ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/owl/trunk/tests/proteinstructure/data/1wb4A_SC_5.0.cm
Revision: 884
Committed: Tue Aug 11 16:01:00 2009 UTC (10 years, 2 months ago) by duarte
File size: 10501 byte(s)
Log Message:
Major commit: 
- change of the implementation of Pdb (interface remains backwards compatible). Now data stored in a proper object-oriented way. Pdb not abstract anymore, a protein model can be created by using one of the constructors
- added many tests and test files for Pdb (and merged some already existing tests from the default package)
- removed obsolete classes related to msd
- bug fix: PdbfilePdb now properly reads files with alt codes
- all tests passed
Line File contents
1 #CMVIEW GRAPH FILE ver: 1.0
2 #SEQUENCE: MASDKFPVAENPSSSFKYESAVQYRPAPDSYLNPCPQAGRIVKETYTGINGTKSLNVYLPYGYDPNKKYNIFYLMHGGGENENTIFSNDVKLQNILDHAIMNGELEPLIVVTPTFNGGNCTAQNFYQEFRQNVIPFVESKYSTYAESTTPQGIAASRMHRGFGGFAMGGLTTWYVMVNCLDYVAYFMPLSGDYWYGNSPQDKANSIAEAINRSGLSKREYFVFAATGSEDIAYANMNPQIEAMKALPHFDYTSDFSKGNFYFLVAPGATHWWGYVRHYIYDALPYFFHELEHHHHHH
3 #PDB: 1wb4
4 #PDB CHAIN CODE: A
5 #CHAIN: A
6 #MODEL: 1
7 #CT: SC
8 #CUTOFF: 5.0
9 15 16 1.000
10 16 18 1.000
11 16 284 1.000
12 16 285 1.000
13 16 288 1.000
14 16 297 1.000
15 17 296 1.000
16 18 254 1.000
17 18 255 1.000
18 18 256 1.000
19 18 285 1.000
20 18 288 1.000
21 18 289 1.000
22 18 297 1.000
23 19 22 1.000
24 19 253 1.000
25 19 285 1.000
26 20 21 1.000
27 20 252 1.000
28 20 254 1.000
29 21 23 1.000
30 21 261 1.000
31 22 223 1.000
32 22 253 1.000
33 22 261 1.000
34 22 263 1.000
35 22 285 1.000
36 23 261 1.000
37 24 26 1.000
38 24 263 1.000
39 24 265 1.000
40 24 266 1.000
41 24 274 1.000
42 24 277 1.000
43 24 278 1.000
44 24 281 1.000
45 25 26 1.000
46 25 28 1.000
47 25 104 1.000
48 25 280 1.000
49 25 281 1.000
50 26 277 1.000
51 27 28 1.000
52 27 31 1.000
53 27 95 1.000
54 27 277 1.000
55 27 280 1.000
56 28 30 1.000
57 28 31 1.000
58 28 280 1.000
59 29 32 1.000
60 30 31 1.000
61 31 95 1.000
62 31 98 1.000
63 31 99 1.000
64 31 102 1.000
65 31 104 1.000
66 31 280 1.000
67 32 33 1.000
68 32 95 1.000
69 32 276 1.000
70 32 277 1.000
71 33 34 1.000
72 34 94 1.000
73 35 36 1.000
74 35 37 1.000
75 35 97 1.000
76 35 98 1.000
77 35 101 1.000
78 36 37 1.000
79 36 98 1.000
80 36 101 1.000
81 37 61 1.000
82 37 101 1.000
83 38 97 1.000
84 40 42 1.000
85 40 59 1.000
86 41 56 1.000
87 41 58 1.000
88 41 86 1.000
89 41 93 1.000
90 42 44 1.000
91 42 57 1.000
92 42 59 1.000
93 42 140 1.000
94 42 141 1.000
95 43 45 1.000
96 43 54 1.000
97 43 56 1.000
98 43 82 1.000
99 43 83 1.000
100 44 55 1.000
101 44 57 1.000
102 44 136 1.000
103 44 140 1.000
104 44 141 1.000
105 45 52 1.000
106 45 54 1.000
107 46 53 1.000
108 46 55 1.000
109 46 125 1.000
110 46 128 1.000
111 46 132 1.000
112 46 133 1.000
113 46 136 1.000
114 47 52 1.000
115 49 50 1.000
116 49 127 1.000
117 49 128 1.000
118 49 131 1.000
119 49 132 1.000
120 50 53 1.000
121 50 119 1.000
122 50 120 1.000
123 50 124 1.000
124 50 128 1.000
125 53 114 1.000
126 53 120 1.000
127 53 125 1.000
128 53 128 1.000
129 54 82 1.000
130 55 57 1.000
131 55 82 1.000
132 55 111 1.000
133 55 113 1.000
134 55 133 1.000
135 55 136 1.000
136 55 137 1.000
137 56 82 1.000
138 56 83 1.000
139 56 86 1.000
140 56 112 1.000
141 57 59 1.000
142 57 109 1.000
143 57 111 1.000
144 57 137 1.000
145 57 141 1.000
146 58 60 1.000
147 58 86 1.000
148 58 93 1.000
149 58 96 1.000
150 58 97 1.000
151 58 100 1.000
152 58 110 1.000
153 59 60 1.000
154 59 63 1.000
155 59 109 1.000
156 59 141 1.000
157 60 63 1.000
158 60 69 1.000
159 60 100 1.000
160 60 107 1.000
161 60 109 1.000
162 63 65 1.000
163 63 69 1.000
164 63 109 1.000
165 63 141 1.000
166 63 142 1.000
167 64 65 1.000
168 64 66 1.000
169 64 67 1.000
170 64 69 1.000
171 65 66 1.000
172 65 142 1.000
173 67 69 1.000
174 68 142 1.000
175 68 144 1.000
176 68 146 1.000
177 69 107 1.000
178 69 109 1.000
179 69 142 1.000
180 70 106 1.000
181 70 108 1.000
182 70 144 1.000
183 70 159 1.000
184 70 287 1.000
185 71 73 1.000
186 71 109 1.000
187 71 111 1.000
188 71 137 1.000
189 71 138 1.000
190 71 143 1.000
191 71 160 1.000
192 72 74 1.000
193 72 108 1.000
194 72 110 1.000
195 72 187 1.000
196 72 279 1.000
197 72 283 1.000
198 72 286 1.000
199 72 287 1.000
200 73 111 1.000
201 73 113 1.000
202 73 129 1.000
203 73 133 1.000
204 73 134 1.000
205 73 137 1.000
206 73 138 1.000
207 73 160 1.000
208 73 162 1.000
209 74 85 1.000
210 74 92 1.000
211 74 110 1.000
212 74 112 1.000
213 74 189 1.000
214 74 272 1.000
215 74 279 1.000
216 75 76 1.000
217 75 113 1.000
218 75 115 1.000
219 75 125 1.000
220 75 162 1.000
221 75 171 1.000
222 76 80 1.000
223 76 81 1.000
224 76 84 1.000
225 76 85 1.000
226 76 114 1.000
227 76 115 1.000
228 76 116 1.000
229 80 84 1.000
230 80 165 1.000
231 80 272 1.000
232 81 82 1.000
233 81 83 1.000
234 81 84 1.000
235 81 114 1.000
236 81 116 1.000
237 82 83 1.000
238 82 114 1.000
239 82 116 1.000
240 84 85 1.000
241 84 87 1.000
242 84 90 1.000
243 84 272 1.000
244 85 86 1.000
245 85 90 1.000
246 85 92 1.000
247 85 112 1.000
248 85 272 1.000
249 86 92 1.000
250 86 93 1.000
251 86 96 1.000
252 86 110 1.000
253 86 112 1.000
254 87 89 1.000
255 87 90 1.000
256 88 91 1.000
257 89 90 1.000
258 90 92 1.000
259 90 272 1.000
260 90 276 1.000
261 91 93 1.000
262 91 94 1.000
263 91 276 1.000
264 92 93 1.000
265 92 95 1.000
266 92 96 1.000
267 92 110 1.000
268 92 276 1.000
269 92 279 1.000
270 93 94 1.000
271 93 97 1.000
272 94 97 1.000
273 94 98 1.000
274 95 276 1.000
275 95 277 1.000
276 95 280 1.000
277 96 97 1.000
278 96 100 1.000
279 96 105 1.000
280 96 108 1.000
281 96 110 1.000
282 96 283 1.000
283 99 104 1.000
284 99 105 1.000
285 99 280 1.000
286 100 105 1.000
287 100 107 1.000
288 100 108 1.000
289 102 104 1.000
290 104 105 1.000
291 104 280 1.000
292 105 108 1.000
293 105 283 1.000
294 105 284 1.000
295 106 107 1.000
296 106 288 1.000
297 106 291 1.000
298 106 293 1.000
299 106 295 1.000
300 106 297 1.000
301 108 110 1.000
302 108 283 1.000
303 108 287 1.000
304 109 111 1.000
305 109 141 1.000
306 109 143 1.000
307 110 112 1.000
308 110 283 1.000
309 111 113 1.000
310 111 133 1.000
311 111 137 1.000
312 112 113 1.000
313 113 125 1.000
314 113 133 1.000
315 114 116 1.000
316 115 116 1.000
317 115 120 1.000
318 115 122 1.000
319 115 125 1.000
320 115 167 1.000
321 115 171 1.000
322 120 124 1.000
323 120 125 1.000
324 120 128 1.000
325 121 123 1.000
326 121 124 1.000
327 122 167 1.000
328 122 170 1.000
329 122 171 1.000
330 123 124 1.000
331 123 170 1.000
332 123 174 1.000
333 124 125 1.000
334 124 127 1.000
335 125 128 1.000
336 125 129 1.000
337 125 133 1.000
338 125 162 1.000
339 125 171 1.000
340 125 175 1.000
341 126 127 1.000
342 126 129 1.000
343 126 130 1.000
344 126 174 1.000
345 126 175 1.000
346 126 178 1.000
347 126 179 1.000
348 127 131 1.000
349 128 132 1.000
350 128 133 1.000
351 129 130 1.000
352 129 133 1.000
353 129 134 1.000
354 129 160 1.000
355 129 162 1.000
356 129 175 1.000
357 129 179 1.000
358 129 183 1.000
359 130 131 1.000
360 130 179 1.000
361 130 181 1.000
362 130 182 1.000
363 131 132 1.000
364 132 133 1.000
365 133 137 1.000
366 134 135 1.000
367 134 138 1.000
368 134 153 1.000
369 134 160 1.000
370 134 182 1.000
371 135 148 1.000
372 135 153 1.000
373 136 137 1.000
374 137 138 1.000
375 137 141 1.000
376 138 143 1.000
377 138 145 1.000
378 138 148 1.000
379 138 156 1.000
380 138 160 1.000
381 139 148 1.000
382 140 141 1.000
383 143 145 1.000
384 143 160 1.000
385 144 156 1.000
386 144 159 1.000
387 144 292 1.000
388 144 293 1.000
389 145 148 1.000
390 145 156 1.000
391 145 160 1.000
392 147 149 1.000
393 148 153 1.000
394 149 150 1.000
395 149 151 1.000
396 150 151 1.000
397 150 182 1.000
398 153 156 1.000
399 153 160 1.000
400 153 182 1.000
401 154 182 1.000
402 156 159 1.000
403 156 160 1.000
404 157 158 1.000
405 157 160 1.000
406 157 180 1.000
407 157 184 1.000
408 157 215 1.000
409 157 219 1.000
410 157 220 1.000
411 158 159 1.000
412 158 184 1.000
413 158 185 1.000
414 158 219 1.000
415 158 221 1.000
416 158 289 1.000
417 158 290 1.000
418 159 292 1.000
419 160 182 1.000
420 160 183 1.000
421 162 171 1.000
422 162 172 1.000
423 162 175 1.000
424 162 183 1.000
425 162 186 1.000
426 165 166 1.000
427 165 189 1.000
428 165 190 1.000
429 165 230 1.000
430 165 270 1.000
431 165 272 1.000
432 165 275 1.000
433 166 270 1.000
434 167 170 1.000
435 167 194 1.000
436 170 171 1.000
437 170 174 1.000
438 170 194 1.000
439 171 175 1.000
440 172 186 1.000
441 172 188 1.000
442 173 174 1.000
443 173 176 1.000
444 173 188 1.000
445 173 192 1.000
446 173 193 1.000
447 173 206 1.000
448 173 222 1.000
449 173 224 1.000
450 173 236 1.000
451 173 239 1.000
452 173 240 1.000
453 173 243 1.000
454 174 178 1.000
455 174 193 1.000
456 174 194 1.000
457 174 195 1.000
458 175 179 1.000
459 175 183 1.000
460 175 186 1.000
461 176 177 1.000
462 176 180 1.000
463 176 186 1.000
464 176 206 1.000
465 176 210 1.000
466 176 220 1.000
467 176 222 1.000
468 176 249 1.000
469 177 178 1.000
470 177 193 1.000
471 177 205 1.000
472 177 206 1.000
473 177 209 1.000
474 177 212 1.000
475 178 179 1.000
476 179 181 1.000
477 179 182 1.000
478 179 183 1.000
479 180 186 1.000
480 180 209 1.000
481 180 210 1.000
482 180 213 1.000
483 180 215 1.000
484 180 220 1.000
485 181 182 1.000
486 182 183 1.000
487 183 186 1.000
488 184 185 1.000
489 184 221 1.000
490 185 221 1.000
491 185 255 1.000
492 185 286 1.000
493 185 287 1.000
494 185 289 1.000
495 186 188 1.000
496 186 220 1.000
497 186 222 1.000
498 187 188 1.000
499 187 189 1.000
500 187 279 1.000
501 187 282 1.000
502 187 283 1.000
503 187 286 1.000
504 188 222 1.000
505 188 224 1.000
506 188 236 1.000
507 189 190 1.000
508 189 225 1.000
509 189 275 1.000
510 189 278 1.000
511 189 279 1.000
512 190 226 1.000
513 190 230 1.000
514 190 232 1.000
515 190 236 1.000
516 190 270 1.000
517 190 275 1.000
518 190 278 1.000
519 192 194 1.000
520 192 202 1.000
521 192 235 1.000
522 192 236 1.000
523 192 239 1.000
524 193 195 1.000
525 193 202 1.000
526 193 205 1.000
527 193 206 1.000
528 193 239 1.000
529 195 205 1.000
530 197 201 1.000
531 198 199 1.000
532 198 200 1.000
533 198 201 1.000
534 199 200 1.000
535 199 238 1.000
536 199 242 1.000
537 200 204 1.000
538 200 242 1.000
539 202 235 1.000
540 202 239 1.000
541 203 204 1.000
542 203 242 1.000
543 203 243 1.000
544 203 246 1.000
545 204 208 1.000
546 204 246 1.000
547 206 210 1.000
548 206 239 1.000
549 206 243 1.000
550 206 249 1.000
551 207 246 1.000
552 207 248 1.000
553 208 211 1.000
554 208 212 1.000
555 209 212 1.000
556 210 211 1.000
557 210 213 1.000
558 210 220 1.000
559 210 248 1.000
560 210 249 1.000
561 211 248 1.000
562 213 215 1.000
563 215 219 1.000
564 215 220 1.000
565 216 218 1.000
566 216 219 1.000
567 217 220 1.000
568 217 250 1.000
569 217 259 1.000
570 218 219 1.000
571 218 221 1.000
572 218 256 1.000
573 218 259 1.000
574 218 289 1.000
575 219 220 1.000
576 219 290 1.000
577 220 248 1.000
578 220 249 1.000
579 220 259 1.000
580 221 255 1.000
581 221 259 1.000
582 221 289 1.000
583 222 224 1.000
584 222 243 1.000
585 222 249 1.000
586 222 260 1.000
587 223 225 1.000
588 223 253 1.000
589 223 255 1.000
590 223 261 1.000
591 223 263 1.000
592 223 282 1.000
593 223 285 1.000
594 223 286 1.000
595 224 236 1.000
596 224 240 1.000
597 224 262 1.000
598 225 263 1.000
599 225 278 1.000
600 226 230 1.000
601 226 232 1.000
602 226 233 1.000
603 226 236 1.000
604 226 262 1.000
605 226 264 1.000
606 228 229 1.000
607 228 264 1.000
608 228 266 1.000
609 229 269 1.000
610 230 231 1.000
611 230 232 1.000
612 230 270 1.000
613 230 275 1.000
614 231 270 1.000
615 232 236 1.000
616 232 270 1.000
617 233 237 1.000
618 233 262 1.000
619 233 264 1.000
620 234 235 1.000
621 236 240 1.000
622 236 262 1.000
623 237 238 1.000
624 237 240 1.000
625 237 241 1.000
626 237 262 1.000
627 239 243 1.000
628 240 241 1.000
629 240 243 1.000
630 240 244 1.000
631 240 251 1.000
632 240 260 1.000
633 240 262 1.000
634 241 244 1.000
635 243 246 1.000
636 243 249 1.000
637 243 260 1.000
638 244 251 1.000
639 244 260 1.000
640 246 247 1.000
641 246 248 1.000
642 246 249 1.000
643 247 248 1.000
644 248 249 1.000
645 249 259 1.000
646 249 260 1.000
647 250 259 1.000
648 251 260 1.000
649 251 261 1.000
650 251 262 1.000
651 252 253 1.000
652 252 254 1.000
653 252 257 1.000
654 253 261 1.000
655 253 285 1.000
656 254 256 1.000
657 254 257 1.000
658 255 261 1.000
659 255 285 1.000
660 255 286 1.000
661 255 289 1.000
662 256 257 1.000
663 256 289 1.000
664 259 260 1.000
665 261 263 1.000
666 262 264 1.000
667 263 278 1.000
668 263 281 1.000
669 265 266 1.000
670 265 268 1.000
671 265 278 1.000
672 268 274 1.000
673 268 278 1.000
674 269 271 1.000
675 269 274 1.000
676 271 272 1.000
677 271 274 1.000
678 271 276 1.000
679 272 275 1.000
680 272 276 1.000
681 272 279 1.000
682 274 275 1.000
683 274 278 1.000
684 275 278 1.000
685 275 279 1.000
686 276 277 1.000
687 277 278 1.000
688 277 280 1.000
689 279 283 1.000
690 280 281 1.000
691 283 284 1.000
692 283 286 1.000
693 283 287 1.000
694 284 285 1.000
695 285 286 1.000
696 286 287 1.000
697 288 289 1.000
698 288 291 1.000
699 288 295 1.000
700 288 297 1.000
701 289 290 1.000
702 291 293 1.000
703 291 295 1.000
704 291 297 1.000
705 293 295 1.000
706 294 296 1.000
707 295 297 1.000