<DIV>Hi, </DIV>  <DIV>I am looking for a tool to do protein clustering. My aim is, <BR>given a set</DIV>  <DIV>&nbsp;of protein sequences, I want an output which is sorted according to <BR>their&nbsp;distance from each other. Basically, clustering as 1 whole cluster <BR>(not&nbsp;&nbsp;according to their families). The basic idea is by using pairwise <BR>alignment&nbsp;&nbsp;between all the sequences, sequences with minimum distance will be <BR>assigned&nbsp;&nbsp;first and then progressively aligning the sequences on either side <BR>depending&nbsp;&nbsp;upon the distance in the pairwise alignment score. This is basically <BR>using&nbsp;&nbsp;Taylor's method or some other hierarchical clustering strategy.&nbsp;&nbsp;So for a given <BR>set of&nbsp; &nbsp;input sequences, a matrix will be constructed initially with their <BR>pairwise&nbsp;&nbsp;alignment scores and then constructing sequences from minimum <BR>distance and&nbsp;&nbsp;adding the rest of the sequences progessively
 . If
 some one can <BR>suggest some&nbsp;&nbsp;tool to perform this sequence ordering, it would be more timely help <BR>for me.<BR>&nbsp;Thanks.&nbsp;<BR> Regards Lavi<BR><BR></DIV><p>
                <hr size=1>Yahoo! Photos<br> 
Ring in the New Year with <a href="http://us.rd.yahoo.com/mail_us/taglines/photos/*http://pa.yahoo.com/*http://us.rd.yahoo.com/mail_us/taglines/photos/evt=38087/*http://pg.photos.yahoo.com/ph//page?.file=calendar_splash.html&.dir=">Photo Calendars</a>. Add photos, events, holidays, whatever.