<div>Nothing to do with the number of files or the version.&nbsp;&nbsp;I think wget has&nbsp;no such restrictions in the older version too.&nbsp;The -c switch&nbsp;is for continuing (resuming), in case you&nbsp;drop the connection. The -m is for mirroring the entire&nbsp;directory tree structure and&nbsp;is a combination of several switches, including recursive downloading.&nbsp;The switch --retr-symlinks will follow the link to fetch the&nbsp;actual file.&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
</div>
<div>Your original posting, however,&nbsp;mentioned 'invalid server response'. I am not sure what caused that error. If you omit the switch for symbolic links, you should still be able to get into the server but you&nbsp;will get a directory full of symbolic links only&nbsp;and not the actual files.&nbsp; 
</div>
<div>May be you have access problems to the server - proxy, firewall - whatever else but wget&nbsp;should not fail to retrieve a mere 34000 files in a directory - nor should it require giving filename for every protein.&nbsp;&nbsp;</div>

<div>&nbsp;</div>
<div>Enjoy!</div><span class="sg">
<div>&nbsp;&nbsp;<br>--Lutfullah<br>&nbsp;</div></span><br>