<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=utf-8">
<TITLE>Re: [BiO BB] DNA Strider</TITLE>

<META content="MSHTML 6.00.2800.1400" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY dir=ltr>
<DIV><SPAN class=282130713-05042004><FONT face=Arial color=#0000ff 
size=2>Joel,</FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=282130713-05042004><FONT face=Arial color=#0000ff size=2>I 
write a short piece in every issue of The Scientist magazine called Software 
Watch that features an open source biology software program. I'm interested in 
hearing more about the system you mention as a possible item about which I could 
write. We have a lead time of as much as two months, so embargoing our coverage 
is no problem. Can you send me any information about the 
system?</FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=282130713-05042004><FONT face=Arial color=#0000ff 
size=2></FONT></SPAN> </DIV>
<DIV><SPAN class=282130713-05042004>
<P><FONT face=Arial size=2>Sam Jaffe</FONT> <BR><FONT face=Arial 
size=2>Associate Editor</FONT> <BR><FONT face=Arial size=2>The Scientist 
Magazine (www.the-scientist.com)</FONT> <BR><FONT face=Arial size=2>3535 Market 
St.</FONT> <BR><FONT face=Arial size=2>Second Floor</FONT> <BR><FONT face=Arial 
size=2>Philadelphia, PA, 19104</FONT> <BR><FONT face=Arial size=2>215 386 9601 
x.3015</FONT> <BR><FONT face=Arial size=2>sjaffe@the-scientist.com</FONT> 
</P></SPAN></DIV>
<BLOCKQUOTE dir=ltr style="MARGIN-RIGHT: 0px">
  <DIV class=OutlookMessageHeader dir=ltr align=left><FONT face=Tahoma 
  size=2>-----Original Message-----<BR><B>From:</B> Joel Dudley 
  [mailto:Joel.Dudley@asu.edu]<BR><B>Sent:</B> Monday, April 05, 2004 4:56 
  PM<BR><B>To:</B> bio_bulletin_board@bioinformatics.org<BR><B>Subject:</B> RE: 
  [BiO BB] DNA Strider<BR><BR></FONT></DIV>
  <DIV>Several such systems are already under development and released in the 
  private sector. I know of a soon to be open-source project that has 
  all of these features and is already quite mature. You should hear about it in 
  a month or so.</DIV>
  <DIV> </DIV>
  <DIV>- Joel</DIV>
  <BLOCKQUOTE dir=ltr style="MARGIN-RIGHT: 0px">
    <DIV><FONT size=2>-----Original Message----- <BR><B>From:</B> 
    bio_bulletin_board-admin@bioinformatics.org on behalf of Marcos 
    Oliveira de Carvalho <BR><B>Sent:</B> Tue 3/30/2004 5:21 PM <BR><B>To:</B> 
    bio_bulletin_board@bioinformatics.org <BR><B>Cc:</B> <BR><B>Subject:</B> Re: 
    [BiO BB] DNA Strider<BR><BR></FONT></DIV><BR>
    <P><FONT size=2>It would be nice to have a bioinformatics IDRE ( Integrated 
    Development<BR>and Research Environment) with some basic features 
    (sequence<BR>visualization, editing, annotation, data management, etc...) 
    and a well<BR>designed plug-in API, for easy extension. An idea could be 
    build it on top<BR>of the NetBeans platform , and with java we get 
    platform-independent<BR>software. (with other languages too, but java do the 
    job)<BR>One can suggest add bindings with python/perl/ruby/java and theirs 
    Bio*<BR>libraries, interfaces  to bioinformatics tools, including 
    output capture<BR>(emboss, phred, phrap, BLAST, FASTA, 
    Clustal,R/bioconductor, Mummer,...) .<BR>Also interfaces to webservices and 
    data retrieving from major databases.<BR>Well, there are lots of 
    possibilities.<BR><BR>cheers<BR>Marcos<BR><BR><BR><BR>On Tue, 30 Mar 2004 
    18:30:36 -0500, Ryan Golhar 
    <ryangolhar@hotmail.com><BR>wrote:<BR><BR>> You know, I'm 
    constantly finding different programs to perform different<BR>> 
    tasks.  Either client applications, or web-based.  Some run on 
    Linux,<BR>> others Windows.<BR>><BR>> I would like to see 1 
    application for multiple platforms to performs dna<BR>> sequence 
    analysis.  I started writing something in Java to do this but<BR>> 
    haven't touched in awhile.<BR>><BR>> I'm wondering how many people 
    would be interested in helping to develop<BR>> a  
    platform-independent application to perform all sorts of sequence<BR>> 
    analysis - alignments, snp analysis, assembly, etc.  Sort of like 
    GCG,<BR>> but free and actually user-friendly and useful.  If people 
    are<BR>> interested, I think we should talk about a framework and start 
    building<BR>> something as needed.<BR>><BR>> Any 
    comments?<BR>><BR>> -----<BR>> Ryan Golhar<BR>> Computational 
    Biologist<BR>> The Informatics Institute at<BR>> The University of 
    Medicine & Dentistry of NJ<BR>><BR>> Phone: 973-972-5034<BR>> 
    Fax: 973-972-7412<BR>> Email: golharam@umdnj.edu<BR>><BR>> 
    -----Original Message-----<BR>> From: 
    bio_bulletin_board-admin@bioinformatics.org<BR>> [<A 
    href="mailto:bio_bulletin_board-admin@bioinformatics.org">mailto:bio_bulletin_board-admin@bioinformatics.org</A>] 
    On Behalf Of<BR>> Yannick Wurm<BR>> Sent: Tuesday, March 30, 2004 
    10:05 AM<BR>> To: bio_bulletin_board@bioinformatics.org<BR>> Subject: 
    [BiO BB] DNA Strider<BR>><BR>><BR>> Hi,<BR>> I'm a student in 
    Bioinformatics and Modeling at a French engineering<BR>> school in Lyon, 
    France (<A 
    href="http://biosciences.insa-lyon.fr">http://biosciences.insa-lyon.fr</A>). 
    Currently in<BR>> my last year, I'm currently doing a six month 
    internship in a C.<BR>> elegans lab at McGill University in 
    Montreal.<BR>> The lab's computer are Macs, and besides standard 
    browsing, word<BR>> processing and image processing, lab members also use 
    them to aid them<BR>> in their molecular biology work.<BR>> One of the 
    programs they use is called DNA Strider. This piece of<BR>> software has 
    not been updated in a long time (probably since Apple's<BR>> System 6.x - 
    window sizes are fixed to the small old mac screen size!)<BR>> and could 
    require a face-lift.<BR>><BR>> In the lab, it is mainly used for 
    managing and manipulating sequences<BR>> of genes, primers and 
    constructs. The main features of interest here<BR>> are:<BR>> 
          - Sequence 
    management<BR>>      - Graphical (circular or 
    linear) restriction maps of a given<BR>> sequence (or part of it), 
    showing restriction site data concerning the<BR>> part or whole sequence 
    (for each enzyme, you get the number of<BR>> restriction sites, and the 
    obtained fragement sizes)<BR>>       - Reverse 
    complementary sequence<BR>>       - Quick and 
    simple alignment between two sequences<BR>><BR>> I've searched the web 
    and could not find an all-in-one package that<BR>> seemed as user 
    friendly and coherent as DNA Strider. Individual web<BR>> sites and 
    software tools do offer these features, but<BR>> 
          - the internet is slow (you click and need to 
    wait before<BR>> getting your<BR>> result)<BR>> 
          - having everything in one place is 
    nice<BR>><BR>> Sequence Analysis (for Mac OS X) <A 
    href="http://informagen.com/SA/">http://informagen.com/SA/</A> seems to 
    be<BR>> aiming to do what DNA Strider does, but is still very young 
    (and<BR>> closed-source, but thats a different debate).<BR>><BR>> 
    <A href="http://www.mekentosj.com/">http://www.mekentosj.com/</A> has some 
    very nice tools as well, but they're<BR>> very 
    problem-specific.<BR>><BR>> Have I missed something? Is there a really 
    cool java app or web<BR>> software (that I could install locally for 
    speed) that would replace<BR>> DNA Strider? What does your molecular 
    biology lab use in for it's day<BR>> to day work?<BR>> Oh and buying 
    something expensive is not a solution.<BR>><BR>> Thanks for any 
    leads,<BR>><BR>> Yannick.<BR>><BR>> \\\\\\\\\\\\\\\\\\\<BR>> 
    \\  <A href="http://yannick.poulet.org">http://yannick.poulet.org</A> 
    icq: 22044361<BR>> \\  idh@poulet.org  tel: 
    ++33.6.16.41.71.92<BR>><BR>> 
    _______________________________________________<BR>> BiO_Bulletin_Board 
    maillist  -  BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org<BR>> <A 
    href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board">https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board</A><BR>> 
    _______________________________________________<BR>> BiO_Bulletin_Board 
    maillist  -  BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org<BR>> <A 
    href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board">https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board</A><BR><BR><BR><BR>--<BR>"Science 
    knows no country, because knowledge belongs to humanity, and is<BR>the torch 
    which illuminates the world. "<BR>Louis 
    Pasteur<BR>_______________________________________________<BR>BiO_Bulletin_Board 
    maillist  -  BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org<BR><A 
    href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board">https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board</A><BR></FONT></P></BLOCKQUOTE></BLOCKQUOTE></BODY></HTML>