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<DIV><FONT face=Arial size=2>
<DIV><FONT face=Arial size=2>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Hola a todos,</FONT></DIV>
<DIV> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Estamos intentando hacer un programa en C que
calcule la energia de una molecula a partir de las (coordenadas cartesianas
X,Y,Z) de los átomos que la componen. Para ello tenemos
como datos de partida cada atomo y sus coordenadas en el espacio.
Hemos pensado realizar la aplicacion con los Universal Force Fields
(UFF) descritos por Rappé.</FONT><FONT face=Arial size=2> A partir de los
datos de energía calculados se le aplicará algoritmos de
minimización de energía basada en gradientes conjugados.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>No tengo tanta experiencia en programacion en C
como para tener claro como abordar todos los aspectos computacionales. Tengo
dudas sobre todo en qué tipo de estructuras de datos utilizar en la aplicación
(debe correr rápido y eficientemetne). He estado ojeando programas para
sacar ideas de como empezar (como Gromacs) pero los que he encontrado
que realizan aproximaciones con UFF son de pago o no te dan el
codigo fuente.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>¿Alguien sabe donde puedo encontrar algoritmos que
utilicen las Universal Force Fields o algo parecido?</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>El programa sólo sabra de átomos y
coordenadas asi que tendra que determinar qué atomos estan unidos
entre si analizando sus distancias ¿conoceis algun algoritmo que haga esto de
forma eficiente?</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>¿Que tipo de estructura de datos creeis que es más
apropiadas para manejar? </FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>¿Alguna sugerencia de como abordar el problema
antes de empezar?</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>¿Algún programa donde echar un ojo?</FONT></DIV>
<DIV> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Gracias de antemano!</FONT></DIV>
<DIV> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Miguel</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>
</FONT></DIV></FONT></DIV></FONT></DIV></BODY></HTML>