Interpro would be a good choice because it is becoming so popular for genome annotation projects.<br><br>Marty<br><br><div><span class="gmail_quote">On 10/16/05, <b class="gmail_sendername">Andrea Franceschini</b> <<a href="mailto:atariml@gmail.com">
atariml@gmail.com</a>> wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">We are developing a software to automatically retrive some family/domain's
<br>annotations of a set of proteins.<br>In particular we are interested to identify the possible relations between<br>the different families.<br><br>To accomplish this task we are thinking to use Interpro as source for the
<br>annotations.<br>What do you think about the parent/child  and  contains/found in   relations<br>present in Interpro ?<br><br>Do you have any suggestion about other databases that we should use ?<br>Do you have any suggestion about other possible information that we could
<br>provide on a particular set of proteins (given us as input by the user)  ?<br><br><br>Thankyou very much<br>Andrea Franceschini<br>University Politecnico of Milan (Italy)<br><br>_______________________________________________
<br>Bioinformatics.Org general forum  -  <a href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org</a><br><a href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board">https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board
</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>-- <br>Martin Gollery<br>Associate Director<br>Center For Bioinformatics<br>University of Nevada at Reno<br>Dept. of Biochemistry / MS330<br>775-784-7042<br>-----------