<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<META content="MSHTML 5.50.4134.600" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>It seems that SRS (sequence retrieval system) is 
still not very well known on the other side of the Atlantic. ;-)</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>It is for free (up to version 7 I believe, for 
Academic users) and is still one of the best solutions for these things (instead 
of starting to hack around with Perl again).</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>SRS does it all and you can even install 
Blast,&nbsp;ClustalW within SRS if you're a little more 
experienced.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Have a look at&nbsp; <A 
href="http://srs.ebi.ac.uk">srs.ebi.ac.uk</A></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>You'll find some more related stuff ad you can 
download all info and binaries from their FTP site. Be aware thta you'll need a 
little experience to administrate the application. But you'll succeed pretty 
quick.</FONT></DIV>
<BLOCKQUOTE 
style="PADDING-RIGHT: 0px; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #000000 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px">
  <DIV style="FONT: 10pt arial">----- Original Message ----- </DIV>
  <DIV 
  style="BACKGROUND: #e4e4e4; FONT: 10pt arial; font-color: black"><B>From:</B> 
  <A title=bio_bulletin_board-request@bioinformatics.org 
  href="mailto:bio_bulletin_board-request@bioinformatics.org">bio_bulletin_board-request@bioinformatics.org</A> 
  </DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>To:</B> <A 
  title=bio_bulletin_board@bioinformatics.org 
  href="mailto:bio_bulletin_board@bioinformatics.org">bio_bulletin_board@bioinformatics.org</A> 
  </DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Sent:</B> Friday, December 19, 2003 6:01 
  PM</DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Subject:</B> BiO_Bulletin_Board digest, Vol 1 
  #590 - 3 msgs</DIV><BR>Date: Thu, 18 Dec 2003 12:53:51 -0800 (PST)<BR>From: 
  jordan swanson &lt;<A 
  href="mailto:jordanmswanson@yahoo.com">jordanmswanson@yahoo.com</A>&gt;<BR>Subject: 
  Re: [BiO BB] Is it possible to Blast against genBank files<BR>To: <A 
  href="mailto:bio_bulletin_board@bioinformatics.org">bio_bulletin_board@bioinformatics.org</A><BR>Reply-To: 
  <A 
  href="mailto:bio_bulletin_board@bioinformatics.org">bio_bulletin_board@bioinformatics.org</A><BR><BR>&gt; 
  You mean that the BLAST results only have the Fasta<BR>&gt; file annotation in 
  <BR>&gt; them. Well, AFAIK, the only input to formatdb is<BR>&gt; Fasta or 
  ASN.1. The <BR>&gt; output, anyhow, would be a one-liner.<BR>&gt; <BR>&gt; How 
  about giving her the output in HTML (-T option)?<BR>&gt; blast automatically 
  <BR>&gt; builds a link from each hit to the NCBI page. So<BR>&gt; using a 
  browser, your <BR>&gt; coworker can skim the one-line annotation, and 
  then<BR>&gt; click &amp; delve into <BR>&gt; the more interesting 
  ones.<BR><BR>We did try that, however with the large number of<BR>sequences 
  she needed to look up, she was black-listed<BR>from their machine.&nbsp; We 
  need to find the full GenBank<BR>entry given a particular identifier, 
  unfortunately the<BR>easiest way I've found so far seems to be the 
  Entrez<BR>system, and that appears to not be possible to<BR>download.&nbsp; Is 
  there another way to get the full<BR>genbank entry given the 
  identifier?<BR><BR>---<BR>Jordan 
  Swanson<BR><BR>__________________________________<BR></BLOCKQUOTE></BODY></HTML>