To import sequences into vector NTI: <br>Yes, you can download the alignments from ucsc directly, but only in maf-format. If you need them converted to fasta, you can do it manually if it's only a few sequences (search-replace) or use a script maf2fasta which does to conversion for you. (if you cannot find it, I also have written python script that does it)
<br><br>I quote from the genome-mailinglist at ucsc:<br><br><img src="file:///C:/DOKUME%7E1/max/LOKALE%7E1/Temp/moz-screenshot-12.jpg" alt=""><br><pre>Hi Robert,<br><br>You may try the download the multiz program from: <br>
<a href="http://www.bx.psu.edu/miller_lab/dist/multiz-tba-2005-04-28.tar.gz.">http://www.bx.psu.edu/miller_lab/dist/multiz-tba-2005-04-28.tar.gz.</a> In there <br>you can find a program called maf2fasta, which can convert MAF to FASTA 
<br>format.<br><br>regards,<br>Hong<br><br>----- Original Message ----- <br>From: &quot;Donna Karolchik&quot; &lt;<a href="http://www.soe.ucsc.edu/mailman/listinfo/genome">donnak at soe.ucsc.edu</a>&gt;<br>To: &quot;Querfurth&quot; &lt;
<a href="http://www.soe.ucsc.edu/mailman/listinfo/genome">querfurt at molgen.mpg.de</a>&gt;; &lt;<a href="http://www.soe.ucsc.edu/mailman/listinfo/genome">genome at soe.ucsc.edu</a>&gt;<br>Sent: Friday, July 22, 2005 2:59 PM
<br>Subject: Re: [Genome] MAF format</pre><br><div><span class="gmail_quote">On 23/02/06, <b class="gmail_sendername">Maximilian Haeussler</b> &lt;<a href="mailto:maximilianh@gmail.com">maximilianh@gmail.com</a>&gt; wrote:
</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">forgot to forward to the list: <br>you don't have to do the sequences alignment yourself. on 
<a href="http://genome-test.soe.ucsc.edu/" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">genome-test.soe.ucsc.edu
</a>
you'll find multiple alignments of 12 mammalian species (switch on
track &quot;MultiZ 10 way&quot; or &quot;MultiZ 12 way&quot;). You can extract alignments
with &quot;Table Browser&quot; - &quot;MultiZ 10 Way&quot; - Download as maf (or fasta?). <br><br>Take care,<br>Max<div><span class="e" id="q_109949f1bf9deeb7_1"><br><br><div><span class="gmail_quote">On 22/02/06, <b class="gmail_sendername">
Nagesh Chakka</b> &lt;<a href="mailto:nagesh.chakka@anu.edu.au" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
nagesh.chakka@anu.edu.au</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Hi all,<br>I need to design primers to &quot;fish out&quot; the region of interest from
<br>reptilian genomic sequence. I donot have the reptilian gDNA sequence<br>information to design the primer with exact sequence. Hence I thought of<br>designing degenerate primers based on the available sequence information
<br>(eutherian mammal, marsupial, amphibian). Are there any available<br>programs which does this kind of primer design or that I need to perform<br>a multiple sequence alignment and look for the most conserved region and
<br>design primer with that.<br>Any advice is greatly appreciated.<br>Thanks<br>Nagesh<br>_______________________________________________<br>Bioinformatics.Org general forum&nbsp;&nbsp;-&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">

BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org</a><br><a href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board
</a><br></blockquote></div><br><br clear="all">
<br></span></div><span class="q">-- <br>Maximilian Haeussler, <br>CNRS Gif-sur-Yvette, Paris<br>tel: +33 6 12 82 76 16<br>icq: 3825815&nbsp;&nbsp;-- msn: <a href="mailto:maximilian.haeussler@hpi.uni-potsdam.de" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
maximilian.haeussler@hpi.uni-potsdam.de</a> <br></span>skype: maximilianhaeussler

</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Maximilian Haeussler, <br>CNRS Gif-sur-Yvette, Paris<br>tel: +33 6 12 82 76 16<br>icq: 3825815&nbsp;&nbsp;-- msn: <a href="mailto:maximilian.haeussler@hpi.uni-potsdam.de">maximilian.haeussler@hpi.uni-potsdam.de
</a> <br>skype: maximilianhaeussler