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root/gclib/tophat_cpp/bwt_map.h
(Generate patch)
# Line 222 | Line 222
222                                          pos += op.length;
223                                          break;
224                                  case MATCH:
225 +                                case DEL:
226                                          pos += op.length;
227                                          break;
228                                  default:
# Line 292 | Line 293
293          uint32_t observation_order(ReadID ID)
294          {
295                  if (ID == 0)
296 <                        return 0xFFFFFFFF;
296 >                        return VMAXINT32;
297                  return ID;
298          }
299          
# Line 444 | Line 445
445                  _by_id.clear();
446          }
447          
448 < private:
448 <        
448 >        // daehwan
449          // This is FNV-1, see http://en.wikipedia.org/wiki/Fowler_Noll_Vo_hash
450 <        inline uint32_t hash_string(const char* __s)
450 >        static inline uint32_t hash_string(const char* __s)
451          {
452                  uint32_t hash = 0x811c9dc5;
453                  for ( ; *__s; ++__s)
# Line 458 | Line 458
458                  return hash;
459          }
460          
461 + private:
462 +        
463          //IDTable _by_name;
464          uint32_t _next_id;
465          bool _keep_names;

Diff Legend

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+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines