<BR><BR><B><I>bio_bulletin_board@bioinformatics.org</B></I> wrote:<BR><BR>
<BLOCKQUOTE style="BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid; MARGIN-LEFT: 5px; PADDING-LEFT: 5px"><BR>When replying, PLEASE edit your Subject line so it is more specific<BR>than "Re: BiO_Bulletin_Board digest, Vol..." And, PLEASE delete any<BR>unrelated text from the body.<BR><BR><BR>Today's Topics:<BR><BR>1. Re: [Fwd: Small Genome Similarity] (Martin Gollery)<BR><BR>--__--__--<BR><BR>Message: 1<BR>Date: Wed, 18 Feb 2004 16:45:52 -0800<BR>From: Martin Gollery <MGOLLERY@UNR.EDU><BR>To: bio_bulletin_board@bioinformatics.org<BR>Cc: t.fiedler@umiami.edu<BR>Subject: Re: [BiO BB] [Fwd: Small Genome Similarity]<BR>Reply-To: bio_bulletin_board@bioinformatics.org<BR><BR>Tristan,<BR><BR>Try going to Blosum30 for the matrix, and lower the open and extend gap <BR>penalties, and lower the reporting threshold. Use the mito codons. If you still <BR>don't get hits, switch from BLAST to Smith-Waterman, or use Interproscan to <BR>compare it to several signature databases.<BR><BR>Marty<BR><BR>Quoting "J.
 W!
. Bizzaro" <JEFF@BIOINFORMATICS.ORG>:<BR><BR>>I am looking at a novel 2.4 KB viral genome and want to see if anything <BR>>homologous is known. <BR>><BR>>Have tried blastn,blastx variants but nothing comes up (possibly due to <BR>>frame or simply divergence). <BR>><BR>>This beastie may replicate in the mitochondria of vertebrates so <BR>>translations may need to use mito not nuclear codons. <BR>><BR>>Please let me know if you have any suggestions or experience looking at <BR>>similar sequences. <BR>><BR>>Thank you, <BR>><BR>>Tristan <BR><BR><BR><BR><BR>Martin Gollery<BR>Associate Director<BR>Center For Bioinformatics<BR>University of Nevada at Reno<BR>Dept. of Biochemistry / MS330<BR>775-784-7042<BR><BR><BR>-------------------------------------------------<BR>This mail sent through https://webmail.unr.edu<BR><BR><BR><BR>--__--__--<BR><BR>_______________________________________________<BR>BiO_Bulletin_Board maillist - BiO_Bulletin_B
 !
oard@bioinformatics.org<BR>https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board<BR><BR><BR>End of BiO_Bulletin_Board Digest</BLOCKQUOTE><BR><hr><font face="Arial" size="2">Indiatimes Email now powered by <b>APIC Advantage</b>. <a href="http://email.indiatimes.com/apic/">Help!</a> </font><br><DIV align=left><a target="_blank" href="http://imaround.indiatimes.com/IMaround/presencefr.mss?userid=hk_soni2003" ><IMG alt="My Presence" border=0 src="http://203.199.93.51/IMaround/getpresence.mss?userid=hk_soni2003" ></a><a target="_blank" href="http://email.indiatimes.com/apic/instachat.htm"><FONT face="Arial" size=2>Help</font></a></DIV><DIV align=left><FONT color=#008000 face="Lucida Sans Unicode" size=1>Click onthe image to chat with me</FONT></DIV>