<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font face="Times New Roman">Hi Everybody</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font face="Times New Roman"> </font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font face="Times New Roman">Using Smith Waterman algorithm I want to align two sequences. Aftet that I want to calculate the expectation value. For calculating the expectation value we know that
</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font face="Times New Roman"> </font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font face="Times New Roman">E = Kmn e ^-</font>^{<span style="FONT-FAMILY: Symbol; mso-ascii-font-family: 'Times New Roman'; mso-hansi-font-family: 'Times New Roman'; mso-char-type: symbol; mso-symbol-font-family: Symbol">
<span style="mso-char-type: symbol; mso-symbol-font-family: Symbol">l</span></span><font face="Times New Roman">x</font>}</p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt">^{<font face="Times New Roman"><span style="mso-spacerun: yes"> </span></font>}</p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font face="Times New Roman">But how can I calculate the value of K and </font><span style="FONT-FAMILY: Symbol; mso-ascii-font-family: 'Times New Roman'; mso-hansi-font-family: 'Times New Roman'; mso-char-type: symbol; mso-symbol-font-family: Symbol">
<span style="mso-char-type: symbol; mso-symbol-font-family: Symbol">l</span></span><font face="Times New Roman"> .</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font face="Times New Roman"> </font></p>
<div><span style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-bidi-language: AR-SA">Is there any formula that can help me to calculate the value of K and 
</span><span style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: Symbol; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-ascii-font-family: 'Times New Roman'; mso-hansi-font-family: 'Times New Roman'; mso-char-type: symbol; mso-symbol-font-family: Symbol; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-bidi-language: AR-SA; mso-bidi-font-family: 'Times New Roman'">
<span style="mso-char-type: symbol; mso-symbol-font-family: Symbol">l</span></span><span style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-bidi-language: AR-SA">
 ,^{<span style="mso-spacerun: yes"> </span>}and then the expectation value.</span></div>
<div><span style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-bidi-language: AR-SA"></span> </div>
<div><span style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-bidi-language: AR-SA">Thanking all in advance<br><br>
Shoyaib<br></span></div>