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root/gclib/tophat_cpp/bwt_map.h
(Generate patch)
# Line 620 | Line 620
620          int _size_buf;
621   };
622  
623 + class SplicedSAMHitFactory : public LineHitFactory {
624 +  public:
625 +        SplicedSAMHitFactory(ReadTable& insert_table,
626 +                                                        RefSequenceTable& reference_table,
627 +                                                        int anchor_length) :
628 +        LineHitFactory(insert_table, reference_table),
629 +        _anchor_length(anchor_length){}
630 +
631 +        bool get_hit_from_buf(const char* bwt_buf,
632 +                              BowtieHit& bh,
633 +                              bool strip_slash,
634 +                              char* name_out = NULL,
635 +                              char* name_tags = NULL,
636 +                              char* seq = NULL,
637 +                              char* qual = NULL);
638 +  private:
639 +        int _anchor_length;
640 +        int _seg_offset;
641 +        int _size_buf;
642 + };
643 +
644 +
645   class SAMHitFactory : public LineHitFactory {
646    public:
647          SAMHitFactory(ReadTable& insert_table,

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