ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/owl/trunk/tests/proteinstructure/data/7odcA_SC_5.0.cm
Revision: 884
Committed: Tue Aug 11 16:01:00 2009 UTC (10 years, 2 months ago) by duarte
File size: 13132 byte(s)
Log Message:
Major commit: 
- change of the implementation of Pdb (interface remains backwards compatible). Now data stored in a proper object-oriented way. Pdb not abstract anymore, a protein model can be created by using one of the constructors
- added many tests and test files for Pdb (and merged some already existing tests from the default package)
- removed obsolete classes related to msd
- bug fix: PdbfilePdb now properly reads files with alt codes
- all tests passed
Line File contents
1 #CMVIEW GRAPH FILE ver: 1.0
2 #SEQUENCE: MSSFTKDEFDCHILDEGFTAKDILDQKINEVSSSDDKDAFYVADLGDILKKHLRWLKALPRVTPFYAVKCNDSRAIVSTLAAIGTGFDCASKTEIQLVQGLGVPAERVIYANPCKQVSQIKYAASNGVQMMTFDSEIELMKVARAHPKAKLVLRIATDDSKAVCRLSVKFGATLKTSRLLLERAKELNIDVIGVSFHVGSGCTDPDTFVQAVSDARCVFDMATEVGFSMHLLDIGGGFPGSEDTKLKFEEITSVINPALDKYFPSDSGVRIIAEPGRYYVASAFTLAVNIIAKKTVWKEQPGSDDEDESNEQTFMYYVNDGVYGSFNCILYDHAHVKALLQKRPKPDEKYYSSSIWGPTCDGLDRIVERCNLPEMHVGDWMLFENMGAYTVAAASTFNGFQRPNIYYVMSRPMWQLMKQIQSHG
3 #PDB: 7odc
4 #PDB CHAIN CODE: A
5 #CHAIN: A
6 #MODEL: 1
7 #CT: SC
8 #CUTOFF: 5.0
9 2 13 1.000
10 2 15 1.000
11 2 411 1.000
12 3 10 1.000
13 3 12 1.000
14 4 6 1.000
15 4 9 1.000
16 4 11 1.000
17 4 13 1.000
18 4 409 1.000
19 4 414 1.000
20 4 417 1.000
21 5 10 1.000
22 6 7 1.000
23 6 9 1.000
24 6 78 1.000
25 6 82 1.000
26 6 417 1.000
27 7 8 1.000
28 7 9 1.000
29 7 74 1.000
30 7 78 1.000
31 7 101 1.000
32 8 74 1.000
33 9 11 1.000
34 9 45 1.000
35 9 75 1.000
36 9 78 1.000
37 9 79 1.000
38 9 407 1.000
39 11 45 1.000
40 11 407 1.000
41 11 409 1.000
42 12 14 1.000
43 12 23 1.000
44 12 408 1.000
45 13 15 1.000
46 13 411 1.000
47 13 414 1.000
48 14 18 1.000
49 14 20 1.000
50 14 23 1.000
51 14 44 1.000
52 14 408 1.000
53 14 410 1.000
54 15 411 1.000
55 16 18 1.000
56 18 22 1.000
57 18 23 1.000
58 18 26 1.000
59 19 21 1.000
60 19 22 1.000
61 20 42 1.000
62 20 44 1.000
63 20 408 1.000
64 21 22 1.000
65 22 25 1.000
66 22 26 1.000
67 23 26 1.000
68 23 27 1.000
69 23 42 1.000
70 23 408 1.000
71 24 25 1.000
72 24 28 1.000
73 24 40 1.000
74 24 42 1.000
75 24 285 1.000
76 24 287 1.000
77 24 382 1.000
78 25 29 1.000
79 25 341 1.000
80 27 40 1.000
81 27 42 1.000
82 27 406 1.000
83 28 29 1.000
84 28 40 1.000
85 28 287 1.000
86 28 341 1.000
87 28 380 1.000
88 28 382 1.000
89 36 38 1.000
90 37 289 1.000
91 37 380 1.000
92 38 319 1.000
93 39 286 1.000
94 39 288 1.000
95 39 319 1.000
96 39 320 1.000
97 39 403 1.000
98 40 42 1.000
99 40 287 1.000
100 40 380 1.000
101 40 404 1.000
102 40 406 1.000
103 41 284 1.000
104 41 286 1.000
105 41 320 1.000
106 41 325 1.000
107 41 386 1.000
108 41 390 1.000
109 41 391 1.000
110 41 403 1.000
111 41 405 1.000
112 42 406 1.000
113 42 408 1.000
114 43 284 1.000
115 43 405 1.000
116 43 407 1.000
117 44 47 1.000
118 44 408 1.000
119 45 48 1.000
120 45 75 1.000
121 45 76 1.000
122 45 79 1.000
123 45 407 1.000
124 45 409 1.000
125 47 50 1.000
126 47 51 1.000
127 47 282 1.000
128 47 283 1.000
129 48 76 1.000
130 48 79 1.000
131 48 80 1.000
132 48 83 1.000
133 48 279 1.000
134 48 280 1.000
135 48 283 1.000
136 49 52 1.000
137 49 53 1.000
138 49 83 1.000
139 49 409 1.000
140 49 413 1.000
141 49 416 1.000
142 49 417 1.000
143 51 54 1.000
144 51 278 1.000
145 51 279 1.000
146 51 282 1.000
147 52 55 1.000
148 52 56 1.000
149 52 64 1.000
150 52 83 1.000
151 52 85 1.000
152 52 279 1.000
153 53 56 1.000
154 53 413 1.000
155 53 416 1.000
156 54 247 1.000
157 54 248 1.000
158 54 249 1.000
159 54 278 1.000
160 55 56 1.000
161 55 59 1.000
162 55 62 1.000
163 55 64 1.000
164 55 238 1.000
165 55 248 1.000
166 55 273 1.000
167 55 275 1.000
168 55 278 1.000
169 55 279 1.000
170 58 59 1.000
171 58 248 1.000
172 58 249 1.000
173 58 252 1.000
174 59 60 1.000
175 59 62 1.000
176 59 234 1.000
177 59 238 1.000
178 59 248 1.000
179 59 252 1.000
180 59 255 1.000
181 59 256 1.000
182 60 256 1.000
183 61 62 1.000
184 61 259 1.000
185 61 260 1.000
186 61 263 1.000
187 61 265 1.000
188 61 269 1.000
189 61 271 1.000
190 62 234 1.000
191 62 259 1.000
192 62 271 1.000
193 62 273 1.000
194 63 64 1.000
195 63 65 1.000
196 63 272 1.000
197 64 85 1.000
198 64 275 1.000
199 64 279 1.000
200 65 88 1.000
201 65 109 1.000
202 65 270 1.000
203 65 272 1.000
204 65 274 1.000
205 66 68 1.000
206 66 70 1.000
207 66 71 1.000
208 66 76 1.000
209 66 77 1.000
210 66 80 1.000
211 66 85 1.000
212 66 87 1.000
213 66 279 1.000
214 66 280 1.000
215 67 69 1.000
216 67 70 1.000
217 67 88 1.000
218 67 389 1.000
219 68 72 1.000
220 68 77 1.000
221 68 87 1.000
222 68 89 1.000
223 68 94 1.000
224 68 97 1.000
225 68 98 1.000
226 69 94 1.000
227 69 389 1.000
228 70 71 1.000
229 70 277 1.000
230 70 280 1.000
231 70 388 1.000
232 70 389 1.000
233 71 72 1.000
234 71 73 1.000
235 71 76 1.000
236 71 280 1.000
237 71 284 1.000
238 71 390 1.000
239 71 391 1.000
240 72 97 1.000
241 72 392 1.000
242 73 76 1.000
243 73 284 1.000
244 73 391 1.000
245 73 405 1.000
246 73 407 1.000
247 74 97 1.000
248 74 101 1.000
249 75 407 1.000
250 76 77 1.000
251 76 80 1.000
252 76 280 1.000
253 76 284 1.000
254 76 407 1.000
255 77 87 1.000
256 77 97 1.000
257 77 98 1.000
258 77 101 1.000
259 78 79 1.000
260 78 101 1.000
261 79 83 1.000
262 79 409 1.000
263 79 417 1.000
264 80 83 1.000
265 80 85 1.000
266 80 87 1.000
267 80 279 1.000
268 81 87 1.000
269 81 103 1.000
270 81 107 1.000
271 82 83 1.000
272 82 417 1.000
273 83 85 1.000
274 83 417 1.000
275 85 87 1.000
276 85 279 1.000
277 87 89 1.000
278 87 98 1.000
279 87 103 1.000
280 87 107 1.000
281 87 108 1.000
282 88 109 1.000
283 88 111 1.000
284 88 274 1.000
285 89 94 1.000
286 89 95 1.000
287 89 98 1.000
288 89 108 1.000
289 90 91 1.000
290 90 94 1.000
291 90 112 1.000
292 91 93 1.000
293 91 94 1.000
294 91 119 1.000
295 92 96 1.000
296 92 119 1.000
297 92 122 1.000
298 93 96 1.000
299 95 99 1.000
300 95 108 1.000
301 95 110 1.000
302 95 122 1.000
303 95 123 1.000
304 95 128 1.000
305 96 122 1.000
306 97 98 1.000
307 97 101 1.000
308 98 103 1.000
309 98 108 1.000
310 99 105 1.000
311 99 122 1.000
312 99 126 1.000
313 99 128 1.000
314 101 103 1.000
315 103 104 1.000
316 103 107 1.000
317 103 108 1.000
318 104 106 1.000
319 104 107 1.000
320 105 128 1.000
321 108 128 1.000
322 109 111 1.000
323 109 130 1.000
324 109 132 1.000
325 109 152 1.000
326 109 233 1.000
327 109 272 1.000
328 109 274 1.000
329 110 112 1.000
330 110 115 1.000
331 110 119 1.000
332 110 120 1.000
333 110 123 1.000
334 110 128 1.000
335 110 131 1.000
336 111 132 1.000
337 111 274 1.000
338 112 113 1.000
339 112 114 1.000
340 112 115 1.000
341 112 170 1.000
342 113 114 1.000
343 113 132 1.000
344 113 134 1.000
345 113 154 1.000
346 113 170 1.000
347 114 134 1.000
348 114 138 1.000
349 114 170 1.000
350 115 120 1.000
351 115 131 1.000
352 115 133 1.000
353 115 138 1.000
354 115 141 1.000
355 116 118 1.000
356 116 119 1.000
357 117 121 1.000
358 117 141 1.000
359 117 145 1.000
360 118 119 1.000
361 120 131 1.000
362 120 138 1.000
363 120 141 1.000
364 120 142 1.000
365 120 145 1.000
366 120 146 1.000
367 121 144 1.000
368 121 145 1.000
369 122 126 1.000
370 123 128 1.000
371 123 131 1.000
372 123 146 1.000
373 124 146 1.000
374 125 126 1.000
375 129 146 1.000
376 129 148 1.000
377 129 150 1.000
378 130 150 1.000
379 130 152 1.000
380 130 192 1.000
381 130 231 1.000
382 130 270 1.000
383 130 272 1.000
384 131 142 1.000
385 131 146 1.000
386 131 149 1.000
387 131 151 1.000
388 132 152 1.000
389 132 154 1.000
390 132 195 1.000
391 132 274 1.000
392 133 138 1.000
393 133 139 1.000
394 133 151 1.000
395 133 153 1.000
396 133 180 1.000
397 133 191 1.000
398 134 135 1.000
399 134 153 1.000
400 134 154 1.000
401 134 170 1.000
402 134 172 1.000
403 135 137 1.000
404 135 138 1.000
405 136 180 1.000
406 136 183 1.000
407 137 140 1.000
408 137 141 1.000
409 138 141 1.000
410 138 142 1.000
411 139 151 1.000
412 139 180 1.000
413 139 183 1.000
414 139 184 1.000
415 139 187 1.000
416 139 189 1.000
417 142 146 1.000
418 142 149 1.000
419 142 151 1.000
420 142 189 1.000
421 143 144 1.000
422 143 187 1.000
423 143 189 1.000
424 144 145 1.000
425 145 146 1.000
426 146 147 1.000
427 146 149 1.000
428 147 148 1.000
429 148 188 1.000
430 149 151 1.000
431 150 190 1.000
432 150 192 1.000
433 151 189 1.000
434 151 191 1.000
435 152 192 1.000
436 152 195 1.000
437 152 231 1.000
438 152 233 1.000
439 153 155 1.000
440 153 172 1.000
441 153 177 1.000
442 153 180 1.000
443 153 181 1.000
444 153 191 1.000
445 153 194 1.000
446 153 218 1.000
447 153 229 1.000
448 154 170 1.000
449 154 195 1.000
450 154 197 1.000
451 155 174 1.000
452 155 177 1.000
453 155 194 1.000
454 155 196 1.000
455 155 214 1.000
456 155 215 1.000
457 155 218 1.000
458 157 196 1.000
459 157 198 1.000
460 157 207 1.000
461 157 211 1.000
462 169 170 1.000
463 172 176 1.000
464 172 177 1.000
465 172 180 1.000
466 173 175 1.000
467 173 176 1.000
468 174 214 1.000
469 174 217 1.000
470 174 218 1.000
471 174 221 1.000
472 175 176 1.000
473 176 177 1.000
474 177 181 1.000
475 177 218 1.000
476 177 221 1.000
477 178 182 1.000
478 178 221 1.000
479 178 224 1.000
480 178 225 1.000
481 179 183 1.000
482 180 183 1.000
483 181 191 1.000
484 181 218 1.000
485 181 221 1.000
486 181 222 1.000
487 181 225 1.000
488 181 227 1.000
489 181 229 1.000
490 182 185 1.000
491 182 225 1.000
492 184 189 1.000
493 184 191 1.000
494 184 227 1.000
495 185 225 1.000
496 185 227 1.000
497 187 189 1.000
498 189 191 1.000
499 190 192 1.000
500 190 227 1.000
501 191 227 1.000
502 191 229 1.000
503 192 230 1.000
504 192 231 1.000
505 194 215 1.000
506 194 218 1.000
507 194 219 1.000
508 194 229 1.000
509 194 232 1.000
510 195 233 1.000
511 195 274 1.000
512 196 198 1.000
513 196 208 1.000
514 196 211 1.000
515 196 212 1.000
516 196 215 1.000
517 196 232 1.000
518 196 234 1.000
519 197 274 1.000
520 198 202 1.000
521 198 207 1.000
522 198 208 1.000
523 198 211 1.000
524 200 277 1.000
525 200 332 1.000
526 202 204 1.000
527 202 207 1.000
528 204 205 1.000
529 204 207 1.000
530 205 246 1.000
531 205 250 1.000
532 205 251 1.000
533 205 254 1.000
534 206 209 1.000
535 208 238 1.000
536 208 251 1.000
537 208 255 1.000
538 209 254 1.000
539 209 258 1.000
540 210 213 1.000
541 210 214 1.000
542 212 232 1.000
543 212 234 1.000
544 212 258 1.000
545 212 259 1.000
546 212 262 1.000
547 212 263 1.000
548 213 214 1.000
549 213 217 1.000
550 213 262 1.000
551 215 232 1.000
552 215 263 1.000
553 216 219 1.000
554 216 220 1.000
555 216 262 1.000
556 216 263 1.000
557 216 264 1.000
558 217 218 1.000
559 218 221 1.000
560 218 229 1.000
561 219 220 1.000
562 219 229 1.000
563 219 232 1.000
564 219 263 1.000
565 219 269 1.000
566 222 227 1.000
567 222 229 1.000
568 224 225 1.000
569 225 227 1.000
570 227 229 1.000
571 230 231 1.000
572 230 270 1.000
573 231 233 1.000
574 231 270 1.000
575 231 272 1.000
576 232 234 1.000
577 232 259 1.000
578 232 263 1.000
579 232 269 1.000
580 232 271 1.000
581 233 272 1.000
582 233 274 1.000
583 234 238 1.000
584 234 255 1.000
585 234 259 1.000
586 234 271 1.000
587 234 273 1.000
588 238 239 1.000
589 238 248 1.000
590 238 251 1.000
591 238 255 1.000
592 238 273 1.000
593 238 275 1.000
594 238 278 1.000
595 239 244 1.000
596 239 248 1.000
597 239 251 1.000
598 241 242 1.000
599 241 243 1.000
600 241 244 1.000
601 241 281 1.000
602 241 385 1.000
603 242 243 1.000
604 242 337 1.000
605 242 384 1.000
606 242 385 1.000
607 243 335 1.000
608 243 337 1.000
609 244 246 1.000
610 245 246 1.000
611 246 250 1.000
612 246 251 1.000
613 247 248 1.000
614 247 249 1.000
615 247 250 1.000
616 248 249 1.000
617 248 252 1.000
618 248 278 1.000
619 249 252 1.000
620 251 252 1.000
621 251 255 1.000
622 252 253 1.000
623 252 256 1.000
624 253 254 1.000
625 255 256 1.000
626 255 259 1.000
627 256 257 1.000
628 256 259 1.000
629 258 262 1.000
630 259 260 1.000
631 259 263 1.000
632 259 271 1.000
633 261 262 1.000
634 262 263 1.000
635 263 264 1.000
636 263 269 1.000
637 263 271 1.000
638 264 266 1.000
639 264 267 1.000
640 265 266 1.000
641 266 267 1.000
642 267 269 1.000
643 269 271 1.000
644 270 272 1.000
645 273 275 1.000
646 274 275 1.000
647 275 278 1.000
648 275 279 1.000
649 277 281 1.000
650 277 332 1.000
651 277 388 1.000
652 277 389 1.000
653 278 279 1.000
654 279 280 1.000
655 280 388 1.000
656 281 388 1.000
657 282 385 1.000
658 283 284 1.000
659 284 386 1.000
660 284 391 1.000
661 284 405 1.000
662 284 407 1.000
663 285 382 1.000
664 285 384 1.000
665 286 288 1.000
666 286 320 1.000
667 286 325 1.000
668 286 326 1.000
669 286 383 1.000
670 286 386 1.000
671 286 403 1.000
672 287 380 1.000
673 287 382 1.000
674 288 318 1.000
675 288 319 1.000
676 288 320 1.000
677 288 326 1.000
678 288 381 1.000
679 288 383 1.000
680 289 291 1.000
681 289 319 1.000
682 289 380 1.000
683 290 293 1.000
684 290 316 1.000
685 290 318 1.000
686 290 375 1.000
687 290 377 1.000
688 290 379 1.000
689 290 381 1.000
690 291 292 1.000
691 291 317 1.000
692 291 319 1.000
693 291 358 1.000
694 292 317 1.000
695 293 295 1.000
696 293 314 1.000
697 293 316 1.000
698 293 374 1.000
699 293 376 1.000
700 293 377 1.000
701 294 315 1.000
702 294 317 1.000
703 295 297 1.000
704 295 314 1.000
705 296 313 1.000
706 296 315 1.000
707 297 311 1.000
708 297 312 1.000
709 311 312 1.000
710 311 314 1.000
711 311 351 1.000
712 312 313 1.000
713 313 352 1.000
714 314 316 1.000
715 314 351 1.000
716 314 353 1.000
717 314 374 1.000
718 315 317 1.000
719 315 354 1.000
720 315 356 1.000
721 316 353 1.000
722 316 355 1.000
723 316 372 1.000
724 316 374 1.000
725 316 375 1.000
726 316 381 1.000
727 317 356 1.000
728 318 319 1.000
729 318 355 1.000
730 318 366 1.000
731 318 381 1.000
732 319 358 1.000
733 320 325 1.000
734 320 326 1.000
735 320 403 1.000
736 322 323 1.000
737 322 326 1.000
738 322 329 1.000
739 322 330 1.000
740 322 364 1.000
741 322 366 1.000
742 323 359 1.000
743 323 361 1.000
744 323 364 1.000
745 323 395 1.000
746 323 397 1.000
747 325 326 1.000
748 325 386 1.000
749 325 390 1.000
750 325 391 1.000
751 325 403 1.000
752 326 328 1.000
753 326 329 1.000
754 326 336 1.000
755 326 366 1.000
756 326 383 1.000
757 326 386 1.000
758 327 328 1.000
759 327 331 1.000
760 327 393 1.000
761 327 394 1.000
762 328 329 1.000
763 328 332 1.000
764 328 334 1.000
765 328 336 1.000
766 328 386 1.000
767 328 390 1.000
768 329 330 1.000
769 329 336 1.000
770 329 366 1.000
771 330 331 1.000
772 331 393 1.000
773 332 334 1.000
774 332 389 1.000
775 334 336 1.000
776 336 366 1.000
777 336 367 1.000
778 336 383 1.000
779 336 386 1.000
780 337 339 1.000
781 337 385 1.000
782 338 355 1.000
783 338 367 1.000
784 338 381 1.000
785 338 383 1.000
786 339 382 1.000
787 339 384 1.000
788 340 342 1.000
789 340 372 1.000
790 340 373 1.000
791 340 375 1.000
792 341 342 1.000
793 341 380 1.000
794 341 382 1.000
795 342 344 1.000
796 342 345 1.000
797 342 348 1.000
798 342 373 1.000
799 343 344 1.000
800 343 346 1.000
801 344 348 1.000
802 345 346 1.000
803 345 348 1.000
804 346 347 1.000
805 348 350 1.000
806 348 373 1.000
807 349 351 1.000
808 350 371 1.000
809 350 373 1.000
810 351 353 1.000
811 351 374 1.000
812 352 369 1.000
813 352 371 1.000
814 353 370 1.000
815 353 372 1.000
816 354 356 1.000
817 355 366 1.000
818 355 367 1.000
819 355 370 1.000
820 355 372 1.000
821 355 381 1.000
822 355 383 1.000
823 356 365 1.000
824 358 359 1.000
825 358 364 1.000
826 358 400 1.000
827 359 361 1.000
828 359 364 1.000
829 359 397 1.000
830 359 398 1.000
831 359 400 1.000
832 360 398 1.000
833 361 363 1.000
834 361 364 1.000
835 361 397 1.000
836 364 366 1.000
837 365 368 1.000
838 366 367 1.000
839 366 383 1.000
840 367 370 1.000
841 367 383 1.000
842 368 369 1.000
843 370 372 1.000
844 372 373 1.000
845 372 375 1.000
846 372 381 1.000
847 374 376 1.000
848 375 379 1.000
849 375 381 1.000
850 376 379 1.000
851 381 383 1.000
852 383 386 1.000
853 384 385 1.000
854 386 390 1.000
855 388 389 1.000
856 390 391 1.000
857 391 392 1.000
858 391 405 1.000
859 392 393 1.000
860 394 402 1.000
861 395 397 1.000
862 396 401 1.000
863 396 402 1.000
864 397 398 1.000
865 398 400 1.000
866 402 403 1.000
867 404 406 1.000
868 405 407 1.000
869 409 413 1.000
870 409 414 1.000
871 409 417 1.000
872 410 412 1.000
873 410 413 1.000
874 411 412 1.000
875 411 414 1.000
876 411 415 1.000
877 412 413 1.000
878 413 416 1.000
879 414 415 1.000
880 414 417 1.000