Willy,<br>
Thanks for the response. The dataset is quite big (arnd 10^6 bp). That is the reason I am not running it serially.<br>
I have not tried Eise's program.<br>
<br>
~S<br><br><div><span class="gmail_quote">On 1/3/06, <b class="gmail_sendername">Willy Valdivia-Granda</b> <<a href="mailto:willy_valdivia@orionbiosciences.com">willy_valdivia@orionbiosciences.com</a>> wrote:</span>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Samantha<br><br>Have you tried the program of Mike Eisen to look motifs? One problem<br>with meme is that even when you install and make it run ith MPI it you
<br>get a high number of false positives. I haven't tried the Eisen<br>program. How big is the dataset?<br><br>Best luck<br><br>Willy Valdivia<br><br><br>> -------- Original Message --------<br>> Subject: [BiO BB] Parallel MEME (motif finding)
<br>> From: Samantha Fox <><br>> Date: Tue, January 03, 2006 5:08 pm<br>> To: <a href="mailto:bio_bulletin_board@bioinformatics.org">bio_bulletin_board@bioinformatics.org</a><br>><br>> Hi,<br>>  Can
anyone point me to a place where I can submit large MEME jobs on
parallel. They are too intensive to be run serially.<br>><br>>  Thanks,<br>>  ~S<br>><br>> ---------------------------------------------------------------------<br>> _______________________________________________
<br>> Bioinformatics.Org general forum  -<br>> <a href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org</a><br>> <a href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board">
https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board</a><br>><br><br></blockquote></div><br>