forgot to forward to the list: <br>you don't have to do the sequences alignment yourself. on <a href="http://genome-test.soe.ucsc.edu/" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">genome-test.soe.ucsc.edu
</a>
you'll find multiple alignments of 12 mammalian species (switch on
track "MultiZ 10 way" or "MultiZ 12 way"). You can extract alignments
with "Table Browser" - "MultiZ 10 Way" - Download as maf (or fasta?). <br><br>Take care,<br>Max<br><br><div><span class="gmail_quote">On 22/02/06, <b class="gmail_sendername">Nagesh Chakka</b> <<a href="mailto:nagesh.chakka@anu.edu.au">
nagesh.chakka@anu.edu.au</a>> wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Hi all,<br>I need to design primers to "fish out" the region of interest from
<br>reptilian genomic sequence. I donot have the reptilian gDNA sequence<br>information to design the primer with exact sequence. Hence I thought of<br>designing degenerate primers based on the available sequence information
<br>(eutherian mammal, marsupial, amphibian). Are there any available<br>programs which does this kind of primer design or that I need to perform<br>a multiple sequence alignment and look for the most conserved region and
<br>design primer with that.<br>Any advice is greatly appreciated.<br>Thanks<br>Nagesh<br>_______________________________________________<br>Bioinformatics.Org general forum  -  <a href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">
BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org</a><br><a href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board">https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board</a><br></blockquote></div><br><br clear="all">
<br>-- <br>Maximilian Haeussler, <br>CNRS Gif-sur-Yvette, Paris<br>tel: +33 6 12 82 76 16<br>icq: 3825815  -- msn: <a href="mailto:maximilian.haeussler@hpi.uni-potsdam.de">maximilian.haeussler@hpi.uni-potsdam.de</a> <br>skype: maximilianhaeussler