Along with the aforementioned Taverna and pegasys, take a look at VIBE
from Incogen. Since you are at a university you can get the API for
free.<br>
<br>
Marty<br><br><div><span class="gmail_quote">On 10/3/05, <b class="gmail_sendername">Amir Karger</b> <<a href="mailto:akarger@cgr.harvard.edu">akarger@cgr.harvard.edu</a>> wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Several people mentioned 2-D graphical workflow tool in a "Bioinformatics<br>workflow?" thread on bioclusters. (I'm redirecting my non-cluster-y question<br>here.) While still a newbie, I'm getting the impression that many
<br>bioinformatics workflows are mostly linear, with obvious important<br>exceptions like conditions and loops. For example, I had a client last week<br>who wanted to script:<br><br>1 blast [sequence=..., program=...] > 
blast.out<br>2 get hits from blast.out > blast.hits<br>3 find hits with 50-70% sequence identity from blast.hits > blast.good_hits<br>3 download/fastacmd sequences for IDs in blast.good_hits > hits.fasta<br>4 clustalw 
hits.fasta > publishable_result (OK, not really)<br><br>Our current model is to help people to write shell scripts, but that doesn't<br>work for all users. It seems like a two-dimensional workflow tool would be<br>overkill for the above. All I need is a tool that combines
<br>Pise/iNquiry-style "select a bioinformatics tool, input parameters" with the<br>ability to save a set of commands.<br><br>Of course, it would be much less powerful and flexible than the 2-D workflow<br>tools. But "protocols" (
<a href="http://biopipe.org/protocols/">http://biopipe.org/protocols/</a>) might be an easier<br>sell to computer-phobes than directed acyclic graphs.<br><br>Is there anything out there that does this? I'd much rather steal than
<br>build.<br><br>- Amir Karger<br>Computational Biology Group<br>Bauer Center for Genomics Research<br>Harvard University<br>_______________________________________________<br>Bioinformatics.Org general forum  -  <a href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">
BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org</a><br><a href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board">https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board</a><br></blockquote></div><br><br clear="all">
<br>-- <br>-- <br>Martin Gollery<br>Associate Director<br>Center For Bioinformatics<br>University of Nevada at Reno<br>Dept. of Biochemistry / MS330<br>775-784-7042<br>-----------