<div>Hai,</div>

<div>I suggest u to choose Dundee prodrug server to perform file conversion where u can draw the molecule using JME editor,it will be converted to huge number of formats.U can choose what ever u want.U can also optimise the molecule .u can get it through

</div>

<div><a href="http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/programs/prodrg/">http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/programs/prodrg/</a>.</div>

<div>I hope it helps.</div>

<div>Bye.<br><br> </div>

<div><span class="gmail_quote">On 7/6/05, <b class="gmail_sendername"><a href="mailto:bio_bulletin_board-request@bioinformatics.org">bio_bulletin_board-request@bioinformatics.org</a></b> <<a href="mailto:bio_bulletin_board-request@bioinformatics.org">

bio_bulletin_board-request@bioinformatics.org</a>> wrote:</span>

<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Send BiO_Bulletin_Board mailing list submissions to<br>       <a href="mailto:bio_bulletin_board@bioinformatics.org">

bio_bulletin_board@bioinformatics.org</a><br><br>To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>       <a href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board">https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board

</a><br>or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>       <a href="mailto:bio_bulletin_board-request@bioinformatics.org">bio_bulletin_board-request@bioinformatics.org</a><br><br>You can reach the person managing the list at

<br>       <a href="mailto:bio_bulletin_board-owner@bioinformatics.org">bio_bulletin_board-owner@bioinformatics.org</a><br><br>When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>than "Re: Contents of BiO_Bulletin_Board digest..."

<br><br><br>Today's Topics:<br><br>  1. Mol2 to PDB (Subhash Agarwal)<br>  2. Re: Mol2 to PDB (Jan-Christoph Westermann)<br><br><br>----------------------------------------------------------------------<br><br>Message: 1<br>

Date: Wed, 6 Jul 2005 15:40:33 +0100 (BST)<br>From: Subhash Agarwal <<a href="mailto:smagarwal@yahoo.com">smagarwal@yahoo.com</a>><br>Subject: [BiO BB] Mol2 to PDB<br>To: <a href="mailto:bio_bulletin_board@bioinformatics.org">

bio_bulletin_board@bioinformatics.org</a><br>Message-ID: <<a href="mailto:20050706144033.72298.qmail@web31501.mail.mud.yahoo.com">20050706144033.72298.qmail@web31501.mail.mud.yahoo.com</a>><br>Content-Type: text/plain; charset=iso-8859-1

<br><br>Hi all<br><br>I need to convert some chemical molecules which are in<br>.mol2 format to PDB format. When i try to do so using<br>Insight what i find is that bond information is lost.<br><br>Can anybody suggest me a way for converting .mol2

<br>format to PDB format so that the bond information is<br>not lost.<br><br>Thanks<br>Subhash<br><br><br><br><br><br><br>__________________________________________________________<br>Free antispam, antivirus and 1GB to save all your messages

<br>Only in Yahoo! Mail: <a href="http://in.mail.yahoo.com">http://in.mail.yahoo.com</a><br><br><br>------------------------------<br><br>Message: 2<br>Date: Wed, 06 Jul 2005 16:59:58 +0200<br>From: Jan-Christoph Westermann <

<a href="mailto:jwester@sgi1.chemie.uni-hamburg.de">jwester@sgi1.chemie.uni-hamburg.de</a>><br>Subject: Re: [BiO BB] Mol2 to PDB<br>To: "The general forum at <a href="http://Bioinformatics.Org">Bioinformatics.Org</a>

"<br>       <<a href="mailto:bio_bulletin_board@bioinformatics.org">bio_bulletin_board@bioinformatics.org</a>><br>Message-ID: <<a href="mailto:42CBF1EE.4060401@sgi1.chemie.uni-hamburg.de">42CBF1EE.4060401@sgi1.chemie.uni-hamburg.de

</a>><br>Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br><br>Subhash Agarwal schrieb:<br>> Hi all<br>><br>> I need to convert some chemical molecules which are in<br>> .mol2 format to PDB format. When i try to do so using

> Insight what i find is that bond information is lost. > > Can anybody suggest me a way for converting .mol2 > format to PDB format so that the bond information is > not lost. Try Open Babel.

<br><a href="http://openbabel.sourceforge.net/">http://openbabel.sourceforge.net/</a><br><br>HTH,<br>jcw<br><br><br>------------------------------<br><br>_______________________________________________<br><a href="http://Bioinformatics.Org">

Bioinformatics.Org</a> general forum  -  <a href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org</a><br><a href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board">https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board

</a><br><br><br>End of BiO_Bulletin_Board Digest, Vol 9, Issue 3<br>************************************************<br></blockquote></div><br><br><br>-- <br>E.Elavazhagan<br>09444332083 