<DIV>Hai all,</DIV>
<DIV> </DIV>
<DIV>         My protein sequence analysis tool is taking a lot of time to complete a single request for database similarity search.My database is a relational database for MySQL which contains 16 tables and 2,83,366 sequence entries.</DIV>
<DIV> </DIV>
<DIV>My Sequence analysis tool is currently running on a Local intranet server </DIV>
<DIV>with 1.9GHz processor and 256MB RAM.</DIV>
<DIV> </DIV>
<DIV>For a single pairwise alignment it is taking around 10msecs depending on the length of query sequence and was  taking more than 24 hours to complete single request with 4 threads working on 4 partitions .By making only 2 threads to be alive at a time working on 2 partitions(I partitioned my Database in to 8 based on sequence chesk sum) ,now it is taking around 9 hours to complete a single request for database similarity search.</DIV>
<DIV> </DIV>
<DIV><FONT color=#40007f face="arial black">Is it really possible to reduce the time further with hardware configuration of 1.9Ghz and 256MB RAM.</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#40007f face="arial black">Or have I to go for more more powerful hardware  configuration.</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#40007f face="arial black">Now i'm using MySQL database server and Apache HTTP server with JRun application server.Have i to go for more powerful application server than JRun .</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#40007f face="arial black">My implementation platform is Java and algorithm being used is" SMITH-WATERMAN LOCAL ALIGNMENT" algorithm.</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#40007f face="arial black">                  Thanking You,</FONT></DIV>
<DIV><FONT face="arial black"><FONT color=#40007f>                                                          Prathibha.<BR><BR></FONT></DIV></FONT><p><font face=arial size=-1>
<a href="http://in.rd.yahoo.com/specials/mailtag/*http://in.insurance.yahoo.com/licspecial/index.html" target="_blank"><b>Yahoo! India Insurance Special</a>:</b> Be informed on the best policies, services, tools and more.</font>