Hi Chan,<br><br>To output the profile, use the -C option, as in <br>blastpgp -d nr -i myfile.faa -C myprofile.ckp -j 3<br><br>This will save the profile as myprofile.ckp.<br><br>Marty<br><br><div><span class="gmail_quote">
On 2/21/06, <b class="gmail_sendername">chan cheng</b> <<a href="mailto:siowcheng82@yahoo.com">siowcheng82@yahoo.com</a>> wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
I m doing a research about prediction of beta turns in<br>proteins from multiple alignment using neural network.<br>I had paste the beta turn sequence in PSI-BLAST and<br>summit the form. however i cant get the PSSM profile
<br>that I need it as my neural network input.<br>how can i get the profile from PSI-BLAST?<br><br>__________________________________________________<br>Do You Yahoo!?<br>Tired of spam?  Yahoo! Mail has the best spam protection around
<br><a href="http://mail.yahoo.com">http://mail.yahoo.com</a><br>_______________________________________________<br>Bioinformatics.Org general forum  -  <a href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org
</a><br><a href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board">https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>-- <br>Martin Gollery
<br>Associate Director<br>Center For Bioinformatics<br>University of Nevada at Reno<br>Dept. of Biochemistry / MS330<br>775-784-7042<br>-----------