I had a similar problem, but with dna sequences .. I finally used align0 of fasta package .. what was the get-around you used ?<br>

align0 worked pretty well for me, as I did not want to penalize end-gaps.<br>

<br>

Sam<br><br><div><span class="gmail_quote">On 11/17/05, <b class="gmail_sendername">Narcis Fernandez-Fuentes</b> <<a href="mailto:narcis@fiserlab.org">narcis@fiserlab.org</a>> wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

Hi all,   Does anybody knows a program to sequentially cluster short protein fragments, between 8 to 14 residues long? I tried cd-hit, it works find in the range of 12 to 14 but below it crash. Any suggestion?

<br><br>Thanks!<br><br>Narcis<br>_______________________________________________<br>Bioinformatics.Org general forum  -  <a href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org</a><br>

<a href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board">https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board</a><br></blockquote></div><br>