<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">
<TITLE>Bericht</TITLE>

<META content="MSHTML 6.00.2800.1141" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face="News Gothic" color=#0000ff size=2><SPAN 
class=230212406-02042003>Dear all,</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face="News Gothic" color=#0000ff size=2><SPAN 
class=230212406-02042003></SPAN></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face="News Gothic" color=#0000ff size=2><SPAN 
class=230212406-02042003>thanks for the quick replies and help with the fasta 
conversion problem. I already started fiddling around in perl to convert the 
fasta files into files acceptable to tgicl for EST assembly. </SPAN></FONT><FONT 
face="News Gothic" color=#0000ff size=2><SPAN class=230212406-02042003>But Eitan 
provided the most simpel solution in his one line perl 'script' that exactly did 
what I needed. BIG THANKS. The script just gets rid of all stuff after the 
filename (as long as no spaces are in the filename) and preserves all sequence 
or quality info behind it. </SPAN></FONT><FONT face="News Gothic" color=#0000ff 
size=2><SPAN class=230212406-02042003>His solution is below.</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face="News Gothic" color=#0000ff size=2><SPAN 
class=230212406-02042003></SPAN></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face="News Gothic" color=#0000ff size=2><SPAN 
class=230212406-02042003>I still don't get why tgicl does't accept files in 
allowed fastA format. But I don't bother anymore. My EST assembly is one step 
further.</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face="News Gothic" color=#0000ff size=2><SPAN 
class=230212406-02042003></SPAN></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face="News Gothic" color=#0000ff size=2><SPAN 
class=230212406-02042003>Thanks again to all people sending me perl 
solutions!</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face="News Gothic" color=#0000ff size=2><SPAN 
class=230212406-02042003></SPAN></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face="News Gothic" color=#0000ff size=2><SPAN 
class=230212406-02042003>Alex</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face="News Gothic" color=#0000ff size=2><SPAN 
class=230212406-02042003></SPAN></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face="News Gothic" color=#0000ff size=2><SPAN 
class=230212406-02042003></SPAN></FONT> </DIV>
<DIV></DIV>
<DIV class=OutlookMessageHeader lang=nl dir=ltr align=left><FONT face=Tahoma 
size=2>-----Oorspronkelijk bericht-----<BR><B>Van:</B> Eitan Rubin 
[mailto:Eitan.Rubin@weizmann.ac.il] <BR><B>Verzonden:</B> dinsdag 1 april 2003 
20:28<BR><B>Aan:</B> A.Bossers@ID.DLO.NL<BR><B>Onderwerp:</B> Fasta 
convertion<BR><BR></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Hi,</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>  If I am not mistaken, you question is "how 
do I convert format A below to format B". If this indeed what you need, the 
following should do the trick:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>perl -pe 's/^>(\S+).*/>$1/;' old_format_file 
> new_format_file</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Format A:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>==========</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>>seqname1 some text with spaces</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>ACGTAGACTGACT..</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>>seqname2 some other text etc</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>ACGATCGATAGCT</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Format B:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>========</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>
<DIV><FONT face=Arial size=2>>seqname1</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>ACGTAGACTGACT..</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>>seqname2</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>ACGATCGATAGCT</FONT></DIV></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>  Eitan</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial 
size=2>------------------------------------------------------------------------<BR>Eitan 
Rubin, PhD<BR>Head of Bioinformatics and Biological Computing<BR>Dept. 
Biological Services<BR>Weizmann Institute of Science<BR>Tel: 
+972-8-9343456<BR>Fax: +972-8-9346006</FONT></DIV></BODY></HTML>