you may want to check out BLAST program suite to know how DNA sequences will be approximately compared. It gives a score (called Z score) which you can use it as clustering threshold. and mean of a cluster you can define as that dna sequence which is similar to most of the sequences. If you do not want approximate approach for clustering, you can use pairwise sequence alignment algorithms (smith waterman/Hidden markov model-approach) when you have not 
<span style="font-style: italic;">many</span> sequences to cluster.<br><br><br><br><div><span class="gmail_quote">On 2/15/06, <b class="gmail_sendername">maithreyi thaticherla</b> &lt;<a href="mailto:maithreyi_roses@yahoo.co.in">
maithreyi_roses@yahoo.co.in</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><font face="Arial" size="2">Hi</font></div>
  <div><font face="Arial" size="2">This is Maithreyi , studying final B.Tech . Iam doing a project on Clustering a DNA sequence.</font></div>  <div><font face="Arial" size="2">Iam a computer student so iam not having knowledge on this 
bioinformatics.But iam interested to know how is this DNA present in our body. </font></div>  <div><font face="Arial" size="2">My doubt is how can we cluster a DNA sequence.Iam using k-means algorithm and iam unable to link this algorithm with my topic.
</font></div>  <div><font face="Arial" size="2">I want to know the exact steps of k-means algorithm with Clustering of DNA sequences.</font></div>  <div><font face="Arial" size="2">Can anyone help me immediately plz.</font>
</div>  <div><font face="Arial" size="2">k bye</font></div><span class="ad"><p>
        

        
                </p><hr size="1"> 
Jiyo cricket on <a href="http://us.rd.yahoo.com/mail/in/mailcricket/*http://in.sports.yahoo.com/cricket/" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">Yahoo! India cricket</a><br>
<a href="http://us.rd.yahoo.com/mail/in/mailmobilemessenger/*http://in.mobile.yahoo.com/new/messenger/" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">Yahoo! Messenger Mobile</a> Stay in touch with your buddies all the time.
<p></p></span><br>_______________________________________________<br>Bioinformatics.Org general forum &nbsp;- &nbsp;<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org
</a><br><a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board" target="_blank">https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board</a><br>
<br><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Kalidas Y<br><a href="http://ssl.serc.iisc.ernet.in/~kalidas">http://ssl.serc.iisc.ernet.in/~kalidas</a>