Ryan,<br>
Thanks for the note !<br>
Yeah, I cant think of other options for now .. but will let you know if I figure something.<br>
<br>
~S<br><br><div><span class="gmail_quote">On 2/8/06, <b class="gmail_sendername">Ryan Golhar</b> <<a href="mailto:golharam@umdnj.edu">golharam@umdnj.edu</a>> wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div style="direction: ltr;">






<div><span><font color="#0000ff" face="Arial" size="2">I 
think the easiest way is to do a 'ps -ef | grep blast'.  If it returns a 
process (other than itself) in the list, then you know someone is running 
blast.  </font></span></div>
<div><span><font color="#0000ff" face="Arial" size="2"></font></span> </div>
<div><span><font color="#0000ff" face="Arial" size="2">The 
other (simpler) option is to maintain a seperate BLAST database that you can 
copy in place under a standard maintainence window.  We normally reboot our 
server once a month when system patches are applied.  During this outage 
period, the new database could be copied in place.</font></span></div>
<div><span><font color="#0000ff" face="Arial" size="2"></font></span> </div>
<div><span><font color="#0000ff" face="Arial" size="2">Let me 
know what you end up doing.  I'm curious to the solution you decide 
on.  I might want to use that here.  </font></span></div></div><div style="direction: ltr;"><span class="sg">
<div><span><font color="#0000ff" face="Arial" size="2"></font></span> </div>
<div><span><font color="#0000ff" face="Arial" size="2">Ryan</font></span></div></span></div><div style="direction: ltr;"><span class="e" id="q_1094d1c321345b0e_2">
<div><span><font color="#0000ff" face="Arial" size="2"></font></span> </div>
<div><span><font color="#0000ff" face="Arial" size="2"></font></span> </div>
<div><font face="Tahoma" size="2">-----Original Message-----<br><b>From:</b> 
bio_bulletin_board-bounces+golharam=<a href="mailto:umdnj.edu@bioinformatics.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">umdnj.edu@bioinformatics.org</a> 
[mailto:<a href="mailto:bio_bulletin_board-bounces+golharam=umdnj.edu@bioinformatics.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">bio_bulletin_board-bounces+golharam=umdnj.edu@bioinformatics.org
</a>] <b>On 
Behalf Of </b>Samantha Fox<br><b>Sent:</b> Tuesday, February 07, 2006 12:16 
PM<br><b>To:</b> The general forum at Bioinformatics.Org<br><b>Subject:</b> [BiO 
BB] Updating NCBI databases<br><br></font></div>
<blockquote style="margin-right: 0px;">Hi,<br>I had a question regarding 
  regular update of BLAST databases. Is there a standard way to move the updated 
  databases to the user section, making sure that the current copy is not 
  already in use ?<br><br>Suppose I update the database monthly, but a user 
  might have a big BLAST job running when my cron script starts the update. This 
  can lead to errors. How can I prevent that ?<br><br>Thanks,<br><span>~S</span> </blockquote>

</span></div><br>_______________________________________________<br>Bioinformatics.Org general forum  -  <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org
</a><br><a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board" target="_blank">https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board</a><br>
<br><br></blockquote></div><br>