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<TITLE>RE: [BiO BB] About clustering genes to gene family</TITLE>
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<BODY>

<P><FONT SIZE=2>Carol,</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>  This site may provide some useful information for you:</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2><A HREF="http://pbil.univ-lyon1.fr/databases/hovergen.html" TARGET="_blank">http://pbil.univ-lyon1.fr/databases/hovergen.html</A></FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2>Joel Dudley</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>Faculty Research Associate</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>Arizona State University</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>Center for Evolutionary and Functional Genomics</FONT>
<BR><FONT SIZE=2><A HREF="http://lsweb.la.asu.edu/skumar/" TARGET="_blank">http://lsweb.la.asu.edu/skumar/</A></FONT>
</P>
<BR>

<P><FONT SIZE=2>-----Original Message-----</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>From: Zheng Fu [<A HREF="mailto:zfu@cs.ucr.edu">mailto:zfu@cs.ucr.edu</A>]</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>Sent: Thursday, August 07, 2003 10:38 AM</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>To: bio_bulletin_board@bioinformatics.org</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>Subject: [BiO BB] About clustering genes to gene family</FONT>
</P>
<BR>

<P><FONT SIZE=2>Hi everyone,</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2>Does anyone know how to clustering genes to a gene family based on the</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>sequence alignments.</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>For two genes, we can define a threshold to seperate the homolog and</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>non-homolog. But for three or more genes,how to define the homologs?(Such</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>as Gene A and Gene B has high alignment score, A and C also has high sore,</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>but B and C doesn't have high socre, can we say ABC are homologs?</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2>Thank you.</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2>Carol</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2>-- </FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2>_______________________________________________</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>BiO_Bulletin_Board maillist  -  BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org</FONT>
<BR><FONT SIZE=2><A HREF="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board" TARGET="_blank">https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board</A></FONT>
</P>

</BODY>
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