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root/owl/trunk/tests/proteinstructure/data/1wb4A_SC_5.0.cm
Revision: 884
Committed: Tue Aug 11 16:01:00 2009 UTC (10 years, 9 months ago) by duarte
File size: 10501 byte(s)
Log Message:
Major commit: 
- change of the implementation of Pdb (interface remains backwards compatible). Now data stored in a proper object-oriented way. Pdb not abstract anymore, a protein model can be created by using one of the constructors
- added many tests and test files for Pdb (and merged some already existing tests from the default package)
- removed obsolete classes related to msd
- bug fix: PdbfilePdb now properly reads files with alt codes
- all tests passed
Line User Rev File contents
1 duarte 884 #CMVIEW GRAPH FILE ver: 1.0
2     #SEQUENCE: MASDKFPVAENPSSSFKYESAVQYRPAPDSYLNPCPQAGRIVKETYTGINGTKSLNVYLPYGYDPNKKYNIFYLMHGGGENENTIFSNDVKLQNILDHAIMNGELEPLIVVTPTFNGGNCTAQNFYQEFRQNVIPFVESKYSTYAESTTPQGIAASRMHRGFGGFAMGGLTTWYVMVNCLDYVAYFMPLSGDYWYGNSPQDKANSIAEAINRSGLSKREYFVFAATGSEDIAYANMNPQIEAMKALPHFDYTSDFSKGNFYFLVAPGATHWWGYVRHYIYDALPYFFHELEHHHHHH
3     #PDB: 1wb4
4     #PDB CHAIN CODE: A
5     #CHAIN: A
6     #MODEL: 1
7     #CT: SC
8     #CUTOFF: 5.0
9     15 16 1.000
10     16 18 1.000
11     16 284 1.000
12     16 285 1.000
13     16 288 1.000
14     16 297 1.000
15     17 296 1.000
16     18 254 1.000
17     18 255 1.000
18     18 256 1.000
19     18 285 1.000
20     18 288 1.000
21     18 289 1.000
22     18 297 1.000
23     19 22 1.000
24     19 253 1.000
25     19 285 1.000
26     20 21 1.000
27     20 252 1.000
28     20 254 1.000
29     21 23 1.000
30     21 261 1.000
31     22 223 1.000
32     22 253 1.000
33     22 261 1.000
34     22 263 1.000
35     22 285 1.000
36     23 261 1.000
37     24 26 1.000
38     24 263 1.000
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40     24 266 1.000
41     24 274 1.000
42     24 277 1.000
43     24 278 1.000
44     24 281 1.000
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46     25 28 1.000
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49     25 281 1.000
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52     27 31 1.000
53     27 95 1.000
54     27 277 1.000
55     27 280 1.000
56     28 30 1.000
57     28 31 1.000
58     28 280 1.000
59     29 32 1.000
60     30 31 1.000
61     31 95 1.000
62     31 98 1.000
63     31 99 1.000
64     31 102 1.000
65     31 104 1.000
66     31 280 1.000
67     32 33 1.000
68     32 95 1.000
69     32 276 1.000
70     32 277 1.000
71     33 34 1.000
72     34 94 1.000
73     35 36 1.000
74     35 37 1.000
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79     36 98 1.000
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119     49 132 1.000
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124     50 128 1.000
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314     113 133 1.000
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339     125 171 1.000
340     125 175 1.000
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342     126 129 1.000
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345     126 175 1.000
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347     126 179 1.000
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350     128 133 1.000
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355     129 162 1.000
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