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root/freemol/trunk/src/mengine/src/read_sdf.c
(Generate patch)
# Line 45 | Line 45
45   void get_tag(char *,char *);
46   static void mopaco(int start_atom,int end_atom);
47   void get_molecule_memory(int);
48 < void get_rings(int natom,int **iat,long int *flags);
48 > void get_rings(int natom,long int *flags,int *atomnum,int **iat,int **bo);
49   double get_dipole_moment(void);
50   double get_total_energy(void);
51   char *get_structure_title(void);
# Line 469 | Line 469
469                         job_control.scale = 0.0;
470                       } else if (strcmp(tab[0][0],"NORMAL") == 0)
471                       {
472 <               if(tab[0][1])
473 <                 units.dielec = atof(tab[0][1]);
474 <               else
475 <                 units.dielec = 1.0F;
472 >                       if(tab[0][1])
473 >                         units.dielec = atof(tab[0][1]);
474 >                       else
475 >                         units.dielec = 1.0F;
476                       } else if (strcmp(tab[0][0],"SCALED") == 0)
477                       {
478                         job_control.use_charge = TRUE;
479 <               if(tab[0][2])
480 <                 job_control.scale = atof(tab[0][2]);
481 <               else
482 <                 job_control.scale = 1.0F;
479 >                       if(tab[0][2])
480 >                         job_control.scale = atof(tab[0][2]);
481 >                       else
482 >                         job_control.scale = 1.0F;
483                       } else if (strcmp(tab[0][0],"GBSA") == 0)
484                       {
485                         job_control.use_gbsa = TRUE;
486                         solvent.type = 1;  // STILL
487 <               if(tab[0][3])
488 <                 solvent.EPSin = atof(tab[0][3]);
489 <               else
490 <                 solvent.EPSin = 1.0F;                
491 <               if(tab[0][4])
492 <                 solvent.EPSsolv = atof(tab[0][4]);
493 <               else
494 <                 solvent.EPSsolv = 78.30F;                
487 >                       if(tab[0][3])
488 >                         solvent.EPSin = atof(tab[0][3]);
489 >                       else
490 >                         solvent.EPSin = 1.0F;                
491 >                       if(tab[0][4])
492 >                         solvent.EPSsolv = atof(tab[0][4]);
493 >                       else
494 >                         solvent.EPSsolv = 78.30F;                
495                       }
496                   }
497               }
# Line 500 | Line 500
500       // if (has_aromatic)
501       // need to deal with aromatic bonds
502   L_DONE:
503 <     get_rings(natom,atom.iat,atom.flags);
503 >     get_rings(natom,atom.flags,atom.atomnum,atom.iat,atom.bo);
504       quick_type();
505       if (has_Aromatic)
506       {

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