<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">
<TITLE>Message</TITLE>

<META content="MSHTML 6.00.2800.1400" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN class=434012800-15052004>First 
thing I would do is obtain the genome of another organism related to Yesinia 
pestis that is annotated and compare the two genomes as a starting 
point.</SPAN></FONT></DIV><!-- Converted from text/plain format -->
<P><FONT size=2>-----<BR>Ryan Golhar<BR>Computational Biologist<BR>The 
Informatics Institute at<BR>The University of Medicine & Dentistry of 
NJ<BR><BR>Phone: 973-972-5034<BR>Fax: 973-972-7412<BR>Email: 
golharam@umdnj.edu</FONT> </P>
<BLOCKQUOTE dir=ltr style="MARGIN-RIGHT: 0px">
  <DIV></DIV>
  <DIV class=OutlookMessageHeader lang=en-us dir=ltr align=left><FONT 
  face=Tahoma size=2>-----Original Message-----<BR><B>From:</B> 
  bio_bulletin_board-admin@bioinformatics.org 
  [mailto:bio_bulletin_board-admin@bioinformatics.org] <B>On Behalf Of 
  </B>Jicheng Hao<BR><B>Sent:</B> Friday, May 14, 2004 4:45 PM<BR><B>To:</B> 
  bio_bulletin_board@bioinformatics.org<BR><B>Subject:</B> [BiO BB] 
  characterization of an incomplete genome<BR><BR></FONT></DIV>
  <P><SPAN class=021323820-14052004><FONT face=Arial size=2>Hi 
  there,</FONT></SPAN></P>
  <P><SPAN class=021323820-14052004><FONT face="Arial Black">    
  <FONT face=Arial size=2>We have assembled a Yesinia pestis genome. However, 
  the genome is only 95% complete.  We would like to to characterize 
  rearrangements, large, medium size indels, <FONT size=2> repeat 
  differences, gene differences by comparing it with a known complete 
  </FONT><FONT size=2>genome.</FONT></FONT></FONT></SPAN></P>
  <P><SPAN class=021323820-14052004><FONT face="Arial Black"><FONT face=Arial 
  size=2>    I would appreciate if anybody could give me any 
  advice or comments.</FONT></FONT></SPAN></P>
  <DIV align=left><FONT face=Verdana size=2>Jicheng Hao, Ph.D.<BR>Staff 
  Scientist, Bioinformatics<BR>Comparative Genomics Unit</FONT></DIV><FONT 
  face=Arial size=2>
  <DIV align=left>Pathogen Genomics Division </DIV>
  <DIV align=left>Translational Genomics Research Institute (TGen) </DIV></FONT>
  <DIV align=left><FONT face=Arial size=2>602 343 8705 (phone)</FONT></DIV>
  <DIV align=left><FONT face=Arial size=2>480 570 5969 (mobile)</FONT></DIV>
  <DIV align=left><FONT face=Arial size=2>602 343 8740 (fax)</FONT></DIV>
  <DIV align=left><FONT face=Arial size=2>jhao@tgen.org</FONT></DIV>
  <DIV> </DIV></BLOCKQUOTE></BODY></HTML>