<DIV>Hi, Sebastian, </DIV>
<DIV> </DIV>
<DIV>You can also check the webpages of Michael Q Zhang in CSHL, <A href="http://rulai.cshl.edu/">http://rulai.cshl.edu/</A> , he did lots of work on TFBS <BR><BR>alignment between three drosophila species provide little useful informations. Because they are very  close in phylogeny.  Maybe, alignment between drosophila and anopheles will be better. </DIV>
<P>   I got this from Micahel. Finding motif by sequnce alignment will largely rely on the relationship between speices you selected.  For more information, please directly contact Michael directly, a very kind PI in cshl. </P>
<P>Best</P>
<P>Fei</P>
<P><B><I>Sebastian Kadener <skadener@brandeis.edu></I></B> wrote:</P>
<BLOCKQUOTE class=replbq style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid">
<P>Dear list members,<BR><BR>I am trying to find TF binding sites (not ones that are currently known and in<BR>databases) in the promoter regions of at least four species of insects (the 3<BR>sequenced drosophila and anopheles). I have used meme for this already but<BR>the results that I got weren't so good.<BR><BR>I was thinking of performing some kind of multiple local alignment to find <BR>regulatory elements among the promoters but I wasn't sure how to go about<BR>doing this. <BR>   </P>
<P><BR>If anyone has any suggestions on how to find TF binding sites in promoters, I<BR>would be very interested in hearing them. Thank you in advance.<BR><BR>Sebastian<BR><BR><BR>-- <BR>Sebastian Kadener <BR>Rosbash laboratory <BR>Dept. of Biology, MS008 <BR>Brandeis University/HHMI 781 736 3163 tel <BR>415 South St. 781 736 3164 fax <BR>Waltham, MA 02454 skadener@brandeis.edu <BR><BR><BR><BR><BR><BR>_______________________________________________<BR>BiO_Bulletin_Board maillist - BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org<BR>https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board<BR></P></BLOCKQUOTE><BR><BR>-------------------------------------------------<br>Fei Li, PhD, Postdoc fellow<br>Institute of Bioinformatics<br>MOE key laboratory of Bioinformatics<br>Tsinghua University<br>Beijing, 100084<br>China<br>Tel:0086-10-62782877<br>Fax:0086-10-62786911<br>E-mail: flee@tsinghua.edu.cn<br>Homepages:http://166.111.30.65/member/~lifei/<p><br><hr size=1><b>Do You Yahoo!?</b><b
 r>
<a href="http://music.yisou.com" target=blank>150万曲MP3疯狂搜,带您闯入音乐殿堂</a><br><a href="http://image.yisou.com" target=blank>美女明星应有尽有,搜遍美图、艳图和酷图</a><br>
<a href="http://cn.rd.yahoo.com/mail_cn/tag/1g/*http://cn.mail.yahoo.com/event/mail_1g/" target=blank>1G就是1000兆,雅虎电邮自助扩容!</a>