<div>If you want to align cDNA or proten sequences to genomic DNA it's better to use the algorithms GMAP  <a href="http://www.gene.com/share/gmap">http://www.gene.com/share/gmap</a>  or Exonerate <a href="http://www.ebi.ac.uk/~guy/exonerate/">
http://www.ebi.ac.uk/~guy/exonerate/</a> instead of BLAST . These two algorithms are faster then blast, and they are made to handle introns.</div>
<div> </div>
<div>Wu TD, Watanabe CK. <br>GMAP: a genomic mapping and alignment program for mRNA and EST sequences.<br>Bioinformatics. 2005 May 1;21(9):1859-75. Epub 2005 Feb 22. <br>PMID: 15728110 </div>
<div> </div>
<div>Slater GS, Birney E. <br> Automated generation of heuristics for biological sequence comparison.<br>BMC Bioinformatics. 2005 Feb 15;6(1):31. <br>PMID: 15713233</div>
<div> </div>
<div>Stefanie<br><br> </div>
<div><span class="gmail_quote">On 11/18/05, <b class="gmail_sendername">Evgeny Cheremushkin</b> <<a href="mailto:cher@biorainbow.com">cher@biorainbow.com</a>> wrote:</span>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Hello bio_bb,<br><br>I  want to align whole query sequence onto genome with blast<br>(not only a part of query sequence). Is there any option for
<br>that?<br><br>--<br>Best regards,<br>Evgeny Cheremushkin,<br>BioRainbow Group,<br>phone:  +7 (383) 3306470<br>mobile: +7 (913) 8916858<br>e-mail: <a href="mailto:cher@biorainbow.com">cher@biorainbow.com</a><br>web: <a href="http://www.biorainbow.com">
http://www.biorainbow.com</a><br><br>_______________________________________________<br>Bioinformatics.Org general forum  -  <a href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org</a>
<br><a href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board">https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board</a><br></blockquote></div><br>