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root/freemol/trunk/src/mengine/src/mengine.c
(Generate patch)
# Line 61 | Line 61
61   void search_rings(int);
62   */
63  
64 +
65 + void usage(void) {
66 +  printf("\nUsage: mengine [-hvdxi] reads sdf on stdin, writes on stdout\n\n"
67 +         "-h\tThis help page\n"
68 +         "-v\tVerbose output\n"
69 +         "-d\tEvaluate dipole moment\n"
70 +         "-x\tEvaluate XlogP\n"
71 +         "-i\tEvaluate vibrational data\n\n");
72 + }
73 +
74   /* ==================================================== */
75   int main(int argc, char *argv[])
76   {
# Line 71 | Line 81
81      char *outfile = NULL;
82      char *mmff94file = NULL;
83      char *mmxfile = NULL;
74    char *logfilename = NULL;
84  
85      int flags = 0;
77    flags = flags | DO_DIPOLE;
78    flags = flags | DO_XLOGP;
79    flags = flags | DO_VIBRATION;
86  
87   /*
88      filename = strdup("caffeine.sdf");
# Line 84 | Line 90
90   */
91      mmff94file = strdup("mmff94.prm");
92      mmxfile = strdup("mmxconst.prm");
93 <    logfilename= strdup("error.log");
93 >
94 >    int c;
95 >    while ((c = getopt(argc, argv, "e:o:p:c:hvdxi")) != -1) {
96 >      switch(c) {
97 >      case 'd':
98 >        flags = flags | DO_DIPOLE;
99 >        break;
100 >      case 'x':
101 >        flags = flags | DO_XLOGP;
102 >        break;
103 >      case 'i':
104 >        flags = flags | DO_VIBRATION;
105 >        break;
106 >      case 'v':
107 >        VERBOSE = 1;
108 >        break;
109 >      case 'h':
110 >        usage();
111 >        exit(-1);
112 > /*
113 >      case 'o':
114 >        outfile = strdup(optarg);
115 >        break;
116 >      case 'p':
117 >        mmff94file = strdup(optarg);
118 >        break;
119 >      case 'c':
120 >        mmxfile = strdup(optarg);
121 >        break;
122 >      case 'e':
123 >        logfilename = strdup(optarg);
124 >        break;
125 > */
126 >      case '?':
127 >        if (isprint (optopt))
128 >         fprintf (stderr, "Unknown option `-%c'.\n", optopt);
129 >        else
130 >          fprintf (stderr,
131 >                   "Unknown option character `\\x%x'.\n",
132 >                   optopt);
133 >        return 1;
134 >      default:
135 >        abort ();
136 >      }
137 >    }
138  
139      pcmoutfile = stdout;
140      initialize_pcmodel(mmxfile);
# Line 92 | Line 142
142      minim_values.iprint = 0; //FALSE;
143      initialize_gmmx();
144  
145 <    read_gmmxinp(logfilename, outfile, mmff94file, stdin, flags);
145 >    read_gmmxinp(mmff94file, stdin, flags);
146  
147      fclose(pcmoutfile);
148  
149      free(mmff94file);
150      free(mmxfile);
101    free(logfilename);
151   /*
152      free(filename);
153      free(outfile);

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