<P>
Hello everybody,<BR>
         I am working with secondary structure alignments. In order to optimize the gap penalties for the alignment of secondary structure strings with dynamic programming mehtod, I am using the following method.<BR>
      1. Selecting of N number of pairs of proteins(each pair is a set of two structurally similar / sequence similarity: 70<%id<100) ).<BR>
      2. secondary structure generation of the chains per pair.<BR>
      3. Running the alignments of each pair with N combinations of gap penalties.(structure specific).<BR>
      4. At wchich combination various proteins give highest structure alignment(sst aligns) with the paired one than with the others(low scores), that combination can be selected.<BR>
queries:::<BR>
-----------<BR>
 00) I am trying to select the similar pairs from FSSP table given by DALI. (TABLE2.html). In this pairs given in table I wanted to select the unique pairs based on a criteria (rmsd,%Id).. <BR>
      CAN I SELECT A PAIR WITH SEQ %ID: 70<%ID<100? WHAT SHOULD BE THE VALUE OF RMSD?<BR>
 (01) ANY IMPROVEMENTS TO THE METHOD I AM THINKING?<BR>
<BR>
 (01)ANY OTHER METHODLOGY TO OPTIMISE THE GAP PENALTIES FOR SECONDARY STRUCTURE ALIGNMENT?<BR>
<BR>
<BR>
Thank you all for the co operation.<BR>
<BR>
Regards.<BR>
P.Sravana Kumar.<BR>
 <BR>

</P>
<br><br>
<A target="_blank" HREF="http://clients.rediff.com/signature/track_sig.asp"><IMG SRC="http://ads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.cgi/www.rediffmail.com/inbox.htm@Bottom" BORDER=0 VSPACE=0 HSPACE=0 HEIGHT=74 WIDTH=496></a>