<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">
<HTML>
<HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">
<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.7638.1">
<TITLE>Energy minimazation program</TITLE>
</HEAD>
<BODY>
<!-- Converted from text/rtf format -->
<BR>

<P><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">Hi All,</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">I have a simple problem, I hope someone can advice.</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">I needed to make a covalent bond between a sugar molecule and an aminoacid</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">&gt;(aa-COOH + sugar-OH --&gt; H2O + aa-sugar).</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">I had them in a single pdb file and managed to generate a pdb file with a covalent bond, but the geometry of this resulting molecule is very distorted.</FONT></P>

<P><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">I now need to optimize this geometry and I think that energy minimization shouwl be able to take care of that.</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">I have previously used insightII for this energy minimization but do not access to it anymore.</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">Is there any software avaibale (free for academic use) that should be able to do this.</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">I did a google search and find quite a few but cannot decide which one to start with, because each would have a learning curve.</FONT></P>

<P><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">Please suggest something that you think is more popular/optimal. </FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">Thanks for any help.</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">-Manisha Goel</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">Post-doc associate</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">Stowers Institute for Medical Research</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">1000 E 50th St.</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">Kansas city, 64110</FONT>
</P>
<BR>

</BODY>
</HTML>