Wow- that is a significant speedup!<br>
<br>
I don't mind the minor score differences either- does anyone else?<br>
<br>
Marty<br><br><div><span class="gmail_quote">On 12/16/05, <b class="gmail_sendername">Mike Muratet</b> &lt;<a href="mailto:muratem@eng.uah.edu">muratem@eng.uah.edu</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Greetings<br><br>I ran a test on the the 2.2.13 BLAST that I thought the list might find<br>interesting. (Thanks to Joe Landman for putting it on the list, I thought<br>I was on that particular NCBI distribution but never saw the message until
<br>Joe put it here.)<br><br>I made a database out of the TIGR gene index for pig, SSGI.021105<br><br>I made a test query out of 200 70mers based on 5 sequences from<br>SSGI.021105.<br><br>I ran on a simple test on a Solaris/Sparc64 using
<br><br>time blastall [-V F] -p blastn -i test.fa -d SSGI.021105 &gt; test.blast<br><br>yielding<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
2.2.12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.2.13 no
-V&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;2.2.13 with -V F<br>user&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1m
39.8s&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1m
50.3s&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0m
9.2s<br>real&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1m
46.9s&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1m
57.7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0m
9.5s<br>sys&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0m&nbsp;&nbsp;6.3s&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0m
6.3s&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0m
0.3s<br><br>A diff on the output between v.12 and v.13(no V -F) produces only<br>differences in the header because the version numbers are different.<br><br>The diff between v.13(no V -F) and v.13 produces small differences in the
<br>scores and e-values. For example:<br><br>&lt; NP1115201 GB|AY277629.1|AAQ24490.1 type XVII collagen [Sus scrofa]<br>139&nbsp;&nbsp; 4e-33<br>&lt; AJ656543<br>34&nbsp;&nbsp; 0.18<br>&lt; BP160342<br>32&nbsp;&nbsp; 0.73<br>&lt; TC237977<br>32&nbsp;&nbsp; 0.73
<br>&lt; TC212301<br>32&nbsp;&nbsp; 0.73<br>&lt; CJ009554<br>30&nbsp;&nbsp; 2.9<br>&lt; AJ657806<br>30&nbsp;&nbsp; 2.9<br>&lt; BI344938<br>30&nbsp;&nbsp; 2.9<br>&lt; AJ651764<br>30&nbsp;&nbsp; 2.9<br>&lt; TC220684 UP|S3A3_HUMAN (Q12874) Splicing factor 3A subunit 3 (Sp...
<br>30&nbsp;&nbsp; 2.9<br>---<br>&gt; NP1115201 GB|AY277629.1|AAQ24490.1 type XVII collagen [Sus scrofa]<br>138&nbsp;&nbsp; 6e-33<br>&gt; AJ656543<br>34&nbsp;&nbsp; 0.19<br>&gt; BP160342<br>32&nbsp;&nbsp; 0.75<br>&gt; TC237977<br>32&nbsp;&nbsp; 0.75<br>&gt; TC212301<br>32&nbsp;&nbsp; 
0.75<br>&gt; CJ009554<br>30&nbsp;&nbsp; 3.0<br>&gt; AJ657806<br>30&nbsp;&nbsp; 3.0<br>&gt; BI344938<br>30&nbsp;&nbsp; 3.0<br>&gt; AJ651764<br>30&nbsp;&nbsp; 3.0<br>&gt; TC220684 UP|S3A3_HUMAN (Q12874) Splicing factor 3A subunit 3 (Sp...<br>30&nbsp;&nbsp; 3.0<br><br>So, it looks to be significantly faster.
<br><br>Cheers<br><br>Mike<br>_______________________________________________<br>Bioinformatics.Org general forum&nbsp;&nbsp;-&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org</a><br><a href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board">
https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>-- <br>Martin Gollery<br>Associate Director<br>Center For Bioinformatics<br>University of Nevada at Reno
<br>Dept. of Biochemistry / MS330<br>775-784-7042<br>-----------