf(flags);
153                      ++ngood;

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