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root/owl/trunk/tests/proteinstructure/data/1wb4A_BB_5.0.cm
Revision: 884
Committed: Tue Aug 11 16:01:00 2009 UTC (10 years, 9 months ago) by duarte
File size: 15501 byte(s)
Log Message:
Major commit: 
- change of the implementation of Pdb (interface remains backwards compatible). Now data stored in a proper object-oriented way. Pdb not abstract anymore, a protein model can be created by using one of the constructors
- added many tests and test files for Pdb (and merged some already existing tests from the default package)
- removed obsolete classes related to msd
- bug fix: PdbfilePdb now properly reads files with alt codes
- all tests passed
Line User Rev File contents
1 duarte 884 #CMVIEW GRAPH FILE ver: 1.0
2     #SEQUENCE: MASDKFPVAENPSSSFKYESAVQYRPAPDSYLNPCPQAGRIVKETYTGINGTKSLNVYLPYGYDPNKKYNIFYLMHGGGENENTIFSNDVKLQNILDHAIMNGELEPLIVVTPTFNGGNCTAQNFYQEFRQNVIPFVESKYSTYAESTTPQGIAASRMHRGFGGFAMGGLTTWYVMVNCLDYVAYFMPLSGDYWYGNSPQDKANSIAEAINRSGLSKREYFVFAATGSEDIAYANMNPQIEAMKALPHFDYTSDFSKGNFYFLVAPGATHWWGYVRHYIYDALPYFFHELEHHHHHH
3     #PDB: 1wb4
4     #PDB CHAIN CODE: A
5     #CHAIN: A
6     #MODEL: 1
7     #CT: BB
8     #CUTOFF: 5.0
9     15 16 1.000
10     15 17 1.000
11     15 103 1.000
12     16 17 1.000
13     16 18 1.000
14     16 103 1.000
15     16 296 1.000
16     16 297 1.000
17     17 18 1.000
18     17 19 1.000
19     17 297 1.000
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22     18 297 1.000
23     19 20 1.000
24     19 21 1.000
25     19 22 1.000
26     19 253 1.000
27     19 254 1.000
28     20 21 1.000
29     20 22 1.000
30     20 252 1.000
31     20 253 1.000
32     20 254 1.000
33     21 22 1.000
34     21 23 1.000
35     21 253 1.000
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38     23 24 1.000
39     23 25 1.000
40     24 25 1.000
41     24 26 1.000
42     25 26 1.000
43     25 27 1.000
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47     27 28 1.000
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49     28 29 1.000
50     28 30 1.000
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54     29 31 1.000
55     29 32 1.000
56     29 33 1.000
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58     30 32 1.000
59     30 33 1.000
60     31 32 1.000
61     31 33 1.000
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66     33 34 1.000
67     33 35 1.000
68     33 94 1.000
69     34 35 1.000
70     34 36 1.000
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357     102 104 1.000
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359     103 105 1.000
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380     113 114 1.000
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382     114 115 1.000
383     114 116 1.000
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387     115 121 1.000
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