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root/gclib/cuffcompare/gtf_tracking.h
(Generate patch)
# Line 634 | Line 634
634      int total_rintrons; //unique introns
635          
636      //--- accuracy data after compared to ref loci:
637 <        int locusTP; // 1 if mrnaTP>0
637 >  int locusQTP;
638 >        int locusTP;
639 >  int locusAQTP;
640          int locusATP; // 1 if ichainATP + mrnaATP > 0
641          int locusFP;
642          int locusAFP;
# Line 697 | Line 699
699                  qbases_all=0;
700                  rbases_all=0;
701                  baseTP=0;baseFP=0;baseFN=0;
702 <                locusTP=0;locusATP=0;
702 >                locusTP=0;locusQTP=0; locusAQTP=0; locusATP=0;
703                  locusFP=0;locusAFP=0;locusAFN=0;
704                  locusFN=0;
705                  in_rmrnas=0;
# Line 783 | Line 785
785                  mrnaAFP=total_qmrnas-mrnaATP;
786                  mrnaAFN=total_rmrnas-mrnaATP;
787                  // locus/gene level:
788 <                locusAFP=total_qloci-locusATP;
789 <                locusFP=total_qloci-locusTP;
788 >                locusAFP=total_qloci-locusAQTP;
789 >                locusFP=total_qloci-locusQTP;
790                  locusAFN=total_rloci-locusATP;
791                  locusFN=total_rloci-locusTP;
792          }
# Line 802 | Line 804
804                  mrnaTP+=s.mrnaTP;
805                  mrnaATP+=s.mrnaATP;
806                  locusTP+=s.locusTP;
807 +    locusQTP+=s.locusQTP;
808                  locusATP+=s.locusATP;
809 +    locusAQTP+=s.locusAQTP;
810                  m_exons+=s.m_exons;
811                  w_exons+=s.w_exons;
812                  m_introns+=s.m_introns;

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< Changed lines
> Changed lines