Hi Thomas,<br>

Sorry for the delay in responding, but thanks much for the reply.<br>

<br>

Well I have 2000 sets of orthologous sequences

for these 8 species. And their phylogenetic distance is quite well

known.<br>

So actually it would be more useful to use the phylogenetic

information, and then perform alignments to pick out Transcription factor binding sites, or be more

confident of finding TFBS, etc.<br>

<br>

I hope to have explained it better .. would you have any suggestions in this regard !<br>

<br>

Cheers,<br>

Samantha<br>

<br><br><div><span class="gmail_quote">On 10/22/05, <b class="gmail_sendername">Thomas Keane</b> <<a href="mailto:thomas.m.keane@nuim.ie">thomas.m.keane@nuim.ie</a>> wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

I'd advise downloading your own copy of phyml and running it on your<br>computer - there is a link to download a copy somewhere on the website.<br>You should note that phyml only recognises phylip format files. Its<br>basically software for building phylogenetic trees from a group of

<br>alignments.<br><br>I havent used MEME - what we do in our lab is run Clustalw to align the<br>sequences then GBlocks to remove any badly aligned areas<br>(<a href="http://molevol.ibmb.csic.es/Gblocks/Gblocks.html">http://molevol.ibmb.csic.es/Gblocks/Gblocks.html

</a>) then modelgenerator<br>to get the ML model then phyml to get our bootstrapped trees :-)<br><br>Thomas<br><br>Samantha Fox wrote:<br><br>> Dear Thomas,<br>> Thanks for the response. I could use the ModelGenerator, but PHYML

<br>> online execution gave some error. I will also have to read their<br>> paper, to see what exactly the software does .... and what I should<br>> expect as output.<br>><br>> One simple thing I did was run MEME on each ortholog set, and the

<br>> blocks come out nicely conserved ... sequentially as well. However I<br>> was not sure of what next, and didnt go further.<br>> Another task was to run clustalw on each ortholog set separately and<br>> see what sequences come out conserved in majority sets, etc.. Most

<br>> results again were repitition of known .. so not really interesting ...<br>><br>> Any comments on this .......  or some other ideas ???<br>><br>> Cheers ...<br>> Samantha<br>><br>> On 10/21/05, *Thomas Keane* <

<a href="mailto:thomas.m.keane@nuim.ie">thomas.m.keane@nuim.ie</a><br>> <mailto:<a href="mailto:thomas.m.keane@nuim.ie">thomas.m.keane@nuim.ie</a>>> wrote:<br>><br>>     If you want to use maximum likelihood then I would suggest that

<br>>     you use<br>>     Phyml (<a href="http://atgc.lirmm.fr/phyml/">http://atgc.lirmm.fr/phyml/</a>) - you can download your own copy.<br>>     You will also need to find the optimal ML model first - you could use

<br>>     Modelgenerator (<a href="http://bioinf.nuim.ie/software/modelgenerator">http://bioinf.nuim.ie/software/modelgenerator</a>) to do<br>>     this as it creates scripts to start Phyml with the optimal model.<br>

><br>>     Thomas<br>><br>>     Samantha Fox wrote:<br>><br>>     > Hii...<br>>     > I am looking for various options to analyze a set of few hundered bp<br>>     > long orthologous sequences from a group of phylogenetically related

>     > species. Its like 5-8 homologous promoter dna sequences per gene >     for >     > around thousand genes. The motivation is to get the conserved motifs >     > which have remained constant under selection.

>     > >     > What can be the best ways to do this analysis, I looked at some >     > phylogenetic tools, but most have limitations like web-based, >     just 2 >     > sequences, etc.

<br>>     ><br>>     > All your suggestions... and anyone experienced with similar<br>>     stuff. ...<br>>     > I welcome it all...<br>>     ><br>>     > Thanks.<br>>     > Samantha

<br>>     ><br>>     >------------------------------------------------------------------------<br>><br>>     ><br>>     >_______________________________________________<br>>     >Bioinformatics.Org

 general<br>>     forum  -  <a href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org</a><br>>     <mailto:<a href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org

</a>><br>>     > <a href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board">https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board</a><br>>     ><br>>     ><br>><br>><br></blockquote>

</div><br>