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root/owl/trunk/tests/proteinstructure/data/1wb4A_BB:SC_5.0.cm
Revision: 884
Committed: Tue Aug 11 16:01:00 2009 UTC (11 years, 2 months ago) by duarte
File size: 22082 byte(s)
Log Message:
Major commit: 
- change of the implementation of Pdb (interface remains backwards compatible). Now data stored in a proper object-oriented way. Pdb not abstract anymore, a protein model can be created by using one of the constructors
- added many tests and test files for Pdb (and merged some already existing tests from the default package)
- removed obsolete classes related to msd
- bug fix: PdbfilePdb now properly reads files with alt codes
- all tests passed
Line User Rev File contents
1 duarte 884 #CMVIEW GRAPH FILE ver: 1.0
2     #SEQUENCE: MASDKFPVAENPSSSFKYESAVQYRPAPDSYLNPCPQAGRIVKETYTGINGTKSLNVYLPYGYDPNKKYNIFYLMHGGGENENTIFSNDVKLQNILDHAIMNGELEPLIVVTPTFNGGNCTAQNFYQEFRQNVIPFVESKYSTYAESTTPQGIAASRMHRGFGGFAMGGLTTWYVMVNCLDYVAYFMPLSGDYWYGNSPQDKANSIAEAINRSGLSKREYFVFAATGSEDIAYANMNPQIEAMKALPHFDYTSDFSKGNFYFLVAPGATHWWGYVRHYIYDALPYFFHELEHHHHHH
3     #PDB: 1wb4
4     #PDB CHAIN CODE: A
5     #CHAIN: A
6     #MODEL: 1
7     #CT: BB/SC
8     #CUTOFF: 5.0
9     15 16 1.000
10     15 17 1.000
11     16 15 1.000
12     16 17 1.000
13     16 297 1.000
14     17 16 1.000
15     17 18 1.000
16     17 19 1.000
17     17 285 1.000
18     17 297 1.000
19     18 16 1.000
20     18 17 1.000
21     18 19 1.000
22     18 254 1.000
23     18 285 1.000
24     18 297 1.000
25     19 18 1.000
26     19 20 1.000
27     19 22 1.000
28     19 252 1.000
29     19 253 1.000
30     19 254 1.000
31     19 285 1.000
32     20 19 1.000
33     20 21 1.000
34     20 252 1.000
35     20 253 1.000
36     20 254 1.000
37     20 261 1.000
38     21 19 1.000
39     21 20 1.000
40     21 22 1.000
41     21 23 1.000
42     21 253 1.000
43     21 261 1.000
44     22 19 1.000
45     22 21 1.000
46     22 23 1.000
47     22 253 1.000
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49     22 263 1.000
50     22 285 1.000
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52     23 22 1.000
53     23 24 1.000
54     23 25 1.000
55     23 261 1.000
56     23 263 1.000
57     23 281 1.000
58     24 23 1.000
59     24 25 1.000
60     24 26 1.000
61     24 263 1.000
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63     25 24 1.000
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65     25 277 1.000
66     25 280 1.000
67     25 281 1.000
68     26 24 1.000
69     26 25 1.000
70     26 27 1.000
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72     26 277 1.000
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98     31 32 1.000
99     31 94 1.000
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111     33 35 1.000
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341     78 167 1.000
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356     82 81 1.000
357     82 83 1.000
358     82 112 1.000
359     82 114 1.000
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362     83 82 1.000
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387     88 91 1.000
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389     89 88 1.000
390     89 90 1.000
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