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<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">

<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.7226.0">

<TITLE>Substitution matrices vs HMM</TITLE>

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<!-- Converted from text/rtf format -->


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Hi All,</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">I was trying to develop an algorithm for describing/predicting a pattern (e.g. transmembrane region, signal peptide etc) in protein sequences.</FONT></P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">I want to derive this pattern from the multiple sequence alignments. </FONT>


<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">But I was wondering if I should use substitution matrices or HMMs to describe/represent these patterns.</FONT>


<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Are there any definite advantages of using one over the other ? Does the choice depend on what I am trying to define ?</FONT>


<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Can somebody please direct me to relevant literature or suggest something from personal experience ?</FONT>

</P>

<BR>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Thanks in advance, </FONT>


<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Manisha Goel</FONT>

</P>


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