ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/owl/trunk/tests/proteinstructure/data/2h6fB_SC_5.0.cm
Revision: 884
Committed: Tue Aug 11 16:01:00 2009 UTC (11 years, 2 months ago) by duarte
File size: 13789 byte(s)
Log Message:
Major commit: 
- change of the implementation of Pdb (interface remains backwards compatible). Now data stored in a proper object-oriented way. Pdb not abstract anymore, a protein model can be created by using one of the constructors
- added many tests and test files for Pdb (and merged some already existing tests from the default package)
- removed obsolete classes related to msd
- bug fix: PdbfilePdb now properly reads files with alt codes
- all tests passed
Line User Rev File contents
1 duarte 884 #CMVIEW GRAPH FILE ver: 1.0
2     #SEQUENCE: MASPSSFTYYCPPSSSPVWSEPLYSLRPEHARERLQDDSVETVTSIEQAKVEEKIQEVFSSYKFNHLVPRLVLQREKHFHYLKRGLRQLTDAYECLDASRPWLCYWILHSLELLDEPIPQIVATDVCQFLELCQSPEGGFGGGPGQYPHLAPTYAAVNALCIIGTEEAYDIINREKLLQYLYSLKQPDGSFLMHVGGEVDVRSAYCAASVASLTNIITPDLFEGTAEWIARCQNWEGGIGGVPGMEAHGGYTFCGLAALVILKRERSLNLKSLLQWVTSRQMRFEGGFQGRCNKLVDGCYSFWQAGLLPLLHRALHAQGDPALSMSHWMFHQQALQEYILMCCQCPAGGLLDKPGKSRDFYHTCYCLSGLSIAQHFGSGAMLHDVVLGVPENALQPTHPVYNIGPDKVIQATTYFLQKPVPGFEELKDETSAEPATD
3     #PDB: 2h6f
4     #PDB CHAIN CODE: B
5     #CHAIN: B
6     #MODEL: 1
7     #CT: SC
8     #CUTOFF: 5.0
9     15 16 1.000
10     16 17 1.000
11     16 22 1.000
12     17 19 1.000
13     17 20 1.000
14     18 19 1.000
15     18 70 1.000
16     19 20 1.000
17     19 67 1.000
18     20 67 1.000
19     20 68 1.000
20     21 22 1.000
21     21 23 1.000
22     21 70 1.000
23     21 387 1.000
24     23 26 1.000
25     23 68 1.000
26     23 71 1.000
27     23 333 1.000
28     23 337 1.000
29     23 341 1.000
30     23 387 1.000
31     24 25 1.000
32     24 27 1.000
33     24 30 1.000
34     24 331 1.000
35     24 333 1.000
36     24 334 1.000
37     24 337 1.000
38     25 26 1.000
39     25 30 1.000
40     25 59 1.000
41     25 337 1.000
42     25 341 1.000
43     26 59 1.000
44     26 62 1.000
45     26 63 1.000
46     26 68 1.000
47     27 28 1.000
48     27 29 1.000
49     27 30 1.000
50     28 29 1.000
51     29 32 1.000
52     30 33 1.000
53     30 59 1.000
54     30 284 1.000
55     32 33 1.000
56     33 283 1.000
57     33 284 1.000
58     34 52 1.000
59     34 53 1.000
60     34 56 1.000
61     34 284 1.000
62     35 37 1.000
63     35 45 1.000
64     35 48 1.000
65     35 49 1.000
66     35 52 1.000
67     36 38 1.000
68     37 39 1.000
69     37 41 1.000
70     37 45 1.000
71     38 40 1.000
72     40 42 1.000
73     41 45 1.000
74     41 46 1.000
75     42 44 1.000
76     42 45 1.000
77     43 47 1.000
78     44 293 1.000
79     45 46 1.000
80     46 47 1.000
81     46 50 1.000
82     47 50 1.000
83     47 295 1.000
84     48 52 1.000
85     48 282 1.000
86     48 285 1.000
87     48 295 1.000
88     51 55 1.000
89     51 285 1.000
90     51 295 1.000
91     51 296 1.000
92     51 353 1.000
93     52 284 1.000
94     52 285 1.000
95     53 57 1.000
96     54 57 1.000
97     54 58 1.000
98     54 354 1.000
99     55 59 1.000
100     55 284 1.000
101     55 285 1.000
102     55 338 1.000
103     55 342 1.000
104     55 354 1.000
105     56 59 1.000
106     56 60 1.000
107     56 284 1.000
108     58 59 1.000
109     58 61 1.000
110     58 62 1.000
111     58 341 1.000
112     58 342 1.000
113     58 354 1.000
114     59 284 1.000
115     59 341 1.000
116     59 342 1.000
117     61 62 1.000
118     62 71 1.000
119     62 341 1.000
120     63 68 1.000
121     64 67 1.000
122     64 69 1.000
123     65 66 1.000
124     67 69 1.000
125     68 69 1.000
126     70 389 1.000
127     70 390 1.000
128     71 337 1.000
129     71 340 1.000
130     71 341 1.000
131     71 387 1.000
132     71 392 1.000
133     72 74 1.000
134     72 389 1.000
135     72 392 1.000
136     73 75 1.000
137     73 78 1.000
138     73 114 1.000
139     73 340 1.000
140     73 344 1.000
141     73 350 1.000
142     73 367 1.000
143     73 370 1.000
144     73 392 1.000
145     73 394 1.000
146     74 77 1.000
147     74 78 1.000
148     74 344 1.000
149     75 76 1.000
150     75 114 1.000
151     75 116 1.000
152     75 391 1.000
153     75 394 1.000
154     76 79 1.000
155     76 80 1.000
156     76 116 1.000
157     77 78 1.000
158     77 346 1.000
159     78 82 1.000
160     78 114 1.000
161     78 344 1.000
162     78 350 1.000
163     79 80 1.000
164     79 83 1.000
165     79 111 1.000
166     79 116 1.000
167     81 82 1.000
168     81 93 1.000
169     81 358 1.000
170     81 359 1.000
171     81 360 1.000
172     81 363 1.000
173     82 107 1.000
174     82 110 1.000
175     82 111 1.000
176     82 114 1.000
177     82 360 1.000
178     82 363 1.000
179     84 88 1.000
180     86 107 1.000
181     86 108 1.000
182     86 111 1.000
183     86 122 1.000
184     86 126 1.000
185     87 88 1.000
186     87 121 1.000
187     87 122 1.000
188     87 125 1.000
189     89 93 1.000
190     89 103 1.000
191     89 360 1.000
192     90 91 1.000
193     90 92 1.000
194     90 93 1.000
195     91 92 1.000
196     91 94 1.000
197     92 93 1.000
198     93 96 1.000
199     93 103 1.000
200     93 359 1.000
201     93 360 1.000
202     95 96 1.000
203     96 99 1.000
204     96 103 1.000
205     96 106 1.000
206     97 100 1.000
207     97 146 1.000
208     98 146 1.000
209     99 102 1.000
210     100 101 1.000
211     100 103 1.000
212     100 129 1.000
213     100 144 1.000
214     101 130 1.000
215     101 133 1.000
216     101 152 1.000
217     101 155 1.000
218     101 156 1.000
219     102 105 1.000
220     102 106 1.000
221     102 151 1.000
222     102 152 1.000
223     102 154 1.000
224     102 155 1.000
225     102 365 1.000
226     103 106 1.000
227     103 107 1.000
228     103 360 1.000
229     104 108 1.000
230     104 126 1.000
231     104 129 1.000
232     104 130 1.000
233     104 159 1.000
234     105 106 1.000
235     105 109 1.000
236     105 154 1.000
237     105 155 1.000
238     105 158 1.000
239     105 159 1.000
240     105 162 1.000
241     105 364 1.000
242     105 365 1.000
243     105 402 1.000
244     105 403 1.000
245     106 107 1.000
246     106 360 1.000
247     106 361 1.000
248     106 364 1.000
249     106 365 1.000
250     107 111 1.000
251     107 360 1.000
252     108 111 1.000
253     108 118 1.000
254     108 126 1.000
255     108 159 1.000
256     108 162 1.000
257     108 163 1.000
258     109 112 1.000
259     109 113 1.000
260     109 162 1.000
261     109 364 1.000
262     109 368 1.000
263     109 397 1.000
264     109 402 1.000
265     109 403 1.000
266     110 363 1.000
267     110 364 1.000
268     110 367 1.000
269     111 116 1.000
270     111 118 1.000
271     112 162 1.000
272     112 403 1.000
273     112 406 1.000
274     112 407 1.000
275     113 367 1.000
276     113 368 1.000
277     113 371 1.000
278     113 394 1.000
279     113 397 1.000
280     114 116 1.000
281     114 367 1.000
282     114 394 1.000
283     115 395 1.000
284     116 117 1.000
285     118 119 1.000
286     118 122 1.000
287     118 123 1.000
288     119 122 1.000
289     121 122 1.000
290     121 125 1.000
291     122 126 1.000
292     123 163 1.000
293     124 125 1.000
294     124 128 1.000
295     124 167 1.000
296     125 128 1.000
297     126 130 1.000
298     126 163 1.000
299     127 128 1.000
300     127 160 1.000
301     127 163 1.000
302     127 165 1.000
303     127 167 1.000
304     127 168 1.000
305     127 171 1.000
306     129 130 1.000
307     129 132 1.000
308     129 133 1.000
309     129 144 1.000
310     130 133 1.000
311     130 140 1.000
312     130 156 1.000
313     130 159 1.000
314     130 160 1.000
315     131 171 1.000
316     132 144 1.000
317     133 140 1.000
318     133 144 1.000
319     134 140 1.000
320     134 171 1.000
321     134 172 1.000
322     134 173 1.000
323     135 136 1.000
324     135 137 1.000
325     135 148 1.000
326     137 147 1.000
327     137 148 1.000
328     137 180 1.000
329     137 183 1.000
330     137 195 1.000
331     140 153 1.000
332     140 156 1.000
333     140 157 1.000
334     140 160 1.000
335     140 171 1.000
336     140 172 1.000
337     147 148 1.000
338     148 153 1.000
339     148 180 1.000
340     149 150 1.000
341     149 151 1.000
342     149 152 1.000
343     149 180 1.000
344     149 193 1.000
345     149 194 1.000
346     149 198 1.000
347     149 202 1.000
348     150 153 1.000
349     150 180 1.000
350     150 181 1.000
351     150 184 1.000
352     150 191 1.000
353     150 193 1.000
354     150 203 1.000
355     150 206 1.000
356     150 207 1.000
357     151 152 1.000
358     151 193 1.000
359     153 157 1.000
360     153 177 1.000
361     153 180 1.000
362     153 210 1.000
363     154 155 1.000
364     154 158 1.000
365     154 205 1.000
366     154 206 1.000
367     154 209 1.000
368     154 210 1.000
369     154 365 1.000
370     154 402 1.000
371     157 161 1.000
372     157 172 1.000
373     157 177 1.000
374     157 210 1.000
375     157 213 1.000
376     157 214 1.000
377     158 209 1.000
378     158 213 1.000
379     158 401 1.000
380     158 403 1.000
381     160 163 1.000
382     160 168 1.000
383     160 171 1.000
384     160 172 1.000
385     161 169 1.000
386     161 213 1.000
387     161 403 1.000
388     161 411 1.000
389     161 415 1.000
390     162 403 1.000
391     162 407 1.000
392     163 165 1.000
393     163 168 1.000
394     165 167 1.000
395     165 168 1.000
396     166 169 1.000
397     166 170 1.000
398     166 414 1.000
399     168 169 1.000
400     168 171 1.000
401     169 170 1.000
402     169 410 1.000
403     169 411 1.000
404     169 414 1.000
405     169 415 1.000
406     170 414 1.000
407     170 418 1.000
408     171 172 1.000
409     172 174 1.000
410     172 177 1.000
411     172 214 1.000
412     172 415 1.000
413     173 175 1.000
414     173 176 1.000
415     174 175 1.000
416     174 214 1.000
417     174 215 1.000
418     174 216 1.000
419     174 415 1.000
420     174 418 1.000
421     174 419 1.000
422     174 421 1.000
423     175 176 1.000
424     175 179 1.000
425     175 421 1.000
426     176 179 1.000
427     177 180 1.000
428     177 181 1.000
429     177 210 1.000
430     177 214 1.000
431     177 216 1.000
432     178 181 1.000
433     178 182 1.000
434     178 216 1.000
435     178 218 1.000
436     178 221 1.000
437     178 420 1.000
438     178 421 1.000
439     180 181 1.000
440     180 183 1.000
441     180 184 1.000
442     180 194 1.000
443     180 195 1.000
444     181 182 1.000
445     181 191 1.000
446     181 207 1.000
447     181 210 1.000
448     181 211 1.000
449     181 216 1.000
450     181 221 1.000
451     182 218 1.000
452     182 220 1.000
453     182 221 1.000
454     183 184 1.000
455     183 195 1.000
456     184 191 1.000
457     184 192 1.000
458     184 195 1.000
459     185 191 1.000
460     185 223 1.000
461     185 225 1.000
462     186 187 1.000
463     186 188 1.000
464     186 190 1.000
465     186 192 1.000
466     186 199 1.000
467     188 190 1.000
468     188 228 1.000
469     188 231 1.000
470     190 199 1.000
471     190 228 1.000
472     191 203 1.000
473     191 204 1.000
474     191 207 1.000
475     191 221 1.000
476     191 222 1.000
477     191 225 1.000
478     192 199 1.000
479     193 194 1.000
480     193 198 1.000
481     193 200 1.000
482     193 202 1.000
483     193 203 1.000
484     193 206 1.000
485     194 198 1.000
486     198 200 1.000
487     198 202 1.000
488     199 203 1.000
489     199 228 1.000
490     200 202 1.000
491     200 242 1.000
492     200 251 1.000
493     201 204 1.000
494     201 228 1.000
495     201 229 1.000
496     201 232 1.000
497     201 239 1.000
498     201 251 1.000
499     201 254 1.000
500     202 206 1.000
501     202 251 1.000
502     202 254 1.000
503     203 204 1.000
504     204 225 1.000
505     204 229 1.000
506     204 258 1.000
507     205 206 1.000
508     205 209 1.000
509     205 253 1.000
510     205 254 1.000
511     205 257 1.000
512     205 258 1.000
513     205 261 1.000
514     205 400 1.000
515     205 401 1.000
516     207 222 1.000
517     208 222 1.000
518     208 258 1.000
519     208 261 1.000
520     208 262 1.000
521     209 210 1.000
522     209 213 1.000
523     209 261 1.000
524     209 401 1.000
525     210 211 1.000
526     211 216 1.000
527     211 217 1.000
528     211 221 1.000
529     211 222 1.000
530     212 213 1.000
531     212 217 1.000
532     212 261 1.000
533     212 401 1.000
534     213 214 1.000
535     213 401 1.000
536     213 403 1.000
537     213 408 1.000
538     213 411 1.000
539     213 412 1.000
540     214 216 1.000
541     214 415 1.000
542     215 415 1.000
543     215 416 1.000
544     215 420 1.000
545     216 420 1.000
546     216 421 1.000
547     217 221 1.000
548     217 222 1.000
549     217 261 1.000
550     218 219 1.000
551     218 220 1.000
552     218 221 1.000
553     218 420 1.000
554     218 423 1.000
555     219 220 1.000
556     219 423 1.000
557     220 223 1.000
558     221 222 1.000
559     222 225 1.000
560     222 262 1.000
561     225 229 1.000
562     225 262 1.000
563     226 227 1.000
564     226 259 1.000
565     226 262 1.000
566     226 264 1.000
567     226 267 1.000
568     227 264 1.000
569     228 229 1.000
570     228 231 1.000
571     228 232 1.000
572     228 242 1.000
573     228 243 1.000
574     229 239 1.000
575     229 258 1.000
576     229 259 1.000
577     229 262 1.000
578     229 268 1.000
579     230 267 1.000
580     230 268 1.000
581     231 243 1.000
582     232 239 1.000
583     232 243 1.000
584     233 239 1.000
585     233 268 1.000
586     233 269 1.000
587     233 272 1.000
588     233 273 1.000
589     234 235 1.000
590     234 236 1.000
591     234 247 1.000
592     235 236 1.000
593     236 246 1.000
594     236 247 1.000
595     236 276 1.000
596     236 292 1.000
597     239 251 1.000
598     239 252 1.000
599     239 256 1.000
600     239 268 1.000
601     239 273 1.000
602     242 243 1.000
603     242 245 1.000
604     245 246 1.000
605     246 291 1.000
606     247 276 1.000
607     248 251 1.000
608     248 291 1.000
609     248 300 1.000
610     252 273 1.000
611     252 276 1.000
612     252 307 1.000
613     253 254 1.000
614     253 257 1.000
615     253 302 1.000
616     253 303 1.000
617     253 307 1.000
618     253 310 1.000
619     256 259 1.000
620     256 260 1.000
621     256 265 1.000
622     256 268 1.000
623     256 270 1.000
624     256 273 1.000
625     256 307 1.000
626     256 310 1.000
627     256 311 1.000
628     257 310 1.000
629     257 400 1.000
630     259 262 1.000
631     259 264 1.000
632     259 265 1.000
633     259 267 1.000
634     259 268 1.000
635     260 265 1.000
636     260 310 1.000
637     260 400 1.000
638     261 262 1.000
639     261 400 1.000
640     261 401 1.000
641     262 264 1.000
642     263 265 1.000
643     264 267 1.000
644     265 270 1.000
645     265 314 1.000
646     266 318 1.000
647     268 270 1.000
648     268 273 1.000
649     269 271 1.000
650     269 272 1.000
651     270 273 1.000
652     270 311 1.000
653     270 314 1.000
654     270 315 1.000
655     270 318 1.000
656     272 273 1.000
657     273 276 1.000
658     273 311 1.000
659     274 277 1.000
660     274 278 1.000
661     274 308 1.000
662     274 311 1.000
663     274 315 1.000
664     274 329 1.000
665     275 278 1.000
666     275 279 1.000
667     276 277 1.000
668     276 280 1.000
669     276 304 1.000
670     276 307 1.000
671     277 278 1.000
672     277 288 1.000
673     277 304 1.000
674     277 307 1.000
675     277 308 1.000
676     277 311 1.000
677     278 279 1.000
678     278 308 1.000
679     278 329 1.000
680     279 280 1.000
681     280 288 1.000
682     280 289 1.000
683     280 292 1.000
684     280 304 1.000
685     281 288 1.000
686     281 330 1.000
687     281 331 1.000
688     281 334 1.000
689     281 335 1.000
690     282 285 1.000
691     282 289 1.000
692     282 296 1.000
693     283 284 1.000
694     284 285 1.000
695     285 296 1.000
696     285 338 1.000
697     288 300 1.000
698     288 304 1.000
699     288 305 1.000
700     288 308 1.000
701     288 330 1.000
702     288 335 1.000
703     289 292 1.000
704     291 294 1.000
705     292 293 1.000
706     295 353 1.000
707     296 338 1.000
708     296 353 1.000
709     297 299 1.000
710     297 300 1.000
711     297 352 1.000
712     297 353 1.000
713     297 362 1.000
714     299 300 1.000
715     299 303 1.000
716     299 361 1.000
717     299 362 1.000
718     299 365 1.000
719     300 303 1.000
720     300 304 1.000
721     301 335 1.000
722     301 338 1.000
723     301 339 1.000
724     302 303 1.000
725     302 365 1.000
726     302 368 1.000
727     302 372 1.000
728     302 397 1.000
729     302 402 1.000
730     303 304 1.000
731     303 361 1.000
732     303 365 1.000
733     304 307 1.000
734     305 330 1.000
735     305 335 1.000
736     305 372 1.000
737     307 308 1.000
738     307 310 1.000
739     307 311 1.000
740     308 309 1.000
741     308 311 1.000
742     308 328 1.000
743     308 329 1.000
744     308 330 1.000
745     309 328 1.000
746     309 372 1.000
747     309 399 1.000
748     310 399 1.000
749     310 400 1.000
750     311 315 1.000
751     312 316 1.000
752     312 323 1.000
753     312 328 1.000
754     312 376 1.000
755     312 378 1.000
756     315 318 1.000
757     315 320 1.000
758     315 323 1.000
759     315 329 1.000
760     316 323 1.000
761     316 378 1.000
762     320 321 1.000
763     320 322 1.000
764     320 323 1.000
765     323 329 1.000
766     324 326 1.000
767     324 327 1.000
768     325 381 1.000
769     326 327 1.000
770     326 376 1.000
771     326 383 1.000
772     327 332 1.000
773     327 383 1.000
774     327 385 1.000
775     328 330 1.000
776     328 332 1.000
777     328 372 1.000
778     328 376 1.000
779     330 332 1.000
780     330 335 1.000
781     330 372 1.000
782     330 373 1.000
783     331 333 1.000
784     331 334 1.000
785     332 336 1.000
786     332 373 1.000
787     332 376 1.000
788     332 385 1.000
789     333 337 1.000
790     333 387 1.000
791     335 338 1.000
792     335 339 1.000
793     335 373 1.000
794     336 340 1.000
795     336 370 1.000
796     336 373 1.000
797     336 374 1.000
798     336 385 1.000
799     336 387 1.000
800     337 341 1.000
801     337 387 1.000
802     338 339 1.000
803     338 342 1.000
804     338 343 1.000
805     338 352 1.000
806     338 353 1.000
807     338 354 1.000
808     339 340 1.000
809     339 343 1.000
810     339 350 1.000
811     339 366 1.000
812     339 370 1.000
813     340 344 1.000
814     340 370 1.000
815     340 387 1.000
816     340 392 1.000
817     341 342 1.000
818     342 343 1.000
819     342 354 1.000
820     343 350 1.000
821     343 366 1.000
822     344 350 1.000
823     345 346 1.000
824     345 347 1.000
825     345 351 1.000
826     345 358 1.000
827     347 358 1.000
828     350 363 1.000
829     350 366 1.000
830     350 367 1.000
831     351 352 1.000
832     351 356 1.000
833     351 358 1.000
834     352 353 1.000
835     352 356 1.000
836     352 362 1.000
837     353 354 1.000
838     353 356 1.000
839     359 361 1.000
840     359 362 1.000
841     361 362 1.000
842     361 365 1.000
843     362 366 1.000
844     363 367 1.000
845     364 365 1.000
846     364 368 1.000
847     364 402 1.000
848     365 368 1.000
849     365 402 1.000
850     367 370 1.000
851     367 394 1.000
852     368 397 1.000
853     368 402 1.000
854     370 374 1.000
855     370 394 1.000
856     371 374 1.000
857     371 375 1.000
858     371 394 1.000
859     371 396 1.000
860     371 397 1.000
861     372 397 1.000
862     374 375 1.000
863     374 386 1.000
864     374 392 1.000
865     374 393 1.000
866     374 394 1.000
867     375 384 1.000
868     375 386 1.000
869     375 393 1.000
870     375 396 1.000
871     376 378 1.000
872     376 381 1.000
873     376 383 1.000
874     383 385 1.000
875     384 386 1.000
876     386 392 1.000
877     386 393 1.000
878     389 390 1.000
879     389 391 1.000
880     389 392 1.000
881     390 391 1.000
882     395 396 1.000
883     396 405 1.000
884     397 402 1.000
885     398 399 1.000
886     398 400 1.000
887     398 401 1.000
888     398 405 1.000
889     398 408 1.000
890     399 400 1.000
891     400 401 1.000
892     401 403 1.000
893     401 408 1.000
894     403 407 1.000
895     403 408 1.000
896     405 406 1.000
897     406 407 1.000
898     408 412 1.000
899     409 412 1.000
900     409 413 1.000
901     411 415 1.000
902     412 413 1.000
903     412 416 1.000
904     413 417 1.000
905     414 415 1.000
906     414 417 1.000
907     414 418 1.000
908     415 418 1.000
909     418 419 1.000
910     420 421 1.000
911     420 423 1.000