<div style="direction: ltr;">Hi<br>
If the task is to set up a query server for finding all common substrings of length greater than a given threshold, between <span style="background-color: rgb(255, 255, 153);">very very long</span> query sequences (eg., finding long gene in a very long nucleotide sequence) better idea would be 
<span style="background-color: rgb(255, 255, 102);">suffix trees</span> instead of SW-dynamic programming on each query call. If the sequences are comparitively small and interest is in analyzing <span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">

conserved patterns,</span> then <span style="background-color: rgb(255, 255, 51);">SW- </span>helps a lot.<br>
<br>
With Regards<br>
Kalidas. Y</div><div style="direction: ltr;"><span class="e" id="q_109ea22593955e1f_1"><br><br><div><span class="gmail_quote">On 3/11/06, <b class="gmail_sendername">Theodore H. Smith</b> <<a href="mailto:delete@elfdata.com" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
delete@elfdata.com</a>> wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>Hi people,<br><br>I've successfully designed, written and compiled a program that uses<br>the smith-waterman algorithm.<br><br>Nothing new there, but it's for an interesting project, and before<br>the project is complete, perhaps some questions asked to
<br><br>Let's say "disestabishmentarianism" against<br>"reestablishmentSomeNonMatchingPart".<br><br>A local alignment should be able to figure out that "establishment"<br>aligns well in this case.
<br><br>Is that basically how Smith-Waterman helps us?<br><br>--<br><a href="http://elfdata.com/plugin/" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://elfdata.com/plugin/</a><br><br></blockquote>
</div></span></div><br>