<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">
<TITLE>Message</TITLE>

<META content="MSHTML 6.00.2800.1528" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY>
<DIV><SPAN class=044012006-11022006><FONT face=Arial color=#0000ff size=2>Did 
anyone ever respond to you on this?&nbsp; K and lambda.&nbsp; I forget where K 
comes from.&nbsp; Lambda is dependent on the scoring matrix you are using.&nbsp; 
I believe it is given with the matrix.&nbsp; BLOSUM uses 
0.347.</FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=044012006-11022006><FONT face=Arial color=#0000ff 
size=2></FONT></SPAN>&nbsp;</DIV>
<DIV><SPAN class=044012006-11022006><FONT face=Arial color=#0000ff 
size=2>Ryan</FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=044012006-11022006><FONT face=Arial color=#0000ff 
size=2></FONT></SPAN>&nbsp;</DIV>
<BLOCKQUOTE dir=ltr style="MARGIN-RIGHT: 0px">
  <DIV></DIV>
  <DIV class=OutlookMessageHeader lang=en-us dir=ltr align=left><FONT 
  face=Tahoma size=2>-----Original Message-----<BR><B>From:</B> 
  bio_bulletin_board-bounces+golharam=umdnj.edu@bioinformatics.org 
  [mailto:bio_bulletin_board-bounces+golharam=umdnj.edu@bioinformatics.org] 
  <B>On Behalf Of </B>shohag md<BR><B>Sent:</B> Friday, February 03, 2006 6:26 
  AM<BR><B>To:</B> bio_bulletin_board@bioinformatics.org<BR><B>Subject:</B> [BiO 
  BB] How to calculate the value of K and Lambda for two sequence 
  alignment<BR><BR></FONT></DIV>
  <P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Times New Roman">Hi 
  Everybody</FONT></P>
  <P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT 
  face="Times New Roman"></FONT>&nbsp;</P>
  <P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT 
  face="Times New Roman">Using Smith Waterman algorithm I want to align two 
  sequences. Aftet that I want to calculate the expectation value. For 
  calculating the expectation value we know that </FONT></P>
  <P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT 
  face="Times New Roman"></FONT>&nbsp;</P>
  <P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Times New Roman">E 
  = Kmn e <SUP>-</SUP></FONT><SUP><SPAN 
  style="FONT-FAMILY: Symbol; mso-ascii-font-family: 'Times New Roman'; mso-hansi-font-family: 'Times New Roman'; mso-char-type: symbol; mso-symbol-font-family: Symbol"> 
  <SPAN 
  style="mso-char-type: symbol; mso-symbol-font-family: Symbol">l</SPAN></SPAN><FONT 
  face="Times New Roman">x</FONT></SUP></P>
  <P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><SUP><FONT 
  face="Times New Roman"><SPAN 
  style="mso-spacerun: yes"></SPAN></FONT></SUP>&nbsp;</P>
  <P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT 
  face="Times New Roman">But how can I calculate the value of K and </FONT><SPAN 
  style="FONT-FAMILY: Symbol; mso-ascii-font-family: 'Times New Roman'; mso-hansi-font-family: 'Times New Roman'; mso-char-type: symbol; mso-symbol-font-family: Symbol"><SPAN 
  style="mso-char-type: symbol; mso-symbol-font-family: Symbol">l</SPAN></SPAN><FONT 
  face="Times New Roman"> .</FONT></P>
  <P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT 
  face="Times New Roman"></FONT>&nbsp;</P>
  <DIV><SPAN 
  style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-bidi-language: AR-SA">Is 
  there any formula that can help me to calculate the value of K and 
  </SPAN><SPAN 
  style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: Symbol; mso-ascii-font-family: 'Times New Roman'; mso-hansi-font-family: 'Times New Roman'; mso-char-type: symbol; mso-symbol-font-family: Symbol; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-bidi-language: AR-SA; mso-bidi-font-family: 'Times New Roman'"><SPAN 
  style="mso-char-type: symbol; mso-symbol-font-family: Symbol">l</SPAN></SPAN><SPAN 
  style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-bidi-language: AR-SA"> 
  ,<SUP> <SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</SPAN></SUP>and then the 
  expectation value.</SPAN></DIV>
  <DIV><SPAN 
  style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-bidi-language: AR-SA"></SPAN>&nbsp;</DIV>
  <DIV><SPAN 
  style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-bidi-language: AR-SA">Thanking 
  all in advance<BR><BR>Shoyaib<BR></SPAN></DIV></BLOCKQUOTE></BODY></HTML>