
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">

<HTML><HEAD>

<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">

<META content="MSHTML 6.00.2800.1400" name=GENERATOR>

<STYLE></STYLE>

</HEAD>

<BODY bgColor=#ffffff>

<DIV><FONT face=Arial size=2>I am looking for a command line tool that can 

handle protein alignments as input and aligns the corresponding transcripts. I 

want to use it for Ka/Ks determination.</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>Secondly, I need something like a "sliding " Ka/Ks 

determination to see if there is a difference within a protein when looking at 

smaller segments. </FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>I looked at SNAP, and also PAML but they are not 

very straightforward in use, especially hte diffenret formats are giving me 

trouble.</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>Any ideas?</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>Thanks in advance.</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>Peter</FONT></DIV></BODY></HTML>