
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">

<HTML>

<HEAD>

<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">

<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 5.5.2653.12">

<TITLE>custom blast server</TITLE>

</HEAD>

<BODY>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Hello All,</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">   I am creating a biological database for an application that I am working on. The database contains cDNA and AA sequences among other things. My application needs to perform a BLAST search on sequences in my database only. I would like to create my own custom BLAST server that performs BLAST searches on my PostgreSQL database. I planned on writing my own threading BLAST server in Java but I was wondering if anyone know of some tools, Classes, or libraries that would perform a BLAST on sequences in a PostgreSQL DB. Any language is welcome. If there is something close that is open-source I could modify the source to make it work I guess. Thanks.</FONT></P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">- Joel</FONT>

</P>


</BODY>

</HTML>