<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">
<TITLE>Bericht</TITLE>

<META content="MSHTML 6.00.2800.1141" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face="News Gothic" color=#0000ff size=2><SPAN 
class=230212406-02042003>Dear all,</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face="News Gothic" color=#0000ff size=2><SPAN 
class=230212406-02042003></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face="News Gothic" color=#0000ff size=2><SPAN 
class=230212406-02042003>thanks for the quick replies and help with the fasta 
conversion problem. I already started fiddling around in perl to convert the 
fasta files into files acceptable to tgicl for EST assembly. </SPAN></FONT><FONT 
face="News Gothic" color=#0000ff size=2><SPAN class=230212406-02042003>But Eitan 
provided the most simpel solution in his one line perl 'script' that exactly did 
what I needed. BIG THANKS.&nbsp;The script just gets rid of all stuff after the 
filename (as long as no spaces are in the filename) and preserves all sequence 
or quality info behind it. </SPAN></FONT><FONT face="News Gothic" color=#0000ff 
size=2><SPAN class=230212406-02042003>His solution is below.</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face="News Gothic" color=#0000ff size=2><SPAN 
class=230212406-02042003></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face="News Gothic" color=#0000ff size=2><SPAN 
class=230212406-02042003>I still don't get why tgicl does't accept files in 
allowed fastA format. But I don't bother anymore. My EST assembly is one step 
further.</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face="News Gothic" color=#0000ff size=2><SPAN 
class=230212406-02042003></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face="News Gothic" color=#0000ff size=2><SPAN 
class=230212406-02042003>Thanks again to all people sending me perl 
solutions!</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face="News Gothic" color=#0000ff size=2><SPAN 
class=230212406-02042003></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face="News Gothic" color=#0000ff size=2><SPAN 
class=230212406-02042003>Alex</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face="News Gothic" color=#0000ff size=2><SPAN 
class=230212406-02042003></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face="News Gothic" color=#0000ff size=2><SPAN 
class=230212406-02042003></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV></DIV>
<DIV class=OutlookMessageHeader lang=nl dir=ltr align=left><FONT face=Tahoma 
size=2>-----Oorspronkelijk bericht-----<BR><B>Van:</B> Eitan Rubin 
[mailto:Eitan.Rubin@weizmann.ac.il] <BR><B>Verzonden:</B> dinsdag 1 april 2003 
20:28<BR><B>Aan:</B> A.Bossers@ID.DLO.NL<BR><B>Onderwerp:</B> Fasta 
convertion<BR><BR></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Hi,</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp; If I am not mistaken, you question is "how 
do I convert format A below to format B". If this indeed what you need, the 
following should do the trick:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>perl -pe 's/^&gt;(\S+).*/&gt;$1/;' old_format_file 
&gt; new_format_file</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Format A:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>==========</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>&gt;seqname1 some text with spaces</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>ACGTAGACTGACT..</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>&gt;seqname2 some other text etc</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>ACGATCGATAGCT</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Format B:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>========</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>
<DIV><FONT face=Arial size=2>&gt;seqname1</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>ACGTAGACTGACT..</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>&gt;seqname2</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>ACGATCGATAGCT</FONT></DIV></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp; Eitan</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial 
size=2>------------------------------------------------------------------------<BR>Eitan 
Rubin, PhD<BR>Head of Bioinformatics and Biological Computing<BR>Dept. 
Biological Services<BR>Weizmann Institute of Science<BR>Tel: 
+972-8-9343456<BR>Fax: +972-8-9346006</FONT></DIV></BODY></HTML>