1) Créer un compte sur bioinformatics.org
Apparemment, c'est déja fait.
Pour se servir de ton acces developpeur:
- "Project Homepage" designe notre site une fois qu'il sera la. J'essayerai d'en faire une premiere version quand j'aurais le temps.
- "Public Forums" designe des forums de discussion ou on peut parler du developpement du projet. Bon, je sais pas trop ce qu'on va en faire pour le moment. Ca serait bien qu'on ait un endroit ou discuter de la redaction etc, mais je pense que ca serait peut-etre mieux avec une liste de diffusion par e-mail une fois que ca marchera ce truc la. Pour le moment, on en a pas besoin.
- "Bug Tracking": pourra etre tres utile. Bon, c pas la meme chose pour un petit groupe comme nous, mais on pourra y stoquer les problemes qu'on sait qui existent dans nos fichiers etc, et qui attendent d'etre resolu par qqun (t'as qu'a le tester un peu si tu veux, pour voir comment ca marche)
- "Mailing Lists": Les listed de diffusions; tu peux y aller pour voir les archives de nos listes de diffusion (juste oeil-couleur-cvs@bioinformatics.org pour le moment, t'as qu'a essayer de t'y inscrire si tu veux). Normalement, quand tout marche, j'ajouterai une autre liste pour notre discussion pour le developpement etc, et une troisieme pour les gens qui voudraient eventuellement nous contacter (pas sur qu'il y en aie, mais bon, qui sait?).
- "Public surveys": pour faire des sondages. Ne nous sert pas a grand chose.
- "CVS Repository": aaah, le plus important. Tu peux y aller, comme je te l'ai montre, pour avoir plein d'infos sur nos fichiers.
- "Anonymous FTP space": le serveur FTP. sert pas a grand chose non plus.
- "File Releases"(a droite): on verra bien ce qu'on fera avec; quand on aura des versions du dossier assez utilisables, on pourra toujours les publier la si on veut. On verra bien.
- "News": tu peux ecrire des infos la dedans, fais juste "Submit news". T'as qu'a l'utiliser la pour marquer que tu t'es fait un compte et tout. Just un truc: si tu crois pas que ca soit trop interessant pour tout le monde, deselectionnes le "Submit this news item to BiO news as well".
2) CVS et SSH
Alors, presentation des acteurs:
CVS est le Concurrent Versioning System: en gros, c'est l'interface sur ton ordi a ce que t'as vu dans le "CVS repository". Tu devras l'utiliser a chaque fois que tu modifies un fichier.
SSH: Secure SHell, c un programme pour acceder a la ligne de commande sur l'ordinateur distant (un ordi Linux). T'auras pas a l'utiliser directement, mais il est utilise par CVS pour avoir une connection securisee (cryptee) pour le transfert des donnees et mots de passe.
Alors, en premier il faut les telecharger. Tiens, une bonne utilite pour pour le "Anonymous FTP space". Je les ai mis sur le serveur! Bon alors tu telecharges ftp://bioinformatics.org/pub/oeil-couleur/ssh-1.2.14-win32bin.zip et ftp://bioinformatics.org/pub/oeil-couleur/cvs-1.11-win-full.zip . Ok??
- Apres tu les dezippes.
- Tu crees le dossier C:\usr\local\bin et copies tout ce que tu as dezippe vers ce dossier.
- Maintenant il faut editer autoexec.bat. Alors vas dans C:\, cliques avec le bouton droit sur Autoexec.bat, et fais Editer. T'auras bloc-notes. Vas a la derniere ligne, vas a la ligne si c necessaire, puis ajoutes les lignes suivantes:
SET PATH=C:\usr\local\bin;%PATH%
SET HOME=C:\users\Haiba
SET CVSROOT=:ext:Haiba@bioinformatics.org:/cvsroot
SET USERNAME=Haiba
SET HOMEDRIVE=c:
SET HOMEPATH=\users\Haiba
SET CVS_RSH=ssh
- Crees le dossier C:\users\Haiba. Je sais pas si c vraiment necessaire, mais bon on sait jamais.
- Redemarre
- Testes ton installation en allant sur Start -> programmes -> Commandes MS-DOS (ou un truc du genre). Les commandes MS-DOS t'en auras bcp besoin a partir de maintenant. Quand t'y es, tu peux utiliser la commande "cd" pour aller au dossier que tu veux (par exemple, "cd C:\users\Haiba" sans les guillemets). Bon maintenant pour tester, vas dans le dossier dans lequel tu veux mettre les fichiers, et tapes:
cvs -d:ext:Haiba@bioinformatics.org:/cvsroot checkout oeil-couleur
puis tu tapes ton mot de passe (il te le demandera a chaque fois, alors ne l'oublies pas.. lol).
Normalement ca devrait marcher, et dans ton dossier tu devrais avoir un nouveau dossier intitule "oeil-couleur" avec un dossier "Cvs" et un dossier "dossier" dedans. ne touches pas au dossier Cvs, il es juste la pour le programme cvs.
Bon, je t'apprendrai comment utiliser CVS dans la partie 4.
3) Apprendre Docbook.
Bon, t'as deja lu un article dessus, alors ca devrait aller assez vite.
En gros, chaque fichier qu'on crée ne sera pas un fichier docbook, just une section. Puis apres on pourra mettre tout ensemble pour former un "book" complet, avec toutes les sections.
Tout ca c'est bien beau, mais en gros ca veut dire que pour chaque partie, t'auras une structure comme celle-ci:
Le titre
Paragraphe 1
Paragraphe 2
Bon les retours a ligne sont optionnels, tu pourrais tres bien tout ecrire sur une ligne, mais ca serait pas tres beau. Ce qu'il ne faut pas oublier, c'est que cela veut dire que si tu vas a la ligne a l'interieur d'un , ca ne changera strictement rien, ca viendra comme un espace. Alors l'info doit etre bien delimite en paragraphes.
Voila. Bon ca c vraiment le cas le plus simple. Un truc de plsu que je crois que tu vas utiliser: les listes. Alors t'en as un exemple dans retine.sgml:
Premier point
Deuxieme point
Voila a peu pres ce que ca donne. Y a probablement des options tres compliquees et tout, mais pour le moment ca nous suffit tout ca.
Quand t'as ecrit ton document en Docbook, tu le sauvegardes dans le dossier oeil-couleur/dossier, comme .sgml ou est le nom de ta partie (raccourci bien sur). Fais bien attention a ce que ca soit bien sauvegarde comme .sgml et rien d'autre, Bloc-Notes jouera facilement des jeux avec tout autre format que txt, donc fais gaffe. vas voir ton dossier, et si ca apparait comme un fichier texte, il faut changer le nom en enlevant le .txt (d'ailleurs, si t'as windows 98, il cache d'habitude l'extension des fichiers. Dans Windows Explorer, vas dans "View" -> Folder Options... (son equivalent en francais, je sais pas ce que c'est, ce sont respectivement le 3e menu en partant de la gauche et le dernier de la liste), puis vas sur "View" (encore une fois, 2e barre en haut, celle du milieu quoi) La dedans t'as plein d'options: fais bien attention a ce que "Cacher les extensions des fichiers pour des types de fichiers connus" ne soit pas coche.
Bon, alors.. oui, pour ouvrir les fichiers .sgml.. t'auras une fenetre qui s'ouvrira pour selectionner le programme que tu veux utiliser; prends Wordpad ou Notepad ou celui que tu preferes.
4) Se servir de CVS.
Alors, maintenant t'as ecrit ton fichier dans CVS, c genial, bla bla bla. Bon 1ere precaution: avant de commencer a editer un fichier, fasse attention a ce que personne d'autre n'ai fait de changements avant toi, sinon ca risque d'etre la merde. alors, regle numero 1, avant tout changement d'un fichier, vas dans les commandes MS-DOS, dan ton fichier oeil-couleur, et fais
cvs update
en mettant ton mot de passe bien sur.
Voila, alors, maintenant, pour les nouveaux fichiers. (du genre ta partie I a). Tu dois avant tout ajouter ce fichier a la base de donnees. Alors, supposon que t'as un fichier oeil.sgml dans le dossier "oeil-couleur\dossier", tu fais:
cvs add dossier/oeil.sgml
puis
cvs commit
(bloc notes s'ouvrira, et tu dois mettre un commentaire; ca c'est pour dire a tout le monde ce que t'as fait comme changement pour ce "cvs commit"; mets un truc du genre "premiere version de oeil.sgml", puis sauvegardes, et quittes bloc-notes. Le commit continuera alors.)
cvs commit, tu l'utiliseras souvent. En fait, a chaque fois que tu fais des cvs add, ou que tu modifies des fichiers, les donnees ne sont pas finalisees avant que tu fasses un cvs commit, qui va tout ecrire a la bsae de donnees publique.
Maintenant, t'as un changement a faire a oeil.sgml. Comme je l'ai dit plus tot, tu fais bien un "cvs update" avant tout, pour t'assurer de la validite du document. Apres ca, tu peux modifier comme tu veux. Quand t'as fini, tu fais juste
cvs commit
tu mets ton mot de passe, ton message de modification (du genre "rectification de ca et ca etc.."), et ca sera modifie.
Voila, c'est a peu pres tout pour CVS. Si t'as des questions, n'haesites pas a les poser. tu peux aussi essayer de te trouver un guide sur CVS en Francais, tu devrais pouvoir en trouver meme s'ils s'appliquent surtout a Linux a mon avis.
5) Jade - ou comment convertir Docbook en HTML.
En premier: installer le DTD de Docbook:
- Le telecharger sur http://www.oasis-open.org/docbook/sgml/4.1/docbk41.zip
- Le dezipper vers C:\sgml\docbk41
-Telecharger http://www.oasis-open.org/cover/ISOEnts.zip et le dezipper vers C:\sgml\entities\8879
- Copier C:\sgml\docbk41\docbook.cat vers C:\sgml et lui donner le nom "catalog"
- L'ouvrir avec bloc-notes et faire les modifications suivantes:
A chaque fois il y a qqch de la forme
DTDDECL ou PUBLIC "...." "...."
Le dernier "...." c le nom du fichier.
Alors la, pour tout les DTDDECL et PUBLIC jusque la ou c marque "ISO entity sets", faut mettre docbk41/ devant le nom du fichier. Pour le reste(les "ISO Entity sets", tu mets ca comme ca:
PUBLIC "ISO 8879:1986//ENTITIES Diacritical Marks//EN" "entities/8879/ISOdia"
PUBLIC "ISO 8879:1986//ENTITIES Numeric and Special Graphic//EN" "entities/8879/ISOnum"
PUBLIC "ISO 8879:1986//ENTITIES Publishing//EN" "entities/8879/ISOpub"
PUBLIC "ISO 8879:1986//ENTITIES General Technical//EN" "entities/8879/ISOtech"
PUBLIC "ISO 8879:1986//ENTITIES Added Latin 1//EN" "entities/8879/ISOlat1"
PUBLIC "ISO 8879:1986//ENTITIES Added Latin 2//EN" "entities/8879/ISOlat2"
PUBLIC "ISO 8879:1986//ENTITIES Greek Letters//EN" "entities/8879/ISOgrk1"
PUBLIC "ISO 8879:1986//ENTITIES Monotoniko Greek//EN" "entities/8879/ISOgrk2"
PUBLIC "ISO 8879:1986//ENTITIES Greek Symbols//EN" "entities/8879/ISOgrk3"
PUBLIC "ISO 8879:1986//ENTITIES Alternative Greek Symbols//EN" "entities/8879/ISOgrk4"
PUBLIC "ISO 8879:1986//ENTITIES Added Math Symbols: Arrow Relations//EN" "entities/8879/ISOamsa"
PUBLIC "ISO 8879:1986//ENTITIES Added Math Symbols: Binary Operators//EN" "entities/8879/ISOamsb"
PUBLIC "ISO 8879:1986//ENTITIES Added Math Symbols: Delimiters//EN" "entities/8879/ISOamsc"
PUBLIC "ISO 8879:1986//ENTITIES Added Math Symbols: Negated Relations//EN" "entities/8879/ISOamsn"
PUBLIC "ISO 8879:1986//ENTITIES Added Math Symbols: Ordinary//EN" "entities/8879/ISOamso"
PUBLIC "ISO 8879:1986//ENTITIES Added Math Symbols: Relations//EN" "entities/8879/ISOamsr"
PUBLIC "ISO 8879:1986//ENTITIES Box and Line Drawing//EN" "entities/8879/ISObox"
PUBLIC "ISO 8879:1986//ENTITIES Russian Cyrillic//EN" "entities/8879/ISOcyr1"
PUBLIC "ISO 8879:1986//ENTITIES Non-Russian Cyrillic//EN" "entities/8879/ISOcyr2"
(je t'ai tout recopie, parce qu'il faut changer les noms des fichiers aussi)
Maintenant, il faut encore modifier ton autoexec.bat. Alors tu vas l'Editer, et sur la ligne "SET PATH" que t'avais mise avant, t'ajoutes C:\jade; avant C:\usr\local\bin;%PATH% pour donner "SET PATH=C:\jade;C:\usr\local\bin;%PATH%". En plus t'ajoutes encore une ligne:
SET SGML_CATALOG_FILES=C:/sgml/catalog;C:/jade/catalog
Derniere note sur Jade: quand tu seras amene a l'utiliser, il produira des erreurs sans aret sur un probleme DTDDECL. Ces erreurs sont chiantes, mais ne sont pas graves, ca ne change rien. Alors ignores les.
- Derniere partie: telecharges http://prdownloads.sourceforge.net/docbook/docbook-dsssl-1.73.zip et dezippes le vers C:\sgml\docbook-dsssl
Bon, pour le moment, c'est tout. J'ajouterai une partie sur comment bien convertir nos fichiers des que je l'aurais fait moi-meme.
Bonne chance!
Et n'hesites pas a me poser des questions au cas ou t'en aurais.