Hi Edith,<br>
<br>
I would recommend BLAT for this.<br>
<br>
Cheers,<br>
Marty<br><br><div><span class="gmail_quote">On 9/14/05, <b class="gmail_sendername">Edith Schlagenhauf</b> <<a href="mailto:ediths@unizh.ch">ediths@unizh.ch</a>> wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi,<br><br>what is/are the most appropriate tools/software to align<br>hundreds of  700 bp sequences to a whole genome<br>sequence (around 8Mb) of a closely related species/strain?<br><br>TIA for your input,<br>Edith<br><br>
<br>******************************************<br>Dr Edith Schlagenhauf<br>Bioinformatics<br>Institute of Plant Biology<br>University of Zurich<br>Zollikerstrasse 107<br>CH-8008 Zurich<br>SWITZERLAND<br><br>e-mail: ediths AT botinst DOT unizh DOT ch
<br>Tel.:   +41 1 634 82 78<br>Fax :   +41 1 634 82 04<br>******************************************<br>_______________________________________________<br>Bioinformatics.Org general forum  -  <a href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">
BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org</a><br><a href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board">https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board</a><br></blockquote></div><br><br clear="all">
<br>-- <br>-- <br>Martin Gollery<br>Associate Director<br>Center For Bioinformatics<br>University of Nevada at Reno<br>Dept. of Biochemistry / MS330<br>775-784-7042<br>-----------