ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/owl/trunk/tests/proteinstructure/data/2h6fB_SC_5.0.cm
Revision: 884
Committed: Tue Aug 11 16:01:00 2009 UTC (10 years, 2 months ago) by duarte
File size: 13789 byte(s)
Log Message:
Major commit: 
- change of the implementation of Pdb (interface remains backwards compatible). Now data stored in a proper object-oriented way. Pdb not abstract anymore, a protein model can be created by using one of the constructors
- added many tests and test files for Pdb (and merged some already existing tests from the default package)
- removed obsolete classes related to msd
- bug fix: PdbfilePdb now properly reads files with alt codes
- all tests passed
Line File contents
1 #CMVIEW GRAPH FILE ver: 1.0
2 #SEQUENCE: MASPSSFTYYCPPSSSPVWSEPLYSLRPEHARERLQDDSVETVTSIEQAKVEEKIQEVFSSYKFNHLVPRLVLQREKHFHYLKRGLRQLTDAYECLDASRPWLCYWILHSLELLDEPIPQIVATDVCQFLELCQSPEGGFGGGPGQYPHLAPTYAAVNALCIIGTEEAYDIINREKLLQYLYSLKQPDGSFLMHVGGEVDVRSAYCAASVASLTNIITPDLFEGTAEWIARCQNWEGGIGGVPGMEAHGGYTFCGLAALVILKRERSLNLKSLLQWVTSRQMRFEGGFQGRCNKLVDGCYSFWQAGLLPLLHRALHAQGDPALSMSHWMFHQQALQEYILMCCQCPAGGLLDKPGKSRDFYHTCYCLSGLSIAQHFGSGAMLHDVVLGVPENALQPTHPVYNIGPDKVIQATTYFLQKPVPGFEELKDETSAEPATD
3 #PDB: 2h6f
4 #PDB CHAIN CODE: B
5 #CHAIN: B
6 #MODEL: 1
7 #CT: SC
8 #CUTOFF: 5.0
9 15 16 1.000
10 16 17 1.000
11 16 22 1.000
12 17 19 1.000
13 17 20 1.000
14 18 19 1.000
15 18 70 1.000
16 19 20 1.000
17 19 67 1.000
18 20 67 1.000
19 20 68 1.000
20 21 22 1.000
21 21 23 1.000
22 21 70 1.000
23 21 387 1.000
24 23 26 1.000
25 23 68 1.000
26 23 71 1.000
27 23 333 1.000
28 23 337 1.000
29 23 341 1.000
30 23 387 1.000
31 24 25 1.000
32 24 27 1.000
33 24 30 1.000
34 24 331 1.000
35 24 333 1.000
36 24 334 1.000
37 24 337 1.000
38 25 26 1.000
39 25 30 1.000
40 25 59 1.000
41 25 337 1.000
42 25 341 1.000
43 26 59 1.000
44 26 62 1.000
45 26 63 1.000
46 26 68 1.000
47 27 28 1.000
48 27 29 1.000
49 27 30 1.000
50 28 29 1.000
51 29 32 1.000
52 30 33 1.000
53 30 59 1.000
54 30 284 1.000
55 32 33 1.000
56 33 283 1.000
57 33 284 1.000
58 34 52 1.000
59 34 53 1.000
60 34 56 1.000
61 34 284 1.000
62 35 37 1.000
63 35 45 1.000
64 35 48 1.000
65 35 49 1.000
66 35 52 1.000
67 36 38 1.000
68 37 39 1.000
69 37 41 1.000
70 37 45 1.000
71 38 40 1.000
72 40 42 1.000
73 41 45 1.000
74 41 46 1.000
75 42 44 1.000
76 42 45 1.000
77 43 47 1.000
78 44 293 1.000
79 45 46 1.000
80 46 47 1.000
81 46 50 1.000
82 47 50 1.000
83 47 295 1.000
84 48 52 1.000
85 48 282 1.000
86 48 285 1.000
87 48 295 1.000
88 51 55 1.000
89 51 285 1.000
90 51 295 1.000
91 51 296 1.000
92 51 353 1.000
93 52 284 1.000
94 52 285 1.000
95 53 57 1.000
96 54 57 1.000
97 54 58 1.000
98 54 354 1.000
99 55 59 1.000
100 55 284 1.000
101 55 285 1.000
102 55 338 1.000
103 55 342 1.000
104 55 354 1.000
105 56 59 1.000
106 56 60 1.000
107 56 284 1.000
108 58 59 1.000
109 58 61 1.000
110 58 62 1.000
111 58 341 1.000
112 58 342 1.000
113 58 354 1.000
114 59 284 1.000
115 59 341 1.000
116 59 342 1.000
117 61 62 1.000
118 62 71 1.000
119 62 341 1.000
120 63 68 1.000
121 64 67 1.000
122 64 69 1.000
123 65 66 1.000
124 67 69 1.000
125 68 69 1.000
126 70 389 1.000
127 70 390 1.000
128 71 337 1.000
129 71 340 1.000
130 71 341 1.000
131 71 387 1.000
132 71 392 1.000
133 72 74 1.000
134 72 389 1.000
135 72 392 1.000
136 73 75 1.000
137 73 78 1.000
138 73 114 1.000
139 73 340 1.000
140 73 344 1.000
141 73 350 1.000
142 73 367 1.000
143 73 370 1.000
144 73 392 1.000
145 73 394 1.000
146 74 77 1.000
147 74 78 1.000
148 74 344 1.000
149 75 76 1.000
150 75 114 1.000
151 75 116 1.000
152 75 391 1.000
153 75 394 1.000
154 76 79 1.000
155 76 80 1.000
156 76 116 1.000
157 77 78 1.000
158 77 346 1.000
159 78 82 1.000
160 78 114 1.000
161 78 344 1.000
162 78 350 1.000
163 79 80 1.000
164 79 83 1.000
165 79 111 1.000
166 79 116 1.000
167 81 82 1.000
168 81 93 1.000
169 81 358 1.000
170 81 359 1.000
171 81 360 1.000
172 81 363 1.000
173 82 107 1.000
174 82 110 1.000
175 82 111 1.000
176 82 114 1.000
177 82 360 1.000
178 82 363 1.000
179 84 88 1.000
180 86 107 1.000
181 86 108 1.000
182 86 111 1.000
183 86 122 1.000
184 86 126 1.000
185 87 88 1.000
186 87 121 1.000
187 87 122 1.000
188 87 125 1.000
189 89 93 1.000
190 89 103 1.000
191 89 360 1.000
192 90 91 1.000
193 90 92 1.000
194 90 93 1.000
195 91 92 1.000
196 91 94 1.000
197 92 93 1.000
198 93 96 1.000
199 93 103 1.000
200 93 359 1.000
201 93 360 1.000
202 95 96 1.000
203 96 99 1.000
204 96 103 1.000
205 96 106 1.000
206 97 100 1.000
207 97 146 1.000
208 98 146 1.000
209 99 102 1.000
210 100 101 1.000
211 100 103 1.000
212 100 129 1.000
213 100 144 1.000
214 101 130 1.000
215 101 133 1.000
216 101 152 1.000
217 101 155 1.000
218 101 156 1.000
219 102 105 1.000
220 102 106 1.000
221 102 151 1.000
222 102 152 1.000
223 102 154 1.000
224 102 155 1.000
225 102 365 1.000
226 103 106 1.000
227 103 107 1.000
228 103 360 1.000
229 104 108 1.000
230 104 126 1.000
231 104 129 1.000
232 104 130 1.000
233 104 159 1.000
234 105 106 1.000
235 105 109 1.000
236 105 154 1.000
237 105 155 1.000
238 105 158 1.000
239 105 159 1.000
240 105 162 1.000
241 105 364 1.000
242 105 365 1.000
243 105 402 1.000
244 105 403 1.000
245 106 107 1.000
246 106 360 1.000
247 106 361 1.000
248 106 364 1.000
249 106 365 1.000
250 107 111 1.000
251 107 360 1.000
252 108 111 1.000
253 108 118 1.000
254 108 126 1.000
255 108 159 1.000
256 108 162 1.000
257 108 163 1.000
258 109 112 1.000
259 109 113 1.000
260 109 162 1.000
261 109 364 1.000
262 109 368 1.000
263 109 397 1.000
264 109 402 1.000
265 109 403 1.000
266 110 363 1.000
267 110 364 1.000
268 110 367 1.000
269 111 116 1.000
270 111 118 1.000
271 112 162 1.000
272 112 403 1.000
273 112 406 1.000
274 112 407 1.000
275 113 367 1.000
276 113 368 1.000
277 113 371 1.000
278 113 394 1.000
279 113 397 1.000
280 114 116 1.000
281 114 367 1.000
282 114 394 1.000
283 115 395 1.000
284 116 117 1.000
285 118 119 1.000
286 118 122 1.000
287 118 123 1.000
288 119 122 1.000
289 121 122 1.000
290 121 125 1.000
291 122 126 1.000
292 123 163 1.000
293 124 125 1.000
294 124 128 1.000
295 124 167 1.000
296 125 128 1.000
297 126 130 1.000
298 126 163 1.000
299 127 128 1.000
300 127 160 1.000
301 127 163 1.000
302 127 165 1.000
303 127 167 1.000
304 127 168 1.000
305 127 171 1.000
306 129 130 1.000
307 129 132 1.000
308 129 133 1.000
309 129 144 1.000
310 130 133 1.000
311 130 140 1.000
312 130 156 1.000
313 130 159 1.000
314 130 160 1.000
315 131 171 1.000
316 132 144 1.000
317 133 140 1.000
318 133 144 1.000
319 134 140 1.000
320 134 171 1.000
321 134 172 1.000
322 134 173 1.000
323 135 136 1.000
324 135 137 1.000
325 135 148 1.000
326 137 147 1.000
327 137 148 1.000
328 137 180 1.000
329 137 183 1.000
330 137 195 1.000
331 140 153 1.000
332 140 156 1.000
333 140 157 1.000
334 140 160 1.000
335 140 171 1.000
336 140 172 1.000
337 147 148 1.000
338 148 153 1.000
339 148 180 1.000
340 149 150 1.000
341 149 151 1.000
342 149 152 1.000
343 149 180 1.000
344 149 193 1.000
345 149 194 1.000
346 149 198 1.000
347 149 202 1.000
348 150 153 1.000
349 150 180 1.000
350 150 181 1.000
351 150 184 1.000
352 150 191 1.000
353 150 193 1.000
354 150 203 1.000
355 150 206 1.000
356 150 207 1.000
357 151 152 1.000
358 151 193 1.000
359 153 157 1.000
360 153 177 1.000
361 153 180 1.000
362 153 210 1.000
363 154 155 1.000
364 154 158 1.000
365 154 205 1.000
366 154 206 1.000
367 154 209 1.000
368 154 210 1.000
369 154 365 1.000
370 154 402 1.000
371 157 161 1.000
372 157 172 1.000
373 157 177 1.000
374 157 210 1.000
375 157 213 1.000
376 157 214 1.000
377 158 209 1.000
378 158 213 1.000
379 158 401 1.000
380 158 403 1.000
381 160 163 1.000
382 160 168 1.000
383 160 171 1.000
384 160 172 1.000
385 161 169 1.000
386 161 213 1.000
387 161 403 1.000
388 161 411 1.000
389 161 415 1.000
390 162 403 1.000
391 162 407 1.000
392 163 165 1.000
393 163 168 1.000
394 165 167 1.000
395 165 168 1.000
396 166 169 1.000
397 166 170 1.000
398 166 414 1.000
399 168 169 1.000
400 168 171 1.000
401 169 170 1.000
402 169 410 1.000
403 169 411 1.000
404 169 414 1.000
405 169 415 1.000
406 170 414 1.000
407 170 418 1.000
408 171 172 1.000
409 172 174 1.000
410 172 177 1.000
411 172 214 1.000
412 172 415 1.000
413 173 175 1.000
414 173 176 1.000
415 174 175 1.000
416 174 214 1.000
417 174 215 1.000
418 174 216 1.000
419 174 415 1.000
420 174 418 1.000
421 174 419 1.000
422 174 421 1.000
423 175 176 1.000
424 175 179 1.000
425 175 421 1.000
426 176 179 1.000
427 177 180 1.000
428 177 181 1.000
429 177 210 1.000
430 177 214 1.000
431 177 216 1.000
432 178 181 1.000
433 178 182 1.000
434 178 216 1.000
435 178 218 1.000
436 178 221 1.000
437 178 420 1.000
438 178 421 1.000
439 180 181 1.000
440 180 183 1.000
441 180 184 1.000
442 180 194 1.000
443 180 195 1.000
444 181 182 1.000
445 181 191 1.000
446 181 207 1.000
447 181 210 1.000
448 181 211 1.000
449 181 216 1.000
450 181 221 1.000
451 182 218 1.000
452 182 220 1.000
453 182 221 1.000
454 183 184 1.000
455 183 195 1.000
456 184 191 1.000
457 184 192 1.000
458 184 195 1.000
459 185 191 1.000
460 185 223 1.000
461 185 225 1.000
462 186 187 1.000
463 186 188 1.000
464 186 190 1.000
465 186 192 1.000
466 186 199 1.000
467 188 190 1.000
468 188 228 1.000
469 188 231 1.000
470 190 199 1.000
471 190 228 1.000
472 191 203 1.000
473 191 204 1.000
474 191 207 1.000
475 191 221 1.000
476 191 222 1.000
477 191 225 1.000
478 192 199 1.000
479 193 194 1.000
480 193 198 1.000
481 193 200 1.000
482 193 202 1.000
483 193 203 1.000
484 193 206 1.000
485 194 198 1.000
486 198 200 1.000
487 198 202 1.000
488 199 203 1.000
489 199 228 1.000
490 200 202 1.000
491 200 242 1.000
492 200 251 1.000
493 201 204 1.000
494 201 228 1.000
495 201 229 1.000
496 201 232 1.000
497 201 239 1.000
498 201 251 1.000
499 201 254 1.000
500 202 206 1.000
501 202 251 1.000
502 202 254 1.000
503 203 204 1.000
504 204 225 1.000
505 204 229 1.000
506 204 258 1.000
507 205 206 1.000
508 205 209 1.000
509 205 253 1.000
510 205 254 1.000
511 205 257 1.000
512 205 258 1.000
513 205 261 1.000
514 205 400 1.000
515 205 401 1.000
516 207 222 1.000
517 208 222 1.000
518 208 258 1.000
519 208 261 1.000
520 208 262 1.000
521 209 210 1.000
522 209 213 1.000
523 209 261 1.000
524 209 401 1.000
525 210 211 1.000
526 211 216 1.000
527 211 217 1.000
528 211 221 1.000
529 211 222 1.000
530 212 213 1.000
531 212 217 1.000
532 212 261 1.000
533 212 401 1.000
534 213 214 1.000
535 213 401 1.000
536 213 403 1.000
537 213 408 1.000
538 213 411 1.000
539 213 412 1.000
540 214 216 1.000
541 214 415 1.000
542 215 415 1.000
543 215 416 1.000
544 215 420 1.000
545 216 420 1.000
546 216 421 1.000
547 217 221 1.000
548 217 222 1.000
549 217 261 1.000
550 218 219 1.000
551 218 220 1.000
552 218 221 1.000
553 218 420 1.000
554 218 423 1.000
555 219 220 1.000
556 219 423 1.000
557 220 223 1.000
558 221 222 1.000
559 222 225 1.000
560 222 262 1.000
561 225 229 1.000
562 225 262 1.000
563 226 227 1.000
564 226 259 1.000
565 226 262 1.000
566 226 264 1.000
567 226 267 1.000
568 227 264 1.000
569 228 229 1.000
570 228 231 1.000
571 228 232 1.000
572 228 242 1.000
573 228 243 1.000
574 229 239 1.000
575 229 258 1.000
576 229 259 1.000
577 229 262 1.000
578 229 268 1.000
579 230 267 1.000
580 230 268 1.000
581 231 243 1.000
582 232 239 1.000
583 232 243 1.000
584 233 239 1.000
585 233 268 1.000
586 233 269 1.000
587 233 272 1.000
588 233 273 1.000
589 234 235 1.000
590 234 236 1.000
591 234 247 1.000
592 235 236 1.000
593 236 246 1.000
594 236 247 1.000
595 236 276 1.000
596 236 292 1.000
597 239 251 1.000
598 239 252 1.000
599 239 256 1.000
600 239 268 1.000
601 239 273 1.000
602 242 243 1.000
603 242 245 1.000
604 245 246 1.000
605 246 291 1.000
606 247 276 1.000
607 248 251 1.000
608 248 291 1.000
609 248 300 1.000
610 252 273 1.000
611 252 276 1.000
612 252 307 1.000
613 253 254 1.000
614 253 257 1.000
615 253 302 1.000
616 253 303 1.000
617 253 307 1.000
618 253 310 1.000
619 256 259 1.000
620 256 260 1.000
621 256 265 1.000
622 256 268 1.000
623 256 270 1.000
624 256 273 1.000
625 256 307 1.000
626 256 310 1.000
627 256 311 1.000
628 257 310 1.000
629 257 400 1.000
630 259 262 1.000
631 259 264 1.000
632 259 265 1.000
633 259 267 1.000
634 259 268 1.000
635 260 265 1.000
636 260 310 1.000
637 260 400 1.000
638 261 262 1.000
639 261 400 1.000
640 261 401 1.000
641 262 264 1.000
642 263 265 1.000
643 264 267 1.000
644 265 270 1.000
645 265 314 1.000
646 266 318 1.000
647 268 270 1.000
648 268 273 1.000
649 269 271 1.000
650 269 272 1.000
651 270 273 1.000
652 270 311 1.000
653 270 314 1.000
654 270 315 1.000
655 270 318 1.000
656 272 273 1.000
657 273 276 1.000
658 273 311 1.000
659 274 277 1.000
660 274 278 1.000
661 274 308 1.000
662 274 311 1.000
663 274 315 1.000
664 274 329 1.000
665 275 278 1.000
666 275 279 1.000
667 276 277 1.000
668 276 280 1.000
669 276 304 1.000
670 276 307 1.000
671 277 278 1.000
672 277 288 1.000
673 277 304 1.000
674 277 307 1.000
675 277 308 1.000
676 277 311 1.000
677 278 279 1.000
678 278 308 1.000
679 278 329 1.000
680 279 280 1.000
681 280 288 1.000
682 280 289 1.000
683 280 292 1.000
684 280 304 1.000
685 281 288 1.000
686 281 330 1.000
687 281 331 1.000
688 281 334 1.000
689 281 335 1.000
690 282 285 1.000
691 282 289 1.000
692 282 296 1.000
693 283 284 1.000
694 284 285 1.000
695 285 296 1.000
696 285 338 1.000
697 288 300 1.000
698 288 304 1.000
699 288 305 1.000
700 288 308 1.000
701 288 330 1.000
702 288 335 1.000
703 289 292 1.000
704 291 294 1.000
705 292 293 1.000
706 295 353 1.000
707 296 338 1.000
708 296 353 1.000
709 297 299 1.000
710 297 300 1.000
711 297 352 1.000
712 297 353 1.000
713 297 362 1.000
714 299 300 1.000
715 299 303 1.000
716 299 361 1.000
717 299 362 1.000
718 299 365 1.000
719 300 303 1.000
720 300 304 1.000
721 301 335 1.000
722 301 338 1.000
723 301 339 1.000
724 302 303 1.000
725 302 365 1.000
726 302 368 1.000
727 302 372 1.000
728 302 397 1.000
729 302 402 1.000
730 303 304 1.000
731 303 361 1.000
732 303 365 1.000
733 304 307 1.000
734 305 330 1.000
735 305 335 1.000
736 305 372 1.000
737 307 308 1.000
738 307 310 1.000
739 307 311 1.000
740 308 309 1.000
741 308 311 1.000
742 308 328 1.000
743 308 329 1.000
744 308 330 1.000
745 309 328 1.000
746 309 372 1.000
747 309 399 1.000
748 310 399 1.000
749 310 400 1.000
750 311 315 1.000
751 312 316 1.000
752 312 323 1.000
753 312 328 1.000
754 312 376 1.000
755 312 378 1.000
756 315 318 1.000
757 315 320 1.000
758 315 323 1.000
759 315 329 1.000
760 316 323 1.000
761 316 378 1.000
762 320 321 1.000
763 320 322 1.000
764 320 323 1.000
765 323 329 1.000
766 324 326 1.000
767 324 327 1.000
768 325 381 1.000
769 326 327 1.000
770 326 376 1.000
771 326 383 1.000
772 327 332 1.000
773 327 383 1.000
774 327 385 1.000
775 328 330 1.000
776 328 332 1.000
777 328 372 1.000
778 328 376 1.000
779 330 332 1.000
780 330 335 1.000
781 330 372 1.000
782 330 373 1.000
783 331 333 1.000
784 331 334 1.000
785 332 336 1.000
786 332 373 1.000
787 332 376 1.000
788 332 385 1.000
789 333 337 1.000
790 333 387 1.000
791 335 338 1.000
792 335 339 1.000
793 335 373 1.000
794 336 340 1.000
795 336 370 1.000
796 336 373 1.000
797 336 374 1.000
798 336 385 1.000
799 336 387 1.000
800 337 341 1.000
801 337 387 1.000
802 338 339 1.000
803 338 342 1.000
804 338 343 1.000
805 338 352 1.000
806 338 353 1.000
807 338 354 1.000
808 339 340 1.000
809 339 343 1.000
810 339 350 1.000
811 339 366 1.000
812 339 370 1.000
813 340 344 1.000
814 340 370 1.000
815 340 387 1.000
816 340 392 1.000
817 341 342 1.000
818 342 343 1.000
819 342 354 1.000
820 343 350 1.000
821 343 366 1.000
822 344 350 1.000
823 345 346 1.000
824 345 347 1.000
825 345 351 1.000
826 345 358 1.000
827 347 358 1.000
828 350 363 1.000
829 350 366 1.000
830 350 367 1.000
831 351 352 1.000
832 351 356 1.000
833 351 358 1.000
834 352 353 1.000
835 352 356 1.000
836 352 362 1.000
837 353 354 1.000
838 353 356 1.000
839 359 361 1.000
840 359 362 1.000
841 361 362 1.000
842 361 365 1.000
843 362 366 1.000
844 363 367 1.000
845 364 365 1.000
846 364 368 1.000
847 364 402 1.000
848 365 368 1.000
849 365 402 1.000
850 367 370 1.000
851 367 394 1.000
852 368 397 1.000
853 368 402 1.000
854 370 374 1.000
855 370 394 1.000
856 371 374 1.000
857 371 375 1.000
858 371 394 1.000
859 371 396 1.000
860 371 397 1.000
861 372 397 1.000
862 374 375 1.000
863 374 386 1.000
864 374 392 1.000
865 374 393 1.000
866 374 394 1.000
867 375 384 1.000
868 375 386 1.000
869 375 393 1.000
870 375 396 1.000
871 376 378 1.000
872 376 381 1.000
873 376 383 1.000
874 383 385 1.000
875 384 386 1.000
876 386 392 1.000
877 386 393 1.000
878 389 390 1.000
879 389 391 1.000
880 389 392 1.000
881 390 391 1.000
882 395 396 1.000
883 396 405 1.000
884 397 402 1.000
885 398 399 1.000
886 398 400 1.000
887 398 401 1.000
888 398 405 1.000
889 398 408 1.000
890 399 400 1.000
891 400 401 1.000
892 401 403 1.000
893 401 408 1.000
894 403 407 1.000
895 403 408 1.000
896 405 406 1.000
897 406 407 1.000
898 408 412 1.000
899 409 412 1.000
900 409 413 1.000
901 411 415 1.000
902 412 413 1.000
903 412 416 1.000
904 413 417 1.000
905 414 415 1.000
906 414 417 1.000
907 414 418 1.000
908 415 418 1.000
909 418 419 1.000
910 420 421 1.000
911 420 423 1.000